【正文】 tion 的緣故出現(xiàn)六種不同的核酸序列。所有的設(shè)定都決定好了之 后只要按下右上方的 就會(huì)開始進(jìn)行分析，此時(shí)下方的字段就會(huì)出現(xiàn)分析的進(jìn)度，用戶可以 在同一個(gè) BLAST 程序下面進(jìn)行多重分析(圖 )，當(dāng)需要進(jìn)行多次 BLAST 分析時(shí)，就不需要重復(fù)開 啟 NCBI 網(wǎng)頁：圖 在同一個(gè) BLAST，可進(jìn)行多次 BLAST 分析 當(dāng)分析結(jié)束后 Status 會(huì)顯示 Finished(圖 )，此時(shí)就可以點(diǎn)選分析結(jié)果，本章范例是同時(shí)將核酸 序列以 和 MEGABLAST 進(jìn)行比對(duì)，在 Hit count 項(xiàng)目會(huì)顯示比對(duì)到的序列數(shù)目：圖 在 Hit Count 中顯示出比對(duì)到的數(shù)目 用戶分析的結(jié)果可以儲(chǔ)存在計(jì)算機(jī)中，只要打開左上方的 Search 項(xiàng)目就可以進(jìn)行儲(chǔ)存，日后 BLAST 的結(jié)果可以直接打開，不需要再重新操作 BLAST 進(jìn)行比對(duì)。 箭頭表示比對(duì)的方向和比對(duì)的區(qū)域，箭頭以外的區(qū)域?yàn)橥耆珱]有比對(duì)到部分，所以箭頭越長(zhǎng)，表示 兩序列比對(duì)到的區(qū)域愈大。 序列檔案加載的時(shí)候程序會(huì)詢問該序列為核酸序列或是蛋白 質(zhì)序列，點(diǎn)選好以后再點(diǎn)選 Import 就可以了(圖 )： ，會(huì)詢問序列的性質(zhì)，核酸序列或蛋白質(zhì)序列 接下來程序的左上方會(huì)出現(xiàn)使用者加載的序列(圖 )，序列加載完成以后就可 以開始進(jìn)行比對(duì)的操作：圖 成功載入序列的畫面 進(jìn)行比對(duì)前，先把欲比對(duì)的序列用鼠標(biāo)進(jìn)行圈選(圖 )：圖 選取欲比對(duì)之序列 只要按下 或是從上方 Align→Align Selected Sequence(圖 )就會(huì)進(jìn)行比對(duì)運(yùn)算： 79 →Align Selected Sequence 進(jìn)行比對(duì) 運(yùn)算好以后就會(huì)出現(xiàn)下面的畫面(圖 )；圖 比對(duì)完的結(jié)果 　 分析完成后畫面(圖 )會(huì)出現(xiàn)比對(duì)的相關(guān)結(jié)果，最下方是序列比對(duì)的圖形，左 邊中間的區(qū)塊所顯示的圖形為導(dǎo)引樹(Guide tree)，用來表示序列之間的關(guān)連性。圖 導(dǎo)引樹 序列名稱后面括號(hào)中的數(shù)值是表示 tree 的長(zhǎng)度，正負(fù)號(hào)表示方向。 若程序分析的結(jié)果不是很滿意，使用者可以進(jìn)行手動(dòng)排列(圖 )。要進(jìn)行輸入或是輸出只要從程序左上方 Project→Export /Import MSF Format 中進(jìn)行操作即可：圖 輸出 MSF 格式 Align Selected Using Profile： 如果按下 或是上方 Align→Align Selected Using Profile 的選項(xiàng)時(shí)，程序會(huì)要求 用戶選擇一條序列作為基準(zhǔn)序列進(jìn)行后續(xù)的比對(duì)動(dòng)作(圖 )：圖 使用 Align Selected Using Profile，要先選擇一條序列作為基準(zhǔn)進(jìn)行比對(duì) 以這個(gè)操作為例選擇 EF527821 的話，比對(duì)完以后 EF527821 會(huì)變成比對(duì)序列中的 第一條序列(圖 )：圖 。 要進(jìn)行 Dot Matrix 只要按下 或是從 Align→Show Dot Matrix Plot 進(jìn)入： 圖 在左邊及右邊選單，各選擇一組序列進(jìn)行比對(duì) (圖 )中要先選好兩組序列， 在窗口上方中， 左邊的序列為橫坐標(biāo)； 右邊的序列為縱坐標(biāo)。 　 啟動(dòng) AlignX Blocks 的方式和 AlignX 是一樣的，可直接開啟或是從主程序上 方開啟(圖 )：圖 直接于程序集中開啟 AlignX Blocks 圖 于 Vector NTI 程序內(nèi)開啟 AlignX Blocks (圖 )：圖 開啟 AlignX 程序后的接口 首先用戶要把序列檔案加載程序里面，可以點(diǎn)選 或者從左上方的 Project →Add Files 把序列檔案載入，序列只能分析蛋白質(zhì)序列(圖 )：圖 利用 Project→Add Files 將序列加載到左上窗口 (圖 )，操作和 AlignX 相同：圖 全選欲進(jìn)行比對(duì)的序列 比對(duì)前可以依各人需求調(diào)整序列比對(duì)的條件跟參數(shù)(圖 )。 想要回復(fù)原來的設(shè)定只要點(diǎn)選 Restore to original 即可。 可以直接開啟或是從主程序項(xiàng)目開啟 ContigExpress 程序(圖 )： 利用程序集開啟ContigExpress程序 ，此畫面會(huì)分為左右兩個(gè)區(qū)塊：圖 ContigExpress 程序產(chǎn)生的兩個(gè)區(qū)塊 　 在此窗口中，用戶要先加入序列的檔案。最下面 Contig 的部分是整個(gè)串接 后全長(zhǎng)的文字序列；上面則是串接的部分檔案的文字序列。 在拖曳或是反轉(zhuǎn)前同樣要先按下 才能操作，要進(jìn)行拖曳時(shí)先將鼠標(biāo)點(diǎn)選到欲拖 曳的序列后按住 Ctrl 鍵不放就可以進(jìn)行鼠標(biāo)拖曳(圖 )：圖 利用拖曳或反轉(zhuǎn)進(jìn)行修正 拖曳好以后放開鼠標(biāo)就可以改變位置并觀察重迭情形(圖 )： 。 進(jìn)行序列修正時(shí)首先要點(diǎn)選窗口左上方的 ，或是 后才能進(jìn)行修改的操作。 訊號(hào)的部分可以放大觀察，用戶只要在訊號(hào)圖譜上面選取要觀看的序列后，并 按下鼠標(biāo)右鍵選擇 Zoom In 就可以把選擇的區(qū)域放大(圖 )：圖 放大或縮小圖譜 ： 要進(jìn)行序列串接時(shí)首先要把欲串接的檔案(圖 )用鼠標(biāo)選?。蓮?fù)選） ，選 好之后按下 就會(huì)進(jìn)行串接的動(dòng)作：圖 選取要串接的序列 串接完成以后會(huì)出現(xiàn)一個(gè)名稱叫 Contig 的檔案(圖 )， 下方會(huì)顯示此檔案所 包含的串接序列：圖 串接完后產(chǎn)生 Contig 檔案，而下方顯示其包含的序列 點(diǎn)選此檔案后就會(huì)看到串接好的畫面(圖 )： ，產(chǎn)生的箭頭方向?yàn)榇拥姆较?在這畫面中使用者可以看到串接的情況，會(huì)以右上方的圖片表示，圖片上面的 兩個(gè)長(zhǎng)條形是每個(gè)串接的序列， 箭頭是串接的方向。此程序可以將單純序列文本文件或是由定序出來的訊號(hào)檔案直接進(jìn)行 分析， 串接后的片段稱為Contigs， 在進(jìn)行長(zhǎng)片段的序列定序或是genomic library定序 時(shí)非常實(shí)用。 在左下方顯示的區(qū)塊中， 使用者可以看到紅色的圓圈(圖 )， 表示該 block 會(huì)以紅色顯示在右邊的圖形跟序列比對(duì)窗口， 旁邊會(huì)有程序計(jì)算后的一些分?jǐn)?shù)跟 統(tǒng)計(jì)值。設(shè)定好后按下確定就會(huì)出現(xiàn) primer 的數(shù)據(jù)(圖 )： 。 Dot Matrix： Dot Matrix 可以在兩條序列間找出相吻合的部分，這個(gè)方法可以用來尋找序列中重復(fù) 的片段。 序列比對(duì)完成后使用者可以將比對(duì)結(jié)果儲(chǔ)存： 從程序左上方 Project→Save 或是 Save As 的選項(xiàng)儲(chǔ)存。 　 在程序下方的比對(duì)圖形可以用鼠標(biāo)拉動(dòng)下方的滾動(dòng)條移動(dòng)， 程序會(huì)根據(jù)序列相似 度及相同度的程度不同給予不同的顏色(圖 )，下方 Consensus 的部分也會(huì)依相似 度及相同度的程度來表示。 　 在導(dǎo)引樹(Guide tree)的字段部分， 用戶可以看到 NTI 程序根據(jù)比對(duì)的結(jié)果將序列 分群。NTI 有兩種序列比對(duì)程序，一種為 AlignX，可以用在核酸序列和蛋白質(zhì)序列比對(duì)；另一種為 AlignX Blocks，只能用在蛋 白質(zhì)序列比對(duì)。用戶可以按下鼠標(biāo)右 鍵后點(diǎn)選 Plot Setup 調(diào)整適合自己的色彩格式：圖 利用 Plot Setup 設(shè)定圖形顯示的方式 　　　　 按下確定后就可以更改顯示的方式：圖 改變不同的顯示效果，達(dá)到較佳的觀看結(jié)果 　 圖 是表示使用者的序列和比對(duì)序列的位置關(guān)系。 下方還有項(xiàng)目(圖 ~12)可以針對(duì)使用者比對(duì)的需求進(jìn)行調(diào)整： 如果沒有特別的搜尋需求， 建議 Parameters 不需特別去更動(dòng)。圖 貼上欲分析的序列 (Basic Local Alignment Search Tool) 接下來要進(jìn)行 BLAST 相關(guān)的設(shè)定(圖 )：圖 BLAST 相關(guān)設(shè)定工具 首先使用者要先設(shè)定 Program(圖 )的項(xiàng)目：圖 BLAST 中的 Program 有 5 個(gè)項(xiàng)目，代表不同比對(duì)方式 　　　　　　　　 這 5 個(gè)項(xiàng)目(圖 )所代表的比對(duì)方式會(huì)有所不同： blastn 是指把欲分析的序列和 NCBI 的核酸數(shù)據(jù)庫做比對(duì)，當(dāng)用戶欲分析的序列是 DNA 或者是 RNA 時(shí)適用此項(xiàng)目； blastp 是指將欲分析的序列去和 NCBI 的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫做比對(duì)，當(dāng)用戶欲分析胺基酸序列時(shí) 　 適用此項(xiàng)目； blastx 是指把使用者的核酸序列轉(zhuǎn)譯成胺基酸，再和 NCBI 的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對(duì)（會(huì)有 六個(gè)不同的胺基酸序列，正股三個(gè)，反股三個(gè)。此功能操作接口和 Find 圖 Amplify Features 的設(shè)定 PCR Primers 一樣，只差了一個(gè) Features 的選項(xiàng)(圖 )： 　 用戶只要按下 Add 的按鈕把用戶畫在圖形上的 Features 加進(jìn)去，再按下確定 就可以分析出 Features 的引子序列了(圖 )：圖 使用 Amplify Features 分析的結(jié)果 ：也和 Find PCR Primers 功能幾乎相同，差異的地方 只是在于在中央間出現(xiàn) Sense Primers 和 Antisense Primers 選項(xiàng)，用戶可以把儲(chǔ)存 的引子檔案加入到設(shè)計(jì)的窗口(圖 )中：圖 將儲(chǔ)存的引子檔案加入設(shè)計(jì) 　 其他操作功能和 Find PCR Primers 都是一樣的。 　 使用者如果要進(jìn)一步分析引子的特性可以點(diǎn)選 Analyze 功能：圖 編輯與分析引子數(shù)據(jù) 　 如圖 所示，左手邊可以先設(shè)定分析的條件，接著按下 Analyze 右邊的字圖 左邊字段為設(shè)定分析的條件，右邊字段顯示分析的結(jié)果 段就會(huì)顯示分析的結(jié)果： 　 最右邊的窗口會(huì)顯示該引子回紋以及重復(fù)片段位置， 其分析的條件在左手邊 字段中的 Palindroms 以及 Nucl. Repeats 這兩個(gè)選項(xiàng)；使用者還可以點(diǎn)選 (圖 )：圖 分析 Dimers amp。 　 Find PCR Primers：進(jìn)入這個(gè)項(xiàng)目后用戶會(huì)先看到一個(gè)窗口(圖 )：圖 Find PCR Primers 窗口，要進(jìn)階設(shè)定，點(diǎn)選 More 　 使用者可以根據(jù)實(shí)驗(yàn)的需求來設(shè)定相關(guān)的條件：上方 Region of Analysis 可以 填入欲分析的序列范圍；Product Length 可以設(shè)定使用者 PCR 所夾的序列長(zhǎng)度。除此之外， 選項(xiàng)之 使用者還可以利用內(nèi)建的序列和限制酶建立屬于自己的 Marker。點(diǎn)選 完畢之后再按下 Start： 　 分析的結(jié)果會(huì)以一個(gè)窗口顯示(圖 )，用戶可以按 Print 打印結(jié)果，或是按 Save 儲(chǔ)存。窗口上方的 Table 指令可 以調(diào)整轉(zhuǎn)譯功能的相關(guān)參數(shù)設(shè)定，Camera 指令可以輸出反轉(zhuǎn)譯的序列。 圖 取消 DNA 序列轉(zhuǎn)成胺基酸 ，輸出后必須 要再調(diào)整字型跟格式。圖 利用 Properties 進(jìn)行編輯后的結(jié)果 如果是在文本塊下按鼠標(biāo)右鍵， 并點(diǎn)選 Properties 可以進(jìn)行對(duì)文字的編輯(圖 )：圖 利用 Properties 進(jìn)行文字的編輯 (圖 )。 　 將光標(biāo)點(diǎn)擊圖譜窗口之后可以見到下列指令： 這些指令中有一些和 上一章序列窗口有類似的功能，在此便不加以重述。 在 Options 可以調(diào)整我們想要搜尋的條件。 或者是將鼠標(biāo)點(diǎn)擊序列窗口，所出現(xiàn)的指令有 ，其中 ，我們只要將欲編輯的序列用鼠標(biāo)反白后，點(diǎn)選這些指令就可以修改字 型、大小和顏色等文字編輯的功能，以下是將序列背景顏色和文字顏色進(jìn)行編輯 過后的樣子(圖 )，我們可以依個(gè)人喜好來掌握文字的編輯。欲開啟儲(chǔ)存的檔案只要連續(xù)點(diǎn)兩下就可以直接打開。 　 接著再點(diǎn)選 Sequences and Maps: 圖 編輯斑馬魚海大基因的序列 　 在此窗口(圖 )下， 我們就將要加載的序列先全選后再按復(fù)制， 之后在這窗 口下點(diǎn)選 Paste 后就可以貼入序列。 　數(shù)據(jù)庫建立和儲(chǔ)存序列　 在了解主程序的樣子之后，接下來必須要先了解 NTI 的數(shù)據(jù)是如何儲(chǔ)存和讀取， 并且建立自己的序列數(shù)據(jù)庫。 　 聯(lián)機(jī)設(shè)定完成后就可以開始執(zhí)行程序來操作了， 首先 NTI 的文件夾有許多項(xiàng)目可 供選擇：其中一個(gè)為主程序(Vector NTI)，而其他的功能項(xiàng)目是附加在主程序底下，可 以各別開啟操作，也可以在主程序下面執(zhí)行(圖 )。但用戶 IP 位置必須位于海洋大學(xué)校內(nèi)，方可與授權(quán)服務(wù)器聯(lián)機(jī)。 DLS Server requires authentication 目前不需要勾選。圖 左邊為文字窗口，右邊為圖譜窗口，下方為序列窗口 圖譜窗口 文字窗口 序列窗口 　　 　 　這三個(gè)窗口為文字窗口、圖譜窗口和序列窗口。 　 如何建立自己的數(shù)據(jù)庫？首先在主程序下點(diǎn)選 數(shù)據(jù)庫， 圖示(圖 )：圖 使用 Local Database 開啟數(shù)據(jù)庫 （Local Database）開啟 為分享和交換數(shù)據(jù)庫的指令。 NOTE：上一章提到剪貼方式加載序列的方法和上面相同，只是要從主程序中左 上角的 File→Create New Sequence→Using Sequence Editor (DNA/RNA) or Using Sequence Editor (Protein)。先看 個(gè)不同的窗口，依序是文字、圖譜和序列窗口。這些序列排列的設(shè) 定可以在 Display setup 的窗口內(nèi)點(diǎn)選 Save settings as 儲(chǔ)存，之后只要開啟主程序 就會(huì)依照我們的設(shè)定來排列(圖 )。 NOTE：利用 或是 Cut 指令可以把刪去的序列貼回原處或是序列的其他位置， 但是 Delete 指令不行。 　 圖譜被程序標(biāo)上限制酶的切位必須要移除。圖 圖形的批注結(jié)果 NOTE：想要?jiǎng)h除圖形或是文字的話可以點(diǎn)選欲刪除的區(qū)塊，按下鼠標(biāo)右鍵或是 進(jìn)入 Edit 內(nèi)選擇 Delete Feature Form FMap，再按確定就可以了。 Analyses→Translation→In Sequence Pane：這個(gè)項(xiàng)目其實(shí)就等于 按鈕，其 內(nèi)建的功能跟 Into New Protein 是一樣的， 差別只是在于轉(zhuǎn)譯的結(jié)果直接顯示在原 本的序列上方。若要新增限制酶可以點(diǎn)選 Add 增加：圖 選取數(shù)據(jù)庫中所要的限制酶 　 選取欲分析的限制酶后按 OK(圖 )， Restriction Sites 窗口下再按一次 OK 在圖 選取的限制酶，分析產(chǎn)生的結(jié)果 就可以進(jìn)行分析了： 　 使用者可以看到圖譜和序列窗口都會(huì)顯示用戶加入的限制酶， 并且都注明了 剪切的位置；在文字窗口(圖 ) 打開文件夾，可整理每種限制酶的切位位置： (圖 )：點(diǎn)選此項(xiàng)目可以分析剪切出來的片段大小：圖 選擇欲分析的片段進(jìn)行分析 　 選擇想要分析的限制酶按 OK： 　 在文字窗口(圖 )就可以看到分析的結(jié)果。設(shè)定好之后