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現(xiàn)代細胞生物學研究方法學生(參考版)

2025-01-19 10:33本頁面
  

【正文】 ◆ 蛋白激酶磷酸化位點 :如 SRF蛋白是一種轉錄因子 , 其入核需要 PKA活性 , 但不是直接被 PKA磷酸化 , 說明蛋白激酶除了對轉錄因子直接磷酸化外 , 還可能對蛋白入核轉運下游的其它蛋白磷酸化 , 從而間接影響轉錄因子的轉運 。 ◆ 胞漿錨定機制 :在爪蟾卵細胞 xnf7蛋白中 , 有一胞漿滯留區(qū) ( CRD) ,具有很強的錨定功能;只有當 CRD序列上的 P34cdc2位點脫磷酸化后引起 CRD失活 , 其錨定功能喪失 , xnf7蛋白才能夠轉運入核 。例如: NFKB與其抑制蛋白 IKB NLS的 C端也可能發(fā)生自身折疊而發(fā)生遮蔽效應。 而 P34cdc2對 NLS磷酸化則抑制蛋白的入核轉運。 NTF2與 RanGTP無親合力,所以可以釋放在細胞核中。 在胞漿中, RanGTP在 RanGAP/RanBP1的協(xié)助下轉換為 RanGDP,然后重新通過 NTF2的介導 進行新一輪的蛋白轉運。此時 importin?則自由地結合到其輸出受體 CAS上, CAS和 RanGTP再相互作用形成三聚體復合物,被轉運到胞漿,由此重新 importin ? cycle。 蛋白核漿轉運模型: 含有典型的 NLS序列的蛋白被 importin?識別,再與 importin?結 合形成三聚體,并通過 importin?靶向核孔完成蛋白轉運過程。 效應蛋白: Ran GTPase激活蛋白: RanGAP (細胞質 ) RanGAP結合蛋白: RanBP1 和 RanBP2 (細胞質 細胞核 ) 鳥嘌呤核苷交換因子: RanGEF( 也稱 RCC1) 細胞核中 RanGTP再生 核轉運因子 2(NTF2)與 RanGDP復合體到達細胞核時遇到 RanGEF( 鳥嘌呤核苷交換因子 ) , 它便將 Ran上的 GDP替換成 GTP。 為出核過程提供能量的仍然是 NPC上的 GTPase Ran/TC4。 蛋白入核轉運 ? 分子量小于 4550KD的蛋白:在不需要外界能量供應的前提下可以通過核孔自由進出(被動擴散); ? 分子量大于 50KD的蛋白:①依賴于能量和溫度;②需要胞漿運輸因子;③需要核孔復合體蛋白(主動運輸); 核定位序列 ( nuclear localization sequence, NLS) ? ① 單一型 NLS,由一段連續(xù)的堿性氨基酸順序排列而成 ( RKKKRKV) ? ②雙分型 NLS,由兩簇堿性氨基酸被中間 10- 12個非保守性氨基酸所分隔而形成 ( KRPAATKKAGQAKKKKLDK) protein importin? protein importin? importin? protein importin? importin? cytoplasm NPC importin? protein importin? Nucleus nucleoprotin IBB IBB GTPase Ran/TC4 蛋白出核轉運 核輸出序列( nuclear exporting sequence, NES) F X表示任意氨基酸 I I X2- 3表示 2- 3個任意氨基酸 L X25 L X23 – L L L 亮氨酸 V V 頡氨酸 M甲硫氨酸 M F 苯丙氨酸 I 異亮氨酸 其特征是富含亮氨酸( Leu),但與 NLS無任何同源性 。 ? 而帶正電荷的賴氨酸殘基與 DNA之間的相互作用可限制核小體在 DNA之間的移動,使啟動子接近轉錄調控元件,組蛋白低乙?;谷旧|失去轉錄活性。 ? 蛋白乙酰化的作用是維持染色質的開放結構,因而有利于轉錄因子與靶 DNA結合,進而促使基因的轉錄。 MeCP2突變導致 Rett綜合征,患者出生即發(fā)病、智力發(fā)育遲緩、伴孤獨癥。 ? 如果突變導致錯誤的激活去乙?;富蝈e誤的和去乙?;赶嗷プ饔?,將可能導致疾病的發(fā)生。 質譜分析蛋白磷酸化 乙?;惓Ec疾病 ? CBP/p300的突變導致 Rubinstein Taybi綜合征,患者智力低下、面部畸形、姆指和拇趾粗大、身材矮小。 磷酸化研究方法 ? 特異性磷酸化抗體直接證明 ? CIAP或 OA間接證明 ? 片段缺失突變和點突變直接證明 ? 同位素標記 ? 質譜分析 CIAP或 OA處理細胞證明蛋白磷酸化 CIAP:牛小腸堿性磷酸酶,能夠將 DNA以及蛋白上的磷酸根基團去除(孵育蛋白); OA:岡田酸,磷酸酶抑制劑(細胞處理) 片段缺失突變確定磷酸化的初步位點 點突變確定磷酸化的精確位點 (For Erk/MAPK) AKT: RXRXXS TR3: RDHLAS Motif 原理:將未被磷酸化的蛋白與被磷酸化后的蛋白用蛋白酶水解后,進行 MS/MS分析,到數(shù)據(jù)庫進行比對。 4,同一種激酶或磷酸酶都是多底物的,對不同轉錄因子的影響不同。 2,激酶催化的磷酸化可以被磷酸酶所逆轉。 4,增加蛋白質分子表面的負電荷。 2,磷酸化改變了轉錄活化結構域的空間構象 。 3)調節(jié)轉錄因子的轉錄激活功能區(qū)與其他因子的作用。 轉錄因子的磷酸化、去磷酸化可能影響: 1)轉錄因子從細胞質向細胞核轉運或相反。 但是當 IκB被 SUMO修飾后卻能免受 TNF誘導的降解 , 使 NFκB- IκB- SUMO復合體繼續(xù)穩(wěn)定的存在于胞漿中 , 進而抑制 NFκB的轉錄活性 。 IκB經腫瘤壞死因子 TNF的刺激 , 在 S32和 S36發(fā)生磷酸化 , 進而被泛素化 。 SUMO的生物學功能 1, 調節(jié)蛋白之間的相互作用 2, 調節(jié)蛋白在核漿間的轉運 3, 調節(jié)蛋白的轉錄活性 4, 拮抗泛素化,使蛋白穩(wěn)定 IκB是 SUMO的一個底物蛋白 , 它 既能發(fā)生 SUMO化 , 又能發(fā)生泛素化 , 而且由于 SUMO化和泛素化的位點都是 K21, SUMO會和泛素競爭結合位點 。有的 SUMO底物蛋白需要 E3聯(lián)接酶來促進它們的 SUMO化 ,有的不需要 E3。 甘氨酸殘基 Positive charged Negative charged Nterminal Positive charged 甘氨酸殘基 C末端殘基 C末端殘基 當 SUMO被 E1活化酶活化時,其碳端的苷氨酸殘基發(fā)生 ATP供能的腺甘酸化;隨后,在 SUMO的碳端和 E1的絲氨酸殘基形成一個硫脂的結合,并釋放出 AMP。 形成異肽鍵所需的甘氨酸殘基在泛素和 SUMO
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