【正文】 圍：圖 下方為序列比對的圖形，左邊中間為圖形的導(dǎo)引樹，右邊為序列比對的計算分數(shù)和分布范圍 　 和 BLAST 的分析一樣，用戶可以設(shè)定圖形表示的方式。 BLAST 分析結(jié)果只要點左上方 BLAST Result 的選項，就可以進行存盤的動作(圖 )：圖 點選 BLAST Result 進行存檔 　　　　　　　　圖 左邊為 BLAST 后所儲存的檔案，右邊為 BLAST 進行編輯后的檔案 文件夾內(nèi)(圖 )左邊的檔案是 BLAST 搜尋的結(jié)果所儲存的檔案， （格式為 邊是開啟搜尋結(jié)果進行編輯后的存檔（格式為 用十分便利。 　 在右手邊的圖形窗口分成三個區(qū)塊，最上方的部分是表示比對的分數(shù)跟數(shù)目，綠色線表示用戶 的序列和數(shù)據(jù)庫序列相似度最高區(qū)域，顯示的分數(shù)所表達的是該區(qū)段所有比對結(jié)果分數(shù)的總合；藍 色線表示該區(qū)段和數(shù)據(jù)庫中比對到的序列數(shù)目，用戶光標(biāo)指向圖形就會顯示分數(shù)跟比對數(shù)目：圖 綠線為序列與數(shù)據(jù)庫相似度最高區(qū)域，藍線為該區(qū)段與數(shù)據(jù)庫比對到的數(shù)目 綠線 藍線 (Basic Local Alignment Search Tool) 　 以圖 為例，在位置 780bp 的部分為核酸 A，比對到的序列有 50 條，這 50 條序列分數(shù)的加總 為 分。一般 BLAST 搜尋只要使用 nr 數(shù)據(jù)庫就可以了。 　 用戶可以在 NTI 的附屬程序(圖 )下找到 BLAST Search：圖 使用附屬程序內(nèi)的 BLAST Search 工具 也可以從主程序上方 Tools 的項目進入(圖 )：圖 使用 Vector NTI 主程序開啟 BLAST Search 的功能 (圖 )，詢問使用者欲連結(jié)至哪一個服務(wù)器進行分析，使用 者只要點選上方的 NCBI BLAST Sever 就可以了，然后按下 OK 進入 BLAST 程序：圖 跳出詢問鏈接至服務(wù)器的窗口，選擇 NCBI BLAST Server 就可以 進入 BLAST 程序之后用戶可以看見一個操作的窗口，大致上會被分成兩個區(qū)塊(圖 )： 上方的字段是輸入使用者欲分析的序列；下方的字段是可以顯示分析的結(jié)果。 Amplify Selection：此功能和 Find PCR Primers 幾乎一樣，差別只是在于引子 的設(shè)計位置會落在用戶所選擇序列范圍端點跟端點的前后片段：圖 Amplify Selection 的設(shè)定 　 這個窗口(圖 )下使用者想要夾 400bp 到 800bp 的片段，引子的設(shè)計落點 會在這個范圍前后兩端，在 Before 跟 After 的選項用戶可以把引子的分析點從端 點的前后推進來進行分析（也可以不用設(shè)定，這樣子引子只會落在分析范圍的端 點內(nèi)） ，程序會分析出最佳的引子落點（大約涵蓋在端點序列前后部份） ，其他操 作方式和 Find PCR Primers 是相同的(圖 )。Add to Oligo List 功能和 Add to Gel Sample List 功能類似，一樣會把引子數(shù)據(jù)暫存在窗口中，以便于進一步的分析。首先在主程序中用戶將 PCR 反應(yīng)的區(qū)段序列用光標(biāo)選取，接 著進入 Analyses→Primer Design(圖 )：圖 選取 PCR 反應(yīng)的區(qū)段，設(shè)計特定核酸引子 　 此項目可以提供用戶根據(jù)不同的實驗需求進行引子設(shè)計。使用者打開左邊的文件夾后，會見到 電泳分析的結(jié)果；右手邊膠片數(shù)字編號的部分，按下鼠標(biāo)右鍵后也可以見到電泳 分析的結(jié)果(圖 )：圖 打開左窗口的檔案，于右窗口得到電泳分析結(jié)果 　 使用者還可以計算被限制酶剪切的片段在膠片上分離的時間， 只要用鼠標(biāo)選 就可以了(圖 )： 取欲分析之片段，再按下 圖 剪切限制酶的片段，進行片段的電泳分析 　 電泳圖的顏色和線條可以進行編輯，用戶只要在左邊窗口(圖 、)中 選項進行編輯： 的文件夾按下鼠標(biāo)右鍵或是點選 圖 在文件夾按鼠標(biāo)右鍵，以編輯電泳圖的顏色或線條 圖 設(shè)定電泳圖的線條 ，使用者可以在 Local Database 里 面設(shè)定使用者自己的 Marker(圖 )：圖 選取自己數(shù)據(jù)庫的 Marker 　 用戶在 Local Database 的窗口(圖 )中點選 Gel Markers 選項，就可以自行 加入新的 Marker 檔案，用戶將 Marker 的數(shù)據(jù)設(shè)定好之后按下確定即可。選擇好之后按下 Calculate 程序就會顯示分析后的結(jié)果(圖 )：圖 利用 RELP 顯示出所選取的分析結(jié)果 　 　 窗口中 Create Gel 的項目往后會再進一步介紹。 　 Back Translation：此功能能夠幫助用戶把胺基酸序列反轉(zhuǎn)譯成為 DNA 序列， 使用者只要選取欲分析之片段，接著執(zhí)行 Analyses→Back Translation 即可，執(zhí)行 反轉(zhuǎn)譯功能后會出現(xiàn)一個新窗口(圖 )：圖 利用 Back Translation 將胺基酸序列反轉(zhuǎn)譯為 DNA 序列 　 窗口上方的序列是原本的胺基酸序列，下方是進行反轉(zhuǎn)譯后所產(chǎn)生之 DNA 序列，我們可以根據(jù)物種的不同來進行條件的設(shè)定，Translation Table 可以下拉選 擇物種。 　 如此一來我們就有一張漂亮的序列圖形，可以應(yīng)用在報告或論文寫作上了。我們要在序列標(biāo)示特定標(biāo)記時，先將光標(biāo)移至圖譜窗口，接著按下 指令會出現(xiàn)圖 ：圖 編輯圖形設(shè)定 　 在窗口中左邊是程序已經(jīng)內(nèi)建好的圖形， 每一個圖形代表著序列種種不同的 生物功能；右邊我們可以編輯圖形的范圍和命名，設(shè)定好以后按 OK 就可以了。 ，可以進入上方 View 選項(圖 )：圖 使用 View 選項，改變主程序中窗口的位置 　 　最下面的三個指令( Change panes layout, Maximize Pane, Switch to standard layout )(圖 )可依個人喜好更改窗口的位置和排列方式。這時候可以將 Word 的字型和格式進行修改就可以修 正。 　 文字窗口會把我們所執(zhí)行的分析指令作一個簡單的描述整理， 以文件夾的型 態(tài)顯示，可以打開文件夾看個別的描述；其他敘述和說明則是在我們上一章所提 到，剪貼序列時操作窗口中可以設(shè)定的部分。除此之外，當(dāng)我們把程序關(guān)閉時，程 序也會自動幫我們進行自動儲存的動作，可以避免我們忘記儲存的疏忽。 　 接下來要建立屬于自己的數(shù)據(jù)庫了，以斑馬魚的基因序列為例，第一步在 后會在 Invitrogen vectors 下方出現(xiàn) ，會跳 DNA/RNA Molecules (圖 )的項目下點選 一個 Group1 的文件夾，可以自己改名。加載序列最 直接的方式是從程序的左上角點選File→Open將序列檔案開啟，但是注意檔案必須為 GenBank/GenPept， EMBL/SWISSPROT 或FASTA、ASCII等格式，要在符合格式的 情況下才能順利開啟序列。圖 Vector NTI 授權(quán)網(wǎng)絡(luò)設(shè)定，成功右下角會顯示 Connect OK ，在 Dynamic license 的頁面記得按下 Apply，最后在 Applications (圖 )把所有項目的 Demo mode 改成 Dynamic license。第一章 安裝和執(zhí)行程序 第一章　安裝和執(zhí)行程序　 Vector NTI 目前為網(wǎng)絡(luò)版本，需要連到主機確認用戶權(quán)力后才能運作。圖 Vector NTI 授權(quán)網(wǎng)絡(luò)設(shè)定 　　 Test Connection，程序會自動聯(lián)機測試，如果在右邊的聯(lián)機結(jié) 果顯示 Connection OK(圖 )，就表示設(shè)定成功；如果顯示 Connection error，則 表示聯(lián)機不成功，如果有開啟防火墻/防病毒軟件，請關(guān)閉或調(diào)整設(shè)定后再試一次。 　 　接下來就是將序列加載程序中，我們可以將實驗或是搜尋所獲得的序列數(shù)據(jù)放 進程序，本文將以一個針對斑馬魚基因篩選實驗所得到的序列作為范例。數(shù)據(jù)庫會因為序列的性質(zhì)不同而有不同的歸類， 想要看不同的類別可以在左上角選擇。 存檔：我們把序列加載主程序后要如何儲存？NTI 已經(jīng)默認檔案儲存路徑是指向 Local Database，只要按下 就可以存盤。在這三個指令后面的按鈕 則是該窗口可執(zhí)行的功能，此圖則是位于檢視圖譜窗口。 　 指令：這個指令可以直接將基因序列轉(zhuǎn)譯成胺基酸序列，轉(zhuǎn)譯出的胺基 (圖 )； 指令可以將胺基酸的序列反轉(zhuǎn)錄回基 因序列（序列必須為氨基酸） ，我們想要看基因轉(zhuǎn)譯的氨基酸序列時，只要用鼠 標(biāo)選取欲分析的片段后再按下 擊 析：圖 藍色區(qū)塊上方為斑馬魚海大基因序列進行轉(zhuǎn)譯后的結(jié)果 就可以了，若要消除轉(zhuǎn)譯分析的結(jié)果，可以單 按鈕就可以消除，下面的例子是選取一段斑馬魚的基因序列進行轉(zhuǎn)錄分 　 在序列編輯好以后， 如何將編輯好的序列輸出呢？我們只要點選 或是開 啟鼠標(biāo)右鍵點選 Camera 后會出現(xiàn)一個窗口(圖 )： ，來儲存序列 　　 　 我們可以選擇復(fù)制完整或部分的序列片段，若點選 file 可以直接將序列轉(zhuǎn)存 為文本文件；若是點選 Clipboard 我們就可以復(fù)制序列到其他的檔案下面，例如 Word、Power Point 等文件，選擇好格式后點選 Copy，之后，在其他的程序中按 貼上就可以輸出序列了，以下是輸出至 Word 檔的例子(圖 )：圖 將序列復(fù)制到 Word 中 NOTE：由于 NTI 的序列文字格式和 Word 的默認字形格式不同，所以貼到 Word 后會有序列不整齊的現(xiàn)象。 旁邊的按鈕 可以將我們選取的序列直接復(fù)制（和 Edit→Copy Sequence 一樣）無論是 Cut 或是 Copy 的部分， 都可以貼到序列的其他位置或是其他檔案（Word、記事本…）中 。接著就可開始 編輯圖形了。 圖 將編輯好的圖形輸出 　 圖形輸出后可以進行再編輯，以復(fù)制到 PowerPoint 為例子(圖 )，輸出的圖 輸出到 PowerPoint 的圖形結(jié)果 圖形為群組圖案，我們只要取消群組圖案后就可以編輯圖形和文字了。先將鼠標(biāo)指向序列窗口，按下鼠標(biāo)右鍵點選 Display Setup：圖 利用 ORF 工具，進行序列分析 　 我們只要把 ORFs 的項目打勾，若需要進行調(diào)整則按下 ， 此功能用戶可以自行設(shè)定 Open reading frame 的判定標(biāo)準(zhǔn)，完成之后按下 OK，用 戶將會在此窗口見到程序所注記的 Open reading frame 片段(圖 )：圖 利用 ORF 得到由 ORF 分析的結(jié)果 　 若要重新設(shè)定 Open reading frame 的分析只要執(zhí)行 Analyses→Translation→In Sequence Pane→ORFs，就可以重新進行條件設(shè)定(此項目等同于 )。 右邊的字段可以選擇限制 酶（可復(fù)選） 。 電泳分析的 結(jié)果的儲存方式和主程序的儲存方式相同。 　 核酸引子設(shè)計　 Vector NTI 有引子設(shè)計的功能，用戶可以根據(jù)實驗的需求，設(shè)計使用者所需 之特定核酸引子。 可以點選 Copy Item Data 進行輸出(圖 )： 　 若是直接訂購引子，使用者可以點選 Order 的項目，這樣子引子的數(shù)據(jù)就會 送到 Invrogen 公司進行引子合成服務(wù)。 　 使用者也可以在一開始分析時，就把引子的設(shè)定條件做更細部的修訂，在一 開始設(shè)定的字段中后面還有很多選項(圖 )：圖 在一開始的分析時，做細部的字段 　 使用者可以根據(jù)自身的需求去設(shè)定這些項目，在引子條件設(shè)定完成后，可以 按左下方的 儲存，之后若要在相同條件下設(shè)計引子時，只要按下 就可以叫出預(yù)設(shè)的條件。 (Basic Local Alignment Search Tool) 第九章　 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 　 Vector NTI BLAST 程序可以和 NCBI 的數(shù)據(jù)庫相通， 用戶只需透過 NTI 的界面就可以進行 BLAST 的功能，其搜尋結(jié)果和 NCBI 數(shù)據(jù)庫的結(jié)果完全相同。 在最右邊有個 Database 的項目可 以選擇，用戶可以根據(jù)不同的需求選擇不同數(shù)據(jù)庫。 NOTE：使用 Metafile 方式輸出時，若序列的全長過長（超過顯示畫面）的情形下就無法一次全 部輸出，只會出現(xiàn)顯示畫面上顯示的區(qū)域，此時用戶可以分批把不同的區(qū)域在同一顯示畫面下輸出 就可以解決（請參考第十章） ；若以文本文件的型式輸出出現(xiàn)字型格式的問題時，需針對字型跟格式 的相關(guān)設(shè)定進行調(diào)整。 若不滿意顯示的格式， 一樣可以按下鼠標(biāo)右鍵點選 Properties 進行更改：圖 可選擇 Hit Map Properties 設(shè)定不同顏色狀態(tài) 按下 OK 即完成修正：圖 利用 Hit Map Properties 修改，讓結(jié)果看起來更清晰 ，只要把鼠標(biāo)點向該圖形接著點選 后，就可以利用復(fù)制的功能進 行輸出。圖形的縱軸是計算的分數(shù)，橫軸 是序列的長度，相似度和相同度越高則分數(shù)越高，圖形的值就會越大。 Note：Guide tree 不是演化樹（Phylogenetic tree） 。注意輸出后會因為 NTI 格式的問題造成排列顯示不整齊，用戶必須將 字號和格式進行調(diào)整，非常麻煩，不建議使用此格式輸出。除了 Identity 之外，使用者還可以改成其他的表示方式，可以選擇 左上方的圖示： 表示顯示 Consensus 只是用于蛋白質(zhì)序列） （ ； 做打印或者點選 表示顯示 guide tree 的 distance。前者是表示比對的嚴謹度，數(shù)值越小越嚴謹。 ’colors 項目(圖 )表示比對后各序列相似區(qū)域所顯示的顏色，默認 值為紅色，可以依照喜好設(shè)定顏色。如果操 或是 來看其前后操作。圖 載入序列后的結(jié)果 想要看每個 abi 檔案的訊號可以將加載的訊號文件用鼠標(biāo)點選打開(圖 )： ，下方為序列定序的訊號 打開檔案后會出現(xiàn)一個窗口(圖 )，右邊是該檔案的序列；下面是序列在定 序過程時的訊號。 在串接時候每個串接序列的重迭區(qū)域序列如果不相符合的話， Contig 的窗口 在 中圖片的下方綠色線部分會呈現(xiàn)凹陷(圖 )；下方序列也會將不符合的部分標(biāo)示 出來：圖 不符合的重迭區(qū)域位在綠色線凹陷的地方 ，修改的第一步要先觀察重迭區(qū)域的訊號，用戶可以在下方序列窗口中點 選序列后按下鼠標(biāo)右鍵(圖 )：圖 先觀察區(qū)域重迭的部份，將其訊號打開做調(diào)整 使用者可以選擇 打開所有訊號：圖 打開所有的訊號 打開訊號或是 ，而下方訊號則是非常的不