【正文】 在串接時候每個串接序列的重迭區(qū)域序列如果不相符合的話， Contig 的窗口 在 中圖片的下方綠色線部分會呈現(xiàn)凹陷(圖 )；下方序列也會將不符合的部分標(biāo)示 出來：圖 不符合的重迭區(qū)域位在綠色線凹陷的地方 ，修改的第一步要先觀察重迭區(qū)域的訊號，用戶可以在下方序列窗口中點(diǎn) 選序列后按下鼠標(biāo)右鍵(圖 )：圖 先觀察區(qū)域重迭的部份，將其訊號打開做調(diào)整 使用者可以選擇 打開所有訊號：圖 打開所有的訊號 打開訊號或是 ，而下方訊號則是非常的不穩(wěn) 定。如果操 或是 來看其前后操作。前者是表示比對的嚴(yán)謹(jǐn)度，數(shù)值越小越嚴(yán)謹(jǐn)。注意輸出后會因?yàn)?NTI 格式的問題造成排列顯示不整齊，用戶必須將 字號和格式進(jìn)行調(diào)整，非常麻煩，不建議使用此格式輸出。圖形的縱軸是計(jì)算的分?jǐn)?shù)，橫軸 是序列的長度，相似度和相同度越高則分?jǐn)?shù)越高，圖形的值就會越大。 NOTE：使用 Metafile 方式輸出時，若序列的全長過長（超過顯示畫面）的情形下就無法一次全 部輸出，只會出現(xiàn)顯示畫面上顯示的區(qū)域，此時用戶可以分批把不同的區(qū)域在同一顯示畫面下輸出 就可以解決（請參考第十章） ；若以文本文件的型式輸出出現(xiàn)字型格式的問題時，需針對字型跟格式 的相關(guān)設(shè)定進(jìn)行調(diào)整。 (Basic Local Alignment Search Tool) 第九章　 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 　 Vector NTI BLAST 程序可以和 NCBI 的數(shù)據(jù)庫相通， 用戶只需透過 NTI 的界面就可以進(jìn)行 BLAST 的功能，其搜尋結(jié)果和 NCBI 數(shù)據(jù)庫的結(jié)果完全相同。 可以點(diǎn)選 Copy Item Data 進(jìn)行輸出(圖 )： 　 若是直接訂購引子，使用者可以點(diǎn)選 Order 的項(xiàng)目，這樣子引子的數(shù)據(jù)就會 送到 Invrogen 公司進(jìn)行引子合成服務(wù)。 電泳分析的 結(jié)果的儲存方式和主程序的儲存方式相同。先將鼠標(biāo)指向序列窗口，按下鼠標(biāo)右鍵點(diǎn)選 Display Setup：圖 利用 ORF 工具，進(jìn)行序列分析 　 我們只要把 ORFs 的項(xiàng)目打勾，若需要進(jìn)行調(diào)整則按下 ， 此功能用戶可以自行設(shè)定 Open reading frame 的判定標(biāo)準(zhǔn)，完成之后按下 OK，用 戶將會在此窗口見到程序所注記的 Open reading frame 片段(圖 )：圖 利用 ORF 得到由 ORF 分析的結(jié)果 　 若要重新設(shè)定 Open reading frame 的分析只要執(zhí)行 Analyses→Translation→In Sequence Pane→ORFs，就可以重新進(jìn)行條件設(shè)定(此項(xiàng)目等同于 )。接著就可開始 編輯圖形了。 　 指令：這個指令可以直接將基因序列轉(zhuǎn)譯成胺基酸序列，轉(zhuǎn)譯出的胺基 (圖 )； 指令可以將胺基酸的序列反轉(zhuǎn)錄回基 因序列（序列必須為氨基酸） ，我們想要看基因轉(zhuǎn)譯的氨基酸序列時，只要用鼠 標(biāo)選取欲分析的片段后再按下 擊 析：圖 藍(lán)色區(qū)塊上方為斑馬魚海大基因序列進(jìn)行轉(zhuǎn)譯后的結(jié)果 就可以了，若要消除轉(zhuǎn)譯分析的結(jié)果，可以單 按鈕就可以消除，下面的例子是選取一段斑馬魚的基因序列進(jìn)行轉(zhuǎn)錄分 　 在序列編輯好以后， 如何將編輯好的序列輸出呢？我們只要點(diǎn)選 或是開 啟鼠標(biāo)右鍵點(diǎn)選 Camera 后會出現(xiàn)一個窗口(圖 )： ，來儲存序列 　　 　 我們可以選擇復(fù)制完整或部分的序列片段，若點(diǎn)選 file 可以直接將序列轉(zhuǎn)存 為文本文件；若是點(diǎn)選 Clipboard 我們就可以復(fù)制序列到其他的檔案下面，例如 Word、Power Point 等文件，選擇好格式后點(diǎn)選 Copy，之后，在其他的程序中按 貼上就可以輸出序列了，以下是輸出至 Word 檔的例子(圖 )：圖 將序列復(fù)制到 Word 中 NOTE：由于 NTI 的序列文字格式和 Word 的默認(rèn)字形格式不同，所以貼到 Word 后會有序列不整齊的現(xiàn)象。 存檔：我們把序列加載主程序后要如何儲存？NTI 已經(jīng)默認(rèn)檔案儲存路徑是指向 Local Database，只要按下 就可以存盤。 　 　接下來就是將序列加載程序中，我們可以將實(shí)驗(yàn)或是搜尋所獲得的序列數(shù)據(jù)放 進(jìn)程序，本文將以一個針對斑馬魚基因篩選實(shí)驗(yàn)所得到的序列作為范例。第一章 安裝和執(zhí)行程序 第一章　安裝和執(zhí)行程序　 Vector NTI 目前為網(wǎng)絡(luò)版本，需要連到主機(jī)確認(rèn)用戶權(quán)力后才能運(yùn)作。加載序列最 直接的方式是從程序的左上角點(diǎn)選File→Open將序列檔案開啟，但是注意檔案必須為 GenBank/GenPept， EMBL/SWISSPROT 或FASTA、ASCII等格式，要在符合格式的 情況下才能順利開啟序列。除此之外，當(dāng)我們把程序關(guān)閉時，程 序也會自動幫我們進(jìn)行自動儲存的動作，可以避免我們忘記儲存的疏忽。這時候可以將 Word 的字型和格式進(jìn)行修改就可以修 正。我們要在序列標(biāo)示特定標(biāo)記時，先將光標(biāo)移至圖譜窗口，接著按下 指令會出現(xiàn)圖 ：圖 編輯圖形設(shè)定 　 在窗口中左邊是程序已經(jīng)內(nèi)建好的圖形， 每一個圖形代表著序列種種不同的 生物功能；右邊我們可以編輯圖形的范圍和命名，設(shè)定好以后按 OK 就可以了。 　 Back Translation：此功能能夠幫助用戶把胺基酸序列反轉(zhuǎn)譯成為 DNA 序列， 使用者只要選取欲分析之片段，接著執(zhí)行 Analyses→Back Translation 即可，執(zhí)行 反轉(zhuǎn)譯功能后會出現(xiàn)一個新窗口(圖 )：圖 利用 Back Translation 將胺基酸序列反轉(zhuǎn)譯為 DNA 序列 　 窗口上方的序列是原本的胺基酸序列，下方是進(jìn)行反轉(zhuǎn)譯后所產(chǎn)生之 DNA 序列，我們可以根據(jù)物種的不同來進(jìn)行條件的設(shè)定，Translation Table 可以下拉選 擇物種。使用者打開左邊的文件夾后，會見到 電泳分析的結(jié)果；右手邊膠片數(shù)字編號的部分，按下鼠標(biāo)右鍵后也可以見到電泳 分析的結(jié)果(圖 )：圖 打開左窗口的檔案，于右窗口得到電泳分析結(jié)果 　 使用者還可以計(jì)算被限制酶剪切的片段在膠片上分離的時間， 只要用鼠標(biāo)選 就可以了(圖 )： 取欲分析之片段，再按下 圖 剪切限制酶的片段，進(jìn)行片段的電泳分析 　 電泳圖的顏色和線條可以進(jìn)行編輯，用戶只要在左邊窗口(圖 、)中 選項(xiàng)進(jìn)行編輯： 的文件夾按下鼠標(biāo)右鍵或是點(diǎn)選 圖 在文件夾按鼠標(biāo)右鍵，以編輯電泳圖的顏色或線條 圖 設(shè)定電泳圖的線條 ，使用者可以在 Local Database 里 面設(shè)定使用者自己的 Marker(圖 )：圖 選取自己數(shù)據(jù)庫的 Marker 　 用戶在 Local Database 的窗口(圖 )中點(diǎn)選 Gel Markers 選項(xiàng)，就可以自行 加入新的 Marker 檔案，用戶將 Marker 的數(shù)據(jù)設(shè)定好之后按下確定即可。Add to Oligo List 功能和 Add to Gel Sample List 功能類似，一樣會把引子數(shù)據(jù)暫存在窗口中，以便于進(jìn)一步的分析。 　 用戶可以在 NTI 的附屬程序(圖 )下找到 BLAST Search：圖 使用附屬程序內(nèi)的 BLAST Search 工具 也可以從主程序上方 Tools 的項(xiàng)目進(jìn)入(圖 )：圖 使用 Vector NTI 主程序開啟 BLAST Search 的功能 (圖 )，詢問使用者欲連結(jié)至哪一個服務(wù)器進(jìn)行分析，使用 者只要點(diǎn)選上方的 NCBI BLAST Sever 就可以了，然后按下 OK 進(jìn)入 BLAST 程序：圖 跳出詢問鏈接至服務(wù)器的窗口，選擇 NCBI BLAST Server 就可以 進(jìn)入 BLAST 程序之后用戶可以看見一個操作的窗口，大致上會被分成兩個區(qū)塊(圖 )： 上方的字段是輸入使用者欲分析的序列；下方的字段是可以顯示分析的結(jié)果。 　 在右手邊的圖形窗口分成三個區(qū)塊，最上方的部分是表示比對的分?jǐn)?shù)跟數(shù)目，綠色線表示用戶 的序列和數(shù)據(jù)庫序列相似度最高區(qū)域，顯示的分?jǐn)?shù)所表達(dá)的是該區(qū)段所有比對結(jié)果分?jǐn)?shù)的總合；藍(lán) 色線表示該區(qū)段和數(shù)據(jù)庫中比對到的序列數(shù)目，用戶光標(biāo)指向圖形就會顯示分?jǐn)?shù)跟比對數(shù)目：圖 綠線為序列與數(shù)據(jù)庫相似度最高區(qū)域，藍(lán)線為該區(qū)段與數(shù)據(jù)庫比對到的數(shù)目 綠線 藍(lán)線 (Basic Local Alignment Search Tool) 　 以圖 為例，在位置 780bp 的部分為核酸 A，比對到的序列有 50 條，這 50 條序列分?jǐn)?shù)的加總 為 分。圖形可以用鼠 標(biāo)去選擇特定的范圍，下方的序列顯示就會跳到該選擇范圍：圖 下方為序列比對的圖形，左邊中間為圖形的導(dǎo)引樹，右邊為序列比對的計(jì)算分?jǐn)?shù)和分布范圍 　 和 BLAST 的分析一樣，用戶可以設(shè)定圖形表示的方式。圖 是以每 100 個 nucleotide 換行做輸出的結(jié)果，排列顯示既不整齊也不美觀。后者表示相似序列的長度，數(shù) 值越大圖形越長。 作許多不同的 block 造成比較多的 link 狀況可以用 使用者可以依照自己的需求將不同的 block 進(jìn)行不同的 link(圖 )：圖 觀察多組序列的 block 右邊的圖形和序列比對可以利用鼠標(biāo)右鍵的 Camera 進(jìn)行輸出(圖 )：圖 將序列比對結(jié)果輸出 用戶操作的結(jié)果和 AlignX 一樣可從 Project 項(xiàng)目進(jìn)去后選擇 Save 或者是 Save as 進(jìn)行儲存，以后只要直接打開儲存的檔案就可以了。因此可采用上方的序列修改。圖 為一個訊號穩(wěn)定的例子 G 2357 A T A G C A G G A A G A T G T G G A G T G T T T G C G G A G T C T G A T Fr agment E1 2_T7 0 G 300 A T A G C A G G A 309 A G 31 0 31 1 A T 31 31 2 3 G T 31 4 31 5 G 31 6 G 31 7 A 31 8 G 31 9 T 320 G T T T G C 325 326 G G A G T C T G 334 A T 335 336 301 302 303 304 305 306 307 308 321 322 323 324 327 328 329 330 331 332 333 以圖 范例而言，訊號極為穩(wěn)定，其峰值相當(dāng)尖且單純。 如果想要取消此功能只要按下 或是 Blocks→Unlink 就可以恢復(fù)原狀。另一個是 Window。Wrap sequences 可以設(shè)定換行的長度，默認(rèn)值是 50， 表示每 50 個 acid 將會自動換行，Exclude consensus 選項(xiàng)可以選擇是否將 Consensus Sequence 輸出。 　 右邊的區(qū)塊分成三個部分：最上面的圖形是所有序列比對的相似度（Similarity） 分析；中間的圖形是所有序列的相同度(Identity)分析；下方的圖形是表示序列和所有 序列之間的共有序列（Consensus sequence）的分析。比 對的結(jié)果可以選擇 輸出： 圖 在黃色區(qū)塊，上方為使用者輸入的序列，下方為數(shù)據(jù)庫比對的序列，可用 Camera 輸出圖檔 黃色區(qū)塊 　 用戶可以選擇使用圖形文件（Metafile）或者是文本文件（Text）進(jìn)行輸出，只要按下 OK 后就可 利用貼上功能輸出到其他程序中（如 Word） 。設(shè)計(jì)引子時多 嘗試不同的條件配合 NTI 軟件進(jìn)行分析，如此用戶較有機(jī)會得到最佳的引子。 在每組的正向和反向引子下方會顯示序列的相關(guān)數(shù)據(jù)， 用戶想要儲存結(jié)果只要選 取引子，接著按下鼠標(biāo)右鍵：圖 選取序列字段后右鍵單擊，對引子進(jìn)行儲存動作 　 使用者可以點(diǎn)選 Save To Database(圖 )：圖 儲存引子到數(shù)據(jù)庫 　 存取方式和前一章所介紹的作法是完全相同的，存盤的默認(rèn)路徑指向 Local Database 中的 Oligos 文件夾里 （如同前一章所介紹的方式， 使用者也可以在 Local Database 中建立屬于自己的引子檔案夾） 如果想要輸出序列， 。使用者點(diǎn) 選項(xiàng)就可以選擇 Marker(圖 )：圖 選擇所要制作的膠片 (圖 )：圖 加入膠片之后的結(jié)果，呈現(xiàn)在右邊窗口 　 接著加入使用者的樣品，只要點(diǎn)選 　 選項(xiàng)即可： 圖 加入使用者樣品 此設(shè)定窗口(圖 )和上一章所提到的 RFLP 設(shè)定完全相同，用戶只要選取數(shù) 據(jù)庫中的基因序列及限制酶后，再按下 Add to Gel 就可以加入膠片中了： 　 此窗口(圖 )樣品和限制酶一樣可以復(fù)選， 使用者可以針對不同的需求進(jìn)行 調(diào)整，要放入膠中的分析物只要按下 Add to Gel，選取完所有的樣品后關(guān)閉此窗 口就可以進(jìn)行電泳分析，把光標(biāo)移至電泳片上方：圖 加入樣品后的結(jié)果，電泳分析的結(jié)果 　 使用者可以見到上方有一個時間軸的按鈕 ，只要點(diǎn)最 ，時間旁邊的兩個按鈕可以手動控制電泳分析的時 間：圖 控制電泳分析時間，分析不同的時間點(diǎn) 　 若要停止電泳分析只要在膠片上面在點(diǎn)一下鼠標(biāo)左鍵就可以了。除此之外最下面多了一個 ORFs 的功能，這個功能可以幫助我們 分析序列的 Open reading frame： 首先使用者需先將分析 Open reading frame(圖 ) 的功能打開。在上方 Analysis→Restriction Analysis→Restriction sites 中點(diǎn)選 Remove ALL 再按 OK 就可以了。圖 編排斑馬魚海大基因序列，讓畫面更加清晰 　 指令： 的指令可以用來顯示序列的互補(bǔ)股，主程序會 自動幫我們執(zhí)行此功能，如果不想讓序列顯示互補(bǔ)股，只要單擊該按鈕就可以將 此功能解除，序列就只會顯示單股序列。從這條路徑一樣可以建立序列資料，但是存盤時會存在 內(nèi)建好的 Database 中。文字窗口會將分析結(jié)果，作簡 單的文字?jǐn)⑹?，并且可以自動做注記；圖譜窗口會將序列以一個卡通圖形進(jìn)行說明， 同時具有繪圖的功能；序列窗口會將分析結(jié)果，標(biāo)定在序列上面，以序列呈現(xiàn)出來。廠商并沒 有針對授權(quán)時間進(jìn)行限制， 因此只要設(shè)定好 License Server 的相關(guān)設(shè)定即可使用， 不 需要額外進(jìn)行申請。另一種方式是用剪貼的方式將序列貼入程序中，將在第二 章介紹。一般來 說檔案存在 Local Database 的文件夾內(nèi)是很安全，但是為了以防萬一，在此強(qiáng)烈 建議再存一個備份文件：在 File 項(xiàng)目下選擇 Save as 后就可以選擇我們想要儲存 的文件夾位置。 　 指令：點(diǎn)選 可以搜