【正文】 項目下 Cut 和 Delete 這兩個指令也可以執(zhí)行刪除序列，操作方法同上。 在 Options 可以調整我們想要搜尋的條件。這時候可以將 Word 的字型和格式進行修改就可以修 正。圖 編排斑馬魚海大基因序列，讓畫面更加清晰 　 指令： 的指令可以用來顯示序列的互補股，主程序會 自動幫我們執(zhí)行此功能，如果不想讓序列顯示互補股，只要單擊該按鈕就可以將 此功能解除，序列就只會顯示單股序列。學 會了文字編輯后，接下來我們發(fā)現序列的排列似乎不是很美觀，想要改變序列的 排列方式可以在序列窗口狀態(tài)下點鼠標右鍵進入 Display setup，或是點 這時會出現下面指令(圖 )：圖 檢視工具 按鈕 　 點選 Sequence setup 項目后會出現： 　 我們可以在這個序列檢視工具 (圖 )之下設定各種的排列方式，底下的序 列窗口為一個預覽窗口，會依我們的設定而變動，將設定調整好后按 OK 就可以 了，如此一來就可以有一個整齊美觀的序列呈現在我們面前。 或者是將鼠標點擊序列窗口，所出現的指令有 ，其中 ，我們只要將欲編輯的序列用鼠標反白后，點選這些指令就可以修改字 型、大小和顏色等文字編輯的功能，以下是將序列背景顏色和文字顏色進行編輯 過后的樣子(圖 )，我們可以依個人喜好來掌握文字的編輯。 　 文字窗口會把我們所執(zhí)行的分析指令作一個簡單的描述整理， 以文件夾的型 態(tài)顯示，可以打開文件夾看個別的描述；其他敘述和說明則是在我們上一章所提 到，剪貼序列時操作窗口中可以設定的部分。若要在不同的窗口下進行檢視或 編輯，可以按這三個按鈕或是直接將鼠標點擊該窗口。 現在我們已經將斑馬魚的基 因序列加載主程序中，接下來要如何處理文字和序列的編輯呢？ 匯入序列后將出現如圖 畫面：圖 一般接口操作指令 　 注意在紅色框線的那一排是窗口的一般操作指令，隨著光標所在位置的不 這三個指令，分別代表著三 同，窗口所出現的指令也會不同。欲開啟儲存的檔案只要連續(xù)點兩下就可以直接打開。除此之外，當我們把程序關閉時，程 序也會自動幫我們進行自動儲存的動作，可以避免我們忘記儲存的疏忽。從這條路徑一樣可以建立序列資料，但是存盤時會存在 內建好的 Database 中。之后要開 啟此數據時，只要進入 Local Database 后，在自己建立的文件夾下連續(xù)點兩下該 文件名就可以直接開啟。 　 接著再點選 Sequences and Maps: 圖 編輯斑馬魚海大基因的序列 　 在此窗口(圖 )下， 我們就將要加載的序列先全選后再按復制， 之后在這窗 口下點選 Paste 后就可以貼入序列。 　 接下來要建立屬于自己的數據庫了，以斑馬魚的基因序列為例，第一步在 后會在 Invitrogen vectors 下方出現 ，會跳 DNA/RNA Molecules (圖 )的項目下點選 一個 Group1 的文件夾，可以自己改名。Local Database 開啟后會看到下面 　 進入數據庫后會先看到右手邊的窗口有一大堆數據， 那是程序事先內建好的 序列數據，可以直接點選開啟。我們自身主機的數據庫叫做 Local Database，同時 NTI 提供了數據庫分享的功能，可以透過網絡和其他主機交換或 分享序列數據。 　數據庫建立和儲存序列　 在了解主程序的樣子之后，接下來必須要先了解 NTI 的數據是如何儲存和讀取， 并且建立自己的序列數據庫。加載序列最 直接的方式是從程序的左上角點選File→Open將序列檔案開啟，但是注意檔案必須為 GenBank/GenPept， EMBL/SWISSPROT 或FASTA、ASCII等格式，要在符合格式的 情況下才能順利開啟序列。文字窗口會將分析結果，作簡 單的文字敘述，并且可以自動做注記；圖譜窗口會將序列以一個卡通圖形進行說明， 同時具有繪圖的功能；序列窗口會將分析結果，標定在序列上面，以序列呈現出來。這樣DNA molecules， proteins， enzymes， oligos，and gel markers 將組成NTI 的 數據庫，并出現下列三個窗口()。 　 聯機設定完成后就可以開始執(zhí)行程序來操作了， 首先 NTI 的文件夾有許多項目可 供選擇：其中一個為主程序(Vector NTI)，而其他的功能項目是附加在主程序底下，可 以各別開啟操作，也可以在主程序下面執(zhí)行(圖 )。圖 Vector NTI 授權網絡設定，成功右下角會顯示 Connect OK ，在 Dynamic license 的頁面記得按下 Apply，最后在 Applications (圖 )把所有項目的 Demo mode 改成 Dynamic license。 (圖 )里面建議選取 Direct Connection，這樣當 IE 設定 Proxy 之后，才不會導致 Vector NTI 因為 IP 不在校內而不能聯機。圖 授權設定 Applications 頁面中(圖 )，點選下面的 Dynamic 按鈕，上面四個字段請?zhí)?上使用者的姓名，系所單位，電話和電子郵件位置，最下面一欄 URL of DLS 請入以 下字符串： :8080/。但用戶 IP 位置必須位于海洋大學校內，方可與授權服務器聯機。第一章 安裝和執(zhí)行程序 第一章　安裝和執(zhí)行程序　 Vector NTI 目前為網絡版本，需要連到主機確認用戶權力后才能運作。廠商并沒 有針對授權時間進行限制， 因此只要設定好 License Server 的相關設定即可使用， 不 需要額外進行申請。 請下載下面這個檔案進行安裝 ，變更為自服務器取得授權的方式： →程序集→Invitrogen→Vector NTI Advance 10→License Manager(圖 )。 DLS Server requires authentication 目前不需要勾選。圖 Vector NTI 授權網絡設定 　　 Test Connection，程序會自動聯機測試，如果在右邊的聯機結 果顯示 Connection OK(圖 )，就表示設定成功；如果顯示 Connection error，則 表示聯機不成功，如果有開啟防火墻/防病毒軟件，請關閉或調整設定后再試一次。圖 授權設定，將所有的 Demo mode 改為 Dynamic license 　　　 Vector NTI 應該都可以正常用戶許可證運作， 如果發(fā)生聯機問題請 與本中心的人員聯絡。圖 Vector NTI 主程序及附屬程序 各別開啟 主程序開啟 ，點選 OK。圖 左邊為文字窗口，右邊為圖譜窗口，下方為序列窗口 圖譜窗口 文字窗口 序列窗口 　　 　 　這三個窗口為文字窗口、圖譜窗口和序列窗口。 　 　接下來就是將序列加載程序中，我們可以將實驗或是搜尋所獲得的序列數據放 進程序，本文將以一個針對斑馬魚基因篩選實驗所得到的序列作為范例。另一種方式是用剪貼的方式將序列貼入程序中，將在第二 章介紹。 NTI 的程序中會有一個內建好的數據庫， 在 同時把 存盤的路徑預先設定在數據庫的位置之中。 　 如何建立自己的數據庫？首先在主程序下點選 數據庫， 圖示(圖 )：圖 使用 Local Database 開啟數據庫 （Local Database）開啟 為分享和交換數據庫的指令。數據庫會因為序列的性質不同而有不同的歸類， 想要看不同的類別可以在左上角選擇。在新的文件夾項目下再點選 出一個窗口(圖 )：圖 新建數據庫 　 旁邊的字段可以輸入名稱，接著點選 DNA/RNA Molecule(圖 )： 　　 　 在此項目下可以選擇序列的特性， 這些項目的選擇會影響到主程序的分析和 圖譜形狀，可以依照序列的特性設定。 　 接著按 OK 后再按確定(圖 )，如此便建立好我們的序列數據了。 NOTE：上一章提到剪貼方式加載序列的方法和上面相同，只是要從主程序中左 上角的 File→Create New Sequence→Using Sequence Editor (DNA/RNA) or Using Sequence Editor (Protein)。 存檔：我們把序列加載主程序后要如何儲存？NTI 已經默認檔案儲存路徑是指向 Local Database，只要按下 就可以存盤。一般來 說檔案存在 Local Database 的文件夾內是很安全，但是為了以防萬一，在此強烈 建議再存一個備份文件：在 File 項目下選擇 Save as 后就可以選擇我們想要儲存 的文件夾位置。 　接口基本操作本章介紹序列窗口和文字窗口的基本操作指令。先看 個不同的窗口，依序是文字、圖譜和序列窗口。在這三個指令后面的按鈕 則是該窗口可執(zhí)行的功能，此圖則是位于檢視圖譜窗口。我們在加載序列的時候會看到圖譜 被程序標上限制酶的切位，若不需此信息可以在文字窗口下按 　 序列窗口的編輯點：點選 去除。圖 修改序列背景、字號和顏色 　 圖 是將其中一段的文字背景改成紫色，另一段的文字顏色改成紅色。這些序列排列的設 定可以在 Display setup 的窗口內點選 Save settings as 儲存，之后只要開啟主程序 就會依照我們的設定來排列(圖 )。 　 指令：這個指令可以直接將基因序列轉譯成胺基酸序列，轉譯出的胺基 (圖 )； 指令可以將胺基酸的序列反轉錄回基 因序列（序列必須為氨基酸） ，我們想要看基因轉譯的氨基酸序列時，只要用鼠 標選取欲分析的片段后再按下 擊 析：圖 藍色區(qū)塊上方為斑馬魚海大基因序列進行轉譯后的結果 就可以了，若要消除轉譯分析的結果，可以單 按鈕就可以消除，下面的例子是選取一段斑馬魚的基因序列進行轉錄分 　 在序列編輯好以后， 如何將編輯好的序列輸出呢？我們只要點選 或是開 啟鼠標右鍵點選 Camera 后會出現一個窗口(圖 )： ，來儲存序列 　　 　 我們可以選擇復制完整或部分的序列片段，若點選 file 可以直接將序列轉存 為文本文件；若是點選 Clipboard 我們就可以復制序列到其他的檔案下面，例如 Word、Power Point 等文件，選擇好格式后點選 Copy，之后，在其他的程序中按 貼上就可以輸出序列了，以下是輸出至 Word 檔的例子(圖 )：圖 將序列復制到 Word 中 NOTE：由于 NTI 的序列文字格式和 Word 的默認字形格式不同，所以貼到 Word 后會有序列不整齊的現象。 　 指令：點選 可以搜尋我們想要尋找序列中的特定片段(圖 )：圖 Find sequence 用來搜尋特定序列片段 　 在 Find what 的字段中輸入欲搜尋的片段，按下 Find Next 就可以進行搜尋。 　 除此之外，我們可以在鼠標右鍵出現的指令中點選 Reverse selection 可以將 我們選取的序列轉變成為此序列的互補股(圖 )：圖 點選 Reverse Selection 產生序列的互補股 　 Vector NTI 還有在原有的序列中刪除或是插入另一段序列的功能，想要在原 來的序列中插入另一段序列時，先將光標移動到想要插入的位置后，在上方 Edit 項目中選擇 New→Insert Sequence at * bp，*表示插入的位置，圖 中是以第 14 個 bp 的位置進行說明： 　 此時我們就可以插入新的序列， 并可以用手動輸入或是復制貼上的方式進行 序列編輯(圖 )：圖 編輯插入的新序列 　 按下 OK 就可以把序列插入(圖 )： ，選取該區(qū)段后按下圖 選取所要刪除的序列片段部份 按鈕： 　 按下確定就可以將該區(qū)段刪除(圖 )。 NOTE：利用 或是 Cut 指令可以把刪去的序列貼回原處或是序列的其他位置， 但是 Delete 指令不行。 旁邊的按鈕 可以將我們選取的序列直接復制（和 Edit→Copy Sequence 一樣）無論是 Cut 或是 Copy 的部分， 都可以貼到序列的其他位置或是其他檔案（Word、記事本…）中 。圖 重新排列后的窗口位置 　圖譜的編輯與輸出　 Vector NTI 主程序中的圖譜窗口有內建作圖和圖形編輯功能，我們可以依照 自身的需求進行繪圖，圖形可以進行輸出成為個人的美術作品。 視圖譜大小和形狀： 可以檢 能夠改變圖形的形狀，把序列變成圓形或是直線， 圓形的圖形適用于表現質體序列的形狀；直線適用于表現單一股序列形狀。 　 圖譜被程序標上限制酶的切位必須要移除。接著就可開始 編輯圖形了。圖 選擇所要編輯的圖形 　 接著編輯的圖形就會出現在圖譜窗口：圖 選擇斑馬魚海大基因，所出現的圖形畫面 　 若要修改內建的圖形顯示方式，可以點選 按鈕(圖 )，針對個人喜好 進行設定：圖 Graphics Display Setup，為修改圖形顯示的工具 　 按下 OK 就可已更改為欲設定的圖形(圖 )：圖 修改后的結果 　 關于圖形的大小和文字的更變，我們可以按住 Ctrl 后按下圖 調整圖形的大小及文字的變更 按鈕，接著就 可以調整圖形和文字(圖 )： 　 我們還可以更進一步進行完整的編輯， 按下 按鈕可以點選圖譜窗口中任 何的圖形或文字進行編輯(圖 )：圖 更進一步的對圖形進行編輯 　 點選圖形或文本塊后可以進行上下拖移和改變形狀的功能； 按下鼠標右鍵可 以更改格式，點選 Properties 后可選擇許多不同表示方法(圖 )： (圖 )。圖 Properties 文字編輯的結果 　 在最旁邊有個回形針的按鈕(圖 )，點選之后可以輸入相關的文字作為批 注。圖 圖形的批注結果 NOTE：想要刪除圖形或是文字的話可以點選欲刪除的區(qū)塊，按下鼠標右鍵或是 進入 Edit 內選擇 Delete Feature Form FMap，再按確定就可以了。 圖 將編輯好的圖形輸出 　 圖形輸出后可以進行再編輯，以復制到 PowerPoint 為例子(圖 )，輸出的圖 輸出到 PowerPoint 的圖形結果 圖形為群組圖案，我們只要取消群組圖案后就可以編輯圖形和文字了。 　序列轉譯　 用戶可以將 DNA 序列藉由 Vector NTI 軟件轉譯成為胺基酸序列，第一個方 按鈕(圖 )： 式如前一章所介紹的在主程序下直接用 圖 將 DNA 序列轉成胺基酸 　 如果想要取消這項功能，只要按下 就可以了(圖 )。 　 另一種作法是將欲轉譯的序列選取后， 進入上方 Analyses→Translation(圖