【正文】 用 戶可以直接在最下面 Contig 文字序列的部分進(jìn)行序列編輯， 首先把要修改的部分用 鼠標(biāo)選?。簣D 選取要修改的部分，直接輸入修改的內(nèi)容 選取的部分可以用鍵盤直接打字進(jìn)行修改或者按 Delete 鍵刪除： ，代表已刪除。 在拖曳或是反轉(zhuǎn)前同樣要先按下 才能操作，要進(jìn)行拖曳時(shí)先將鼠標(biāo)點(diǎn)選到欲拖 曳的序列后按住 Ctrl 鍵不放就可以進(jìn)行鼠標(biāo)拖曳(圖 )：圖 利用拖曳或反轉(zhuǎn)進(jìn)行修正 拖曳好以后放開鼠標(biāo)就可以改變位置并觀察重迭情形(圖 )： 。 進(jìn)行序列修正時(shí)首先要點(diǎn)選窗口左上方的 ，或是 后才能進(jìn)行修改的操作。因此可采用上方的序列修改。圖 為一個(gè)訊號(hào)穩(wěn)定的例子 G 2357 A T A G C A G G A A G A T G T G G A G T G T T T G C G G A G T C T G A T Fr agment E1 2_T7 0 G 300 A T A G C A G G A 309 A G 31 0 31 1 A T 31 31 2 3 G T 31 4 31 5 G 31 6 G 31 7 A 31 8 G 31 9 T 320 G T T T G C 325 326 G G A G T C T G 334 A T 335 336 301 302 303 304 305 306 307 308 321 322 323 324 327 328 329 330 331 332 333 以圖 范例而言，訊號(hào)極為穩(wěn)定，其峰值相當(dāng)尖且單純。最下面 Contig 的部分是整個(gè)串接 后全長(zhǎng)的文字序列；上面則是串接的部分檔案的文字序列。 訊號(hào)的部分可以放大觀察，用戶只要在訊號(hào)圖譜上面選取要觀看的序列后，并 按下鼠標(biāo)右鍵選擇 Zoom In 就可以把選擇的區(qū)域放大(圖 )：圖 放大或縮小圖譜 ： 要進(jìn)行序列串接時(shí)首先要把欲串接的檔案(圖 )用鼠標(biāo)選?。蓮?fù)選） ，選 好之后按下 就會(huì)進(jìn)行串接的動(dòng)作：圖 選取要串接的序列 串接完成以后會(huì)出現(xiàn)一個(gè)名稱叫 Contig 的檔案(圖 )， 下方會(huì)顯示此檔案所 包含的串接序列：圖 串接完后產(chǎn)生 Contig 檔案，而下方顯示其包含的序列 點(diǎn)選此檔案后就會(huì)看到串接好的畫面(圖 )： ，產(chǎn)生的箭頭方向?yàn)榇拥姆较?在這畫面中使用者可以看到串接的情況，會(huì)以右上方的圖片表示，圖片上面的 兩個(gè)長(zhǎng)條形是每個(gè)串接的序列， 箭頭是串接的方向。用戶可以把光標(biāo)移到訊號(hào)上方的文字，就可以看到該訊號(hào)每個(gè)堿 基 A、T、C、G 的訊號(hào)強(qiáng)度(圖 )：圖 將光標(biāo)移置訊號(hào)上方，可看到該訊號(hào)的每個(gè)堿基強(qiáng)度 ，每個(gè)顏色代表不同的堿基判讀。 要將序列檔案或是定序的 abi 檔案加載程序中的話，只要選擇 Project→Add Fragments 就可以選擇要加載程序的檔案了(圖 )： →Add Fragments 加載程序的檔案 用戶可以從窗口的左邊的 Fragments(圖 )按下右鍵后選擇 Add Fragments 加入序列檔案：圖 在 Fragments 右鍵單擊加入序列檔案 ，可按住 Ctrl 鍵后用鼠標(biāo)進(jìn)行復(fù)選(圖 )：圖 可利用 Ctrl 鍵，選取多個(gè)檔案 點(diǎn)選開啟后，如果程序出現(xiàn)一連串的警告聲并出現(xiàn)是否的尋問，那只是文件名 一致性的修正詢問，使用者可以忽略該狀態(tài)并持續(xù)點(diǎn)選“是”的選項(xiàng)直到所有檔案 加載全程序?yàn)橹?圖 )。 可以直接開啟或是從主程序項(xiàng)目開啟 ContigExpress 程序(圖 )： 利用程序集開啟ContigExpress程序 ，此畫面會(huì)分為左右兩個(gè)區(qū)塊：圖 ContigExpress 程序產(chǎn)生的兩個(gè)區(qū)塊 　 在此窗口中，用戶要先加入序列的檔案。此程序可以將單純序列文本文件或是由定序出來的訊號(hào)檔案直接進(jìn)行 分析， 串接后的片段稱為Contigs， 在進(jìn)行長(zhǎng)片段的序列定序或是genomic library定序 時(shí)非常實(shí)用。 作許多不同的 block 造成比較多的 link 狀況可以用 使用者可以依照自己的需求將不同的 block 進(jìn)行不同的 link(圖 )：圖 觀察多組序列的 block 右邊的圖形和序列比對(duì)可以利用鼠標(biāo)右鍵的 Camera 進(jìn)行輸出(圖 )：圖 將序列比對(duì)結(jié)果輸出 用戶操作的結(jié)果和 AlignX 一樣可從 Project 項(xiàng)目進(jìn)去后選擇 Save 或者是 Save as 進(jìn)行儲(chǔ)存，以后只要直接打開儲(chǔ)存的檔案就可以了。 如果想要取消此功能只要按下 或是 Blocks→Unlink 就可以恢復(fù)原狀。 想要回復(fù)原來的設(shè)定只要點(diǎn)選 Restore to original 即可。 在左下方顯示的區(qū)塊中， 使用者可以看到紅色的圓圈(圖 )， 表示該 block 會(huì)以紅色顯示在右邊的圖形跟序列比對(duì)窗口， 旁邊會(huì)有程序計(jì)算后的一些分?jǐn)?shù)跟 統(tǒng)計(jì)值。圖 Blocks’ colors 改變顯示的顏色 和 AlignX 相同，使用者也可以設(shè)定 Score matrix 的參數(shù)(圖 )，但是不建 議一般使用者更改。使用者可針對(duì)這 三個(gè)參數(shù)進(jìn)行調(diào)整，直到得到滿意的結(jié)果為止。 　 啟動(dòng) AlignX Blocks 的方式和 AlignX 是一樣的，可直接開啟或是從主程序上 方開啟(圖 )：圖 直接于程序集中開啟 AlignX Blocks 圖 于 Vector NTI 程序內(nèi)開啟 AlignX Blocks (圖 )：圖 開啟 AlignX 程序后的接口 首先用戶要把序列檔案加載程序里面，可以點(diǎn)選 或者從左上方的 Project →Add Files 把序列檔案載入，序列只能分析蛋白質(zhì)序列(圖 )：圖 利用 Project→Add Files 將序列加載到左上窗口 (圖 )，操作和 AlignX 相同：圖 全選欲進(jìn)行比對(duì)的序列 比對(duì)前可以依各人需求調(diào)整序列比對(duì)的條件跟參數(shù)(圖 )。設(shè)定好后按下確定就會(huì)出現(xiàn) primer 的數(shù)據(jù)(圖 )： 。后者表示相似序列的長(zhǎng)度，數(shù) 值越大圖形越長(zhǎng)。另一個(gè)是 Window。 要進(jìn)行 Dot Matrix 只要按下 或是從 Align→Show Dot Matrix Plot 進(jìn)入： 圖 在左邊及右邊選單，各選擇一組序列進(jìn)行比對(duì) (圖 )中要先選好兩組序列， 在窗口上方中， 左邊的序列為橫坐標(biāo)； 右邊的序列為縱坐標(biāo)。 Dot Matrix： Dot Matrix 可以在兩條序列間找出相吻合的部分，這個(gè)方法可以用來尋找序列中重復(fù) 的片段。這個(gè)圖表可以利用右上方的 Alignment Setup： 進(jìn)行輸出。 EF527821 和 ABC 的 Identity 為 45%； ABC 和 DQ30513 的 Identity 為 85%。要進(jìn)行輸入或是輸出只要從程序左上方 Project→Export /Import MSF Format 中進(jìn)行操作即可：圖 輸出 MSF 格式 Align Selected Using Profile： 如果按下 或是上方 Align→Align Selected Using Profile 的選項(xiàng)時(shí)，程序會(huì)要求 用戶選擇一條序列作為基準(zhǔn)序列進(jìn)行后續(xù)的比對(duì)動(dòng)作(圖 )：圖 使用 Align Selected Using Profile，要先選擇一條序列作為基準(zhǔn)進(jìn)行比對(duì) 以這個(gè)操作為例選擇 EF527821 的話，比對(duì)完以后 EF527821 會(huì)變成比對(duì)序列中的 第一條序列(圖 )：圖 。 序列比對(duì)完成后使用者可以將比對(duì)結(jié)果儲(chǔ)存： 從程序左上方 Project→Save 或是 Save As 的選項(xiàng)儲(chǔ)存。圖 是以每 100 個(gè) nucleotide 換行做輸出的結(jié)果，排列顯示既不整齊也不美觀。Wrap sequences 可以設(shè)定換行的長(zhǎng)度，默認(rèn)值是 50， 表示每 50 個(gè) acid 將會(huì)自動(dòng)換行，Exclude consensus 選項(xiàng)可以選擇是否將 Consensus Sequence 輸出。 若程序分析的結(jié)果不是很滿意，使用者可以進(jìn)行手動(dòng)排列(圖 )。 　 在程序下方的比對(duì)圖形可以用鼠標(biāo)拉動(dòng)下方的滾動(dòng)條移動(dòng)， 程序會(huì)根據(jù)序列相似 度及相同度的程度不同給予不同的顏色(圖 )，下方 Consensus 的部分也會(huì)依相似 度及相同度的程度來表示。這兩種樹的計(jì)算方式不同，不能 混為一談。Guide tree 也可以進(jìn)行輸出，只要把光標(biāo)移動(dòng)到 guide tree 上方，按下鼠標(biāo) 右鍵點(diǎn)選 Camera 就可以進(jìn)行輸出，也可以選擇最下方的 Export Guide tree 輸出成特 定的檔案再用相關(guān)軟件打開。圖 導(dǎo)引樹 序列名稱后面括號(hào)中的數(shù)值是表示 tree 的長(zhǎng)度，正負(fù)號(hào)表示方向。 　 在導(dǎo)引樹(Guide tree)的字段部分， 用戶可以看到 NTI 程序根據(jù)比對(duì)的結(jié)果將序列 分群。圖形可以用鼠 標(biāo)去選擇特定的范圍，下方的序列顯示就會(huì)跳到該選擇范圍：圖 下方為序列比對(duì)的圖形，左邊中間為圖形的導(dǎo)引樹，右邊為序列比對(duì)的計(jì)算分?jǐn)?shù)和分布范圍 　 和 BLAST 的分析一樣，用戶可以設(shè)定圖形表示的方式。 　 右邊的區(qū)塊分成三個(gè)部分：最上面的圖形是所有序列比對(duì)的相似度（Similarity） 分析；中間的圖形是所有序列的相同度(Identity)分析；下方的圖形是表示序列和所有 序列之間的共有序列（Consensus sequence）的分析。 序列檔案加載的時(shí)候程序會(huì)詢問該序列為核酸序列或是蛋白 質(zhì)序列，點(diǎn)選好以后再點(diǎn)選 Import 就可以了(圖 )： ，會(huì)詢問序列的性質(zhì)，核酸序列或蛋白質(zhì)序列 接下來程序的左上方會(huì)出現(xiàn)使用者加載的序列(圖 )，序列加載完成以后就可 以開始進(jìn)行比對(duì)的操作：圖 成功載入序列的畫面 進(jìn)行比對(duì)前，先把欲比對(duì)的序列用鼠標(biāo)進(jìn)行圈選(圖 )：圖 選取欲比對(duì)之序列 只要按下 或是從上方 Align→Align Selected Sequence(圖 )就會(huì)進(jìn)行比對(duì)運(yùn)算： 79 →Align Selected Sequence 進(jìn)行比對(duì) 運(yùn)算好以后就會(huì)出現(xiàn)下面的畫面(圖 )；圖 比對(duì)完的結(jié)果 　 分析完成后畫面(圖 )會(huì)出現(xiàn)比對(duì)的相關(guān)結(jié)果，最下方是序列比對(duì)的圖形，左 邊中間的區(qū)塊所顯示的圖形為導(dǎo)引樹(Guide tree)，用來表示序列之間的關(guān)連性。NTI 有兩種序列比對(duì)程序，一種為 AlignX，可以用在核酸序列和蛋白質(zhì)序列比對(duì)；另一種為 AlignX Blocks，只能用在蛋 白質(zhì)序列比對(duì)。 BLAST 分析結(jié)果只要點(diǎn)左上方 BLAST Result 的選項(xiàng)，就可以進(jìn)行存盤的動(dòng)作(圖 )：圖 點(diǎn)選 BLAST Result 進(jìn)行存檔 　　　　　　　　圖 左邊為 BLAST 后所儲(chǔ)存的檔案，右邊為 BLAST 進(jìn)行編輯后的檔案 文件夾內(nèi)(圖 )左邊的檔案是 BLAST 搜尋的結(jié)果所儲(chǔ)存的檔案， （格式為 邊是開啟搜尋結(jié)果進(jìn)行編輯后的存檔（格式為 用十分便利。 最下面的圖形(圖 )是顯示所有比對(duì)到的序列和用戶序列的位置關(guān)系及長(zhǎng)短，用戶可以用鼠標(biāo) 點(diǎn)選想特定的序列，就會(huì)顯示該筆序列的比對(duì)資料：圖 圖下方的窗口，黃色部份為比對(duì)到的部份 比對(duì)到的部分 (Basic Local Alignment Search Tool) 　 以此圖 為例，使用者點(diǎn)選的序列會(huì)變成紅色，同時(shí)左手邊和下方的窗口會(huì)顯示該筆序列的 數(shù)據(jù)， 中間的圖形也變成該序列的比對(duì)圖。 箭頭表示比對(duì)的方向和比對(duì)的區(qū)域，箭頭以外的區(qū)域?yàn)橥耆珱]有比對(duì)到部分，所以箭頭越長(zhǎng)，表示 兩序列比對(duì)到的區(qū)域愈大。用戶可以按下鼠標(biāo)右 鍵后點(diǎn)選 Plot Setup 調(diào)整適合自己的色彩格式：圖 利用 Plot Setup 設(shè)定圖形顯示的方式 　　　　 按下確定后就可以更改顯示的方式：圖 改變不同的顯示效果，達(dá)到較佳的觀看結(jié)果 　 圖 是表示使用者的序列和比對(duì)序列的位置關(guān)系。 　 在右手邊的圖形窗口分成三個(gè)區(qū)塊，最上方的部分是表示比對(duì)的分?jǐn)?shù)跟數(shù)目，綠色線表示用戶 的序列和數(shù)據(jù)庫(kù)序列相似度最高區(qū)域，顯示的分?jǐn)?shù)所表達(dá)的是該區(qū)段所有比對(duì)結(jié)果分?jǐn)?shù)的總合；藍(lán) 色線表示該區(qū)段和數(shù)據(jù)庫(kù)中比對(duì)到的序列數(shù)目，用戶光標(biāo)指向圖形就會(huì)顯示分?jǐn)?shù)跟比對(duì)數(shù)目：圖 綠線為序列與數(shù)據(jù)庫(kù)相似度最高區(qū)域，藍(lán)線為該區(qū)段與數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)到的數(shù)目 綠線 藍(lán)線 (Basic Local Alignment Search Tool) 　 以圖 為例，在位置 780bp 的部分為核酸 A，比對(duì)到的序列有 50 條，這 50 條序列分?jǐn)?shù)的加總 為 分。比 對(duì)的結(jié)果可以選擇 輸出： 圖 在黃色區(qū)塊，上方為使用者輸入的序列，下方為數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)的序列，可用 Camera 輸出圖檔 黃色區(qū)塊 　 用戶可以選擇使用圖形文件（Metafile）或者是文本文件（Text）進(jìn)行輸出，只要按下 OK 后就可 利用貼上功能輸出到其他程序中（如 Word） 。所有的設(shè)定都決定好了之 后只要按下右上方的 就會(huì)開始進(jìn)行分析，此時(shí)下方的字段就會(huì)出現(xiàn)分析的進(jìn)度，用戶可以 在同一個(gè) BLAST 程序下面進(jìn)行多重分析(圖 )，當(dāng)需要進(jìn)行多次 BLAST 分析時(shí)，就不需要重復(fù)開 啟 NCBI 網(wǎng)頁：圖 在同一個(gè) BLAST，可進(jìn)行多次 BLAST 分析 當(dāng)分析結(jié)束后 Status 會(huì)顯示 Finished(圖 )，此時(shí)就可以點(diǎn)選分析結(jié)果，本章范例是同時(shí)將核酸 序列以 和 MEGABLAST 進(jìn)行比對(duì)，在 Hit count 項(xiàng)目會(huì)顯示比對(duì)到的序列數(shù)目：圖 在 Hit Count 中顯示出比對(duì)到的數(shù)目 用戶分析的結(jié)果可以儲(chǔ)存在計(jì)算機(jī)中，只要打開左上方的 Search 項(xiàng)目就可以進(jìn)行儲(chǔ)存，日后 BLAST 的結(jié)果可以直接打開，不需要再重新操作 BLAST 進(jìn)行比對(duì)。 下方還有項(xiàng)目(圖 ~12)可以針對(duì)使用者比對(duì)的需求進(jìn)行調(diào)整： 如果沒有特別的搜尋需求， 建議 Parameters 不需特別去更動(dòng)。一般 BLAST 搜尋只要使用 nr 數(shù)據(jù)庫(kù)就可以了。圖 五種不同的 BLAST 方法 (圖 )：圖 BLAST 為最常用的比對(duì)，PSIBLAST 為相同家族的比對(duì)，PHIBLAST 是與特定的胺基酸比對(duì) 　 BLAST 為一般最常用的設(shè)定；PSI 跟 PHI BLAST 是用在蛋白質(zhì)序列的特殊搜尋比對(duì)，PSIBLAST （Position Specific Iterated BLAST）可以幫使用者比對(duì)相同蛋白質(zhì)家族的胺基酸序列，PHIBLAST （Pattern Hit Initiated BLAST）可以就特定的胺基酸部分進(jìn)行比對(duì)