【正文】 ) 功能進行轉(zhuǎn)譯：圖 利用 Analyses→Translation，將 DNA 序列轉(zhuǎn)成胺基酸 　 在進行轉(zhuǎn)譯之前，使用者可以針對特定的物種設(shè)定轉(zhuǎn)譯的密碼，主程序的密 碼設(shè)定為一般標準的密碼，我可以進入 Set Genetic Code(圖 )來更改密碼：圖 利用 Genetic code 更改轉(zhuǎn)譯密碼 ，用戶若要進行密碼編輯時(圖 )，可以按下 NEW 這個按鈕進行編輯：圖 選取海大斑馬魚密碼進行編輯 　 　 決定好密碼后，用戶即可使用 Analyses→Translation→Into New Protein 來進行圖 利用 Direct Strand 來進行序列正股轉(zhuǎn)譯 序列轉(zhuǎn)譯的功能： 　 其中 Direct Strand(圖 )是將 DNA 序列進行正股轉(zhuǎn)譯；Complementary Strand 是將序列的互補股進行轉(zhuǎn)譯；而 6 Frame Translation 是將正股和互補股各從起使 第一、第二和第三的位置進行轉(zhuǎn)譯，所以會有六個胺基酸序列數(shù)據(jù)產(chǎn)生(圖 )：圖 進行 DNA 序列正股轉(zhuǎn)譯后的結(jié)果 　 執(zhí)行這三個指令后程序會產(chǎn)生一個新的窗口(若采用 6 Frame Translation 功能 則會產(chǎn)生六個)，在程序執(zhí)行轉(zhuǎn)譯功能前會跳出一個建立序列的窗口(圖 )，用 戶可以在此窗口命名和進行相關(guān)的批注，也可以將此序列檔案存放在 Local Database 的特定位置：圖 序列轉(zhuǎn)譯之前的命名及批注編輯 　 完成之后按確定就會出現(xiàn)序列轉(zhuǎn)譯后的結(jié)果(圖 )：圖 序列轉(zhuǎn)譯后的結(jié)果 　 進行轉(zhuǎn)譯功能后所產(chǎn)生的窗口，其界面的操作方式跟原本的窗口完全相同， 我們可以進行序列編輯、繪圖以及數(shù)據(jù)輸出，在文字窗口的 Analysis 項目可以看 到本程序?qū)D(zhuǎn)譯出蛋白質(zhì)序列的相關(guān)批注。 Analyses→Translation→In Sequence Pane：這個項目其實就等于 按鈕，其 內(nèi)建的功能跟 Into New Protein 是一樣的， 差別只是在于轉(zhuǎn)譯的結(jié)果直接顯示在原 本的序列上方。先將鼠標指向序列窗口，按下鼠標右鍵點選 Display Setup：圖 利用 ORF 工具，進行序列分析 　 我們只要把 ORFs 的項目打勾，若需要進行調(diào)整則按下 ， 此功能用戶可以自行設(shè)定 Open reading frame 的判定標準，完成之后按下 OK，用 戶將會在此窗口見到程序所注記的 Open reading frame 片段(圖 )：圖 利用 ORF 得到由 ORF 分析的結(jié)果 　 若要重新設(shè)定 Open reading frame 的分析只要執(zhí)行 Analyses→Translation→In Sequence Pane→ORFs，就可以重新進行條件設(shè)定(此項目等同于 )。而 degenerate 的選項則可以調(diào)整退化程度，越往右邊拉則序列退化度會 越大，反轉(zhuǎn)譯出所產(chǎn)生的 DNA 序列也就越趨于復(fù)雜。 ://　限制酶切位分析在 NTI 主程序中， 用戶可以針對序列的限制酶切位和切割后的片段進行分析 (圖 )。若要新增限制酶可以點選 Add 增加：圖 選取數(shù)據(jù)庫中所要的限制酶 　 選取欲分析的限制酶后按 OK(圖 )， Restriction Sites 窗口下再按一次 OK 在圖 選取的限制酶，分析產(chǎn)生的結(jié)果 就可以進行分析了： 　 使用者可以看到圖譜和序列窗口都會顯示用戶加入的限制酶， 并且都注明了 剪切的位置；在文字窗口(圖 ) 打開文件夾，可整理每種限制酶的切位位置： (圖 )：點選此項目可以分析剪切出來的片段大?。簣D 選擇欲分析的片段進行分析 　 選擇想要分析的限制酶按 OK： 　 在文字窗口(圖 )就可以看到分析的結(jié)果。 右邊的字段可以選擇限制 酶（可復(fù)選） 。 Find Common NonCutting Enzymes(圖 )：這個項目可以幫用戶分析哪些限制酶 不會對序列進行切割：圖 使用 Find Common NonCutting Enzymes 　 左邊的窗口可以選擇序列（可復(fù)選） ，右邊可以選擇限制酶（可復(fù)選） 。 （也可用 Camera 指令復(fù)制到別的檔案） 　 Restriction Report(圖 )：這個選項可以把所有限制酶對序列剪切的結(jié)果進 行統(tǒng)計，這份表格同樣可以進行打印、儲存和復(fù)制：圖 將所有限制酶對序列剪切的結(jié)果進行統(tǒng)計 　 假設(shè)海大頂尖中心研發(fā)出一個限制酶 TsjI，其辨認剪切的序列是目前市上所 沒有的，若要放入 Vector NTI 軟件進行分析，用戶需先進入到 Local Database 里 面點選左上角的 Enzymes 選項(圖 )：圖 選取 Enzymes 選項，將新的限制酶加入數(shù)據(jù)庫 　 接下和建立序列資料的作法一樣，使用者可以制作一個新的限制酶的檔案 (圖 )：圖 制作新的限制酶檔案 (圖 )：圖 設(shè)定限制酶的辨認序列和切點 按下確定就可建立好限制酶的數(shù)據(jù)(圖 )，用戶可以針對此限制酶進行分析：圖 建好的限制酶資料結(jié)果 NOTE：限制酶的辨認序列除了 A、T、C、G 之外還有其他字母，這些字母分別 代表： R = A or G Y = T or C　 W = A or T S = G or C M = A or C K = G or T　 H = A or T or C　 B = C or T or G V = A or C or G　 D = A or G or T　 N = A or C or G or T 　電泳膠片分析　 Vector NTI 可以將使用者的基因序列放在一個模擬的膠片中，并且模擬電泳 選項后會出現(xiàn)下列窗口(圖 )：圖 模擬電泳圖分析設(shè)定 圖分析的結(jié)果。設(shè)定好之后按 OK 就可以進入以下畫面： ，會得到左邊窗口的樣子 　 選 右邊的窗口是用戶的電泳膠片，左邊的窗口會有詳細的文字敘述。 電泳分析的 結(jié)果的儲存方式和主程序的儲存方式相同。圖 加入新的 Marker 檔案 　 如此一來就可以在電泳分析的功能中加入用戶自己的 Marker。 點選 ：圖 使用內(nèi)建的序列和限制酶，建立屬于自己的 Marker 　 選擇序列數(shù)據(jù)和限制酶之后點選 Save as Gel Marker 即可儲存在 Local Database 中。 用戶可以利用鼠標選取欲分析之序列后，點選 按下 ，結(jié)果如圖 ：圖 使用 Add to Gel Sample List，來進行快速存取 選項，接著在電泳的操作窗口 　 選取使用者欲加入電泳片的 sample， 再點選 選項就可以加入膠片中 （畫 面(圖 )上膠片為選取第 7 個樣品） ：圖 選擇觀看電泳片中的某些樣品 　 用戶可以善用 Add to Gel Sample List 指令收集欲分析的 sample 后，再將數(shù) 就可以刪除；如果 據(jù)匯入電泳片進行分析，如果不要此筆數(shù)據(jù)，按下 想要把此數(shù)據(jù)當作 Marker 的話只要按下 就會把該筆數(shù)據(jù)設(shè)定成為 Marker(圖 )。 　 核酸引子設(shè)計　 Vector NTI 有引子設(shè)計的功能，用戶可以根據(jù)實驗的需求，設(shè)計使用者所需 之特定核酸引子。 可以將設(shè)計好的引 子進行存取和分析，也可以將設(shè)計好的引子資料傳送 Invitrogen 進行引子合成。 中間 Maximum Number of Output Options 可以設(shè)定引子組數(shù)， 下面的參數(shù)是可以設(shè) 計引子的特性，如 Tm 值及引子長度等等。以海大斑馬魚基因為例子，設(shè)計一個兩端帶有 EcoRI 和 NdeI 的限 制酶片段、Tm 值介于 55 到 60、GC 含量介于 50 到 60、長度介于 20 到 欲夾 的序列全長及引子數(shù)目，設(shè)定好相關(guān)條件后按下確定(圖 )： ”確定” 　 這時用戶在文字窗口(圖 )的下方字段可以看到多出一個 PCR Analysis 的文圖 文字窗口，增加了 PCR Analysis 的數(shù)據(jù) 件夾，上面會顯示用戶設(shè)計的引子數(shù)據(jù)： 　 在這個字段中使用者首先看到序列會被一個空格切成兩部分(圖 藍色部 分)，左邊的序列為使用者加入限制酶的序列；右邊的序列為設(shè)計的引子序列。 可以點選 Copy Item Data 進行輸出(圖 )： 　 若是直接訂購引子，使用者可以點選 Order 的項目，這樣子引子的數(shù)據(jù)就會 送到 Invrogen 公司進行引子合成服務(wù)。要開啟 Oligo List 時，使用者只要點選 即可(圖 )： 圖 開啟 Oligo List，對引子進行編輯和分析 (圖 )。 Hairpin Loops 的狀況 　 在這個窗口中， 實線數(shù)目的相關(guān)設(shè)定是在 Oligo Analysis 左邊字段下方的 Stem Length 項目（此數(shù)值關(guān)乎 dimer 跟 hairpin Loop 分析的嚴謹度，建議數(shù)值調(diào)高跟調(diào) 低的結(jié)果都進行分析） 。 　 用戶可以在分析的窗口窗口(圖 )進行手動編輯，只要打入序列就可以分 析使用者編輯的序列，但是請注意不可以有空格存在：圖 在右邊字段直接輸入序列，分析輸入的序列 　 使用者也可以把現(xiàn)有的引子序列， 利用鼠標復(fù)制貼上的功能將序列貼進來分 析。 　 使用者也可以在一開始分析時，就把引子的設(shè)定條件做更細部的修訂，在一 開始設(shè)定的字段中后面還有很多選項(圖 )：圖 在一開始的分析時，做細部的字段 　 使用者可以根據(jù)自身的需求去設(shè)定這些項目，在引子條件設(shè)定完成后，可以 按左下方的 儲存，之后若要在相同條件下設(shè)計引子時，只要按下 就可以叫出預(yù)設(shè)的條件。 ： 此功能和 Find PCR Primers 也是幾乎一樣， 但是分析的范圍設(shè)定 在使用者有畫在圖譜上面 Features 的部分，注意要執(zhí)行此功能時，用戶事先畫好 的 Features 名稱必須要和 提供的名稱一樣才能執(zhí)行。 Long PCR：這項功能將在分析 genomic DNA 再說明。 Sequencing Primers：這項功能可以幫用戶設(shè)計定序時所需的引子，在窗口 (圖 )中設(shè)定想要設(shè)計的條件：圖 幫助使用者設(shè)計定序時所需之引子 設(shè)好條件之后只要按 OK 就會顯示引子數(shù)據(jù)，后續(xù)操作方式和 Find PCR Primers 相同：圖 利用 Sequencing Primers 分析的結(jié)果 Hybridization Probes：此功能適用于設(shè)計核酸探針(圖 )，能夠用在南方墨 點、北方墨點及定位雜交等實驗探針設(shè)計： ，可設(shè)計核酸探針 設(shè)定好條件后按下 OK 就會顯示探針數(shù)據(jù)， 后續(xù)操作方式和 Find PCR Primers 相同：圖 使用 Hybridization Probes，顯示探針數(shù)據(jù) NOTE：引子設(shè)計的條件和注意事項請參考相關(guān)的設(shè)定說明。 (Basic Local Alignment Search Tool) 第九章　 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 　 Vector NTI BLAST 程序可以和 NCBI 的數(shù)據(jù)庫相通， 用戶只需透過 NTI 的界面就可以進行 BLAST 的功能，其搜尋結(jié)果和 NCBI 數(shù)據(jù)庫的結(jié)果完全相同。圖 進入 BLAST 的程序，出現(xiàn)兩個區(qū)塊，上方區(qū)塊輸入序列，下方區(qū)塊為顯示分析結(jié)果 序列的輸入很簡單，使用者只要把想要分析的序列復(fù)制貼上至此區(qū)塊就可以了(圖 )。請參照轉(zhuǎn)譯功能中 6 Frame Translation 部分。 Tblastx 的部分是指將使用者的核酸序列用 6 Frame Translation 進行轉(zhuǎn)譯后的蛋白質(zhì)序列（總共有 六種不同序列）和 NCBI 的核酸數(shù)據(jù)庫進行 6 Frame Translation 后的 蛋白質(zhì)序列做比對。 在最右邊有個 Database 的項目可 以選擇，用戶可以根據(jù)不同的需求選擇不同數(shù)據(jù)庫。 數(shù)據(jù)庫的說明請見附錄。圖 可以編輯比對的調(diào)整 圖 如有選擇 PSI、PHI 才能對其做調(diào)整 (Basic Local Alignment Search Tool) 圖 如有選擇 MEGABLAST 才能對其做調(diào)整 注意 PSI、PHI 和 MEGABLAST 的設(shè)定要在該項目之下才能進行調(diào)整。 把 BLAST 分析的項目點選打開后會出現(xiàn)類似主程序的畫面(圖 )：圖 直接打開之前 BLAST 分析的檔案，不需重新再次操作 BLAST ，分割成三個窗口，上面偏左的文件夾是文字敘述的窗口(圖 )，提供使 用者 BLAST 搜尋的設(shè)定條件和比對到的數(shù)據(jù)，用戶可以打開這些文件夾獲得更進一步的信息：圖 文字窗口，提供用戶設(shè)定條件與比對到的數(shù)據(jù) 用戶可以點選畫藍色底線的選項(圖 )，就會自動連上 NCBI 把相關(guān)的數(shù)據(jù)截取加載主程序中：圖 選擇藍色底線的部份，將直接連到 NCBI 下載相關(guān)數(shù)據(jù) (Basic Local Alignment Search Tool) 此時主程序的數(shù)據(jù)就是來自于 NCBI GeneBank 的數(shù)據(jù)(圖 )：圖 由 NCBI GenBank 下載得到的數(shù)據(jù) 用戶可以在比對到的結(jié)果上，按下鼠標右鍵后，選擇 Save Selected Hits 存入數(shù)據(jù)庫中(圖 )：圖 選擇 Save Selected Hits，將數(shù)據(jù)存入數(shù)據(jù)庫中 ，上方的序列是使用者的序列；下方的序 列是數(shù)據(jù)庫中比到的序列，注意在 BLAST 程序中只會顯示比對到的區(qū)域，不會顯示序列的全長。 NOTE：使用 Metafile 方式輸出時，若序列的全長過長（超過顯示畫面）的情形下就無法一次全 部輸出，只會出現(xiàn)顯示畫面上顯示的區(qū)域，此時用戶可以分批把不同的區(qū)域在同一顯示畫面下輸出 就可以解決（請參考第十章） ；若以文本文件的型式輸出出現(xiàn)字型格式的問題時，需針對字型跟格式 的相關(guān)設(shè)定進行調(diào)整。由此圖形可以得知用戶的序列在 800bp 前后的區(qū)域有最佳的比對結(jié)果；分數(shù)最高分的 區(qū)塊座落在 600bp 到 800bp 的部分，可以推測此區(qū)域可能扮演了重要的功能性。上方是使用者的序列，下面是比對的序列。圖 箭頭表示比對的方向，箭頭越長黃色區(qū)域越大，表示比對到的區(qū)域越多 圖 箭頭較短，比對到的區(qū)域相對于圖 ，比對到區(qū)域的較少 由圖 可以得知圖 比對出來的區(qū)域比圖 來的多。 若不滿意顯示的格式， 一樣可以按下鼠標右鍵點選 Properties 進行更改：圖 可選擇 Hit Map Properties 設(shè)定不同顏色狀態(tài) 按下 OK 即完成修正：圖 利