從學科交叉漫談生物信息學-資料下載頁
2025-03-09 11:23本頁面
【正文】 taattgaatcaaattcatggatttaccacgacctcggctgtgaccccatagataaaaatgcaaaatttctatcttcgagaccattgaaaaaaggcattgaacgagaaaaaatcgtccacagataatctatcgtatgccttggaagtgatataaggtgctcggaaatggttgaagtaattgaataggaggatcactatgactatagcccttggtagagttactaaagaagaaaatgatttatttgatattatggacgactggttacgaagggaccgttttgtttttgtaggatggtctggcctattgctttttccttgtgcttatttcgctttaggaggttggtttacagggacaacttttgtaacttcttggtatacccatggattggcgagttcctatttggaaggttgcaatttcttaaccgcagcagtttccacccctgccaatagtttagcacactctttgttgctactatggggcccggaagcacaaggggattttactcgttggtgtcaattaggtggtctgtggacttttgttgctctccatggggcttttgcactaataggtttcatgttacgtcaatttgaacttgctcggtctgttcaattgcggccttataatgcaatttcattctctggcccaatcgctgtttttgtttccgtattcctgatttatccactggggcaatccggttggttctttgcgccgagttttggcgtagcagcgatatttcgattcatcctcttcttccaaggatttcataattggacgttgaacccatttcatatgatgggagttgccggagtattaggcgcggctctgctatgcgctattcatggggcaaccgtgga 尋找基因 ? 生物知識體現(xiàn)為基因模型 ? 基因模型的數(shù)學實現(xiàn) ? 馬可夫、半馬可夫和隱馬可夫鏈 ? 動態(tài)規(guī)劃算法 ? 語言學模型：生成語法 5 ’ UT R 3 ’ UT Rt r an sc r i b eGe n om i c D N AP re mRNAsp l i c emRNAt r an sl at eAA seq ( prote in p rimar y seq )f ol dP rotein f oldstart stop5 ’3 ’RNA P ol II + …sp l i c e som e u 1 u 2 u 4 u 5 u 6 RNPr i b som ei n i t .+ e l on g . f ac t or st e r m .c h ap e r on i n e 各種數(shù)學模型和算法 ? 獨立隨機模型 ? 馬可夫、隱馬可夫、半隱馬可夫模型 ? 聚類分析 ? 判別分析（ discriminance analysis） ? 動態(tài)規(guī)劃算法 ? 形式語言學方法 細菌分類 ? 難處：形態(tài)性狀少 形狀：桿、球（單、雙、鏈、葡萄）、 分枝、彎曲 著色：革蘭氏陽性和陰性 生化：厭氧、固氮、脫硫 ? 進展： 16S rRNA序列、三界論 (Carl Woese) ? 困惑：完全基因組帶來問題 基因橫向傳遞？ 基因樹不等于物種樹 ? 基于組分矢量的構(gòu)樹方法 ? 基于 K肽計數(shù)的代表矢量 ? 20K維空間中的距離 ? 用 K2階馬可夫鏈扣除隨機背景 基于 132個完全基因組的親緣樹(K=6) 16 個古細菌 110 個真細菌 6 個真核生物 Towards a Paradigm Shift in Biology Walter Gilbert, Nature 349 (1991) The new paradigm, now emerging, is that all “ genes” will be known (in the sense of being resident in databases available electronically), and that the starting point of a biological investigation will be theoretical. An individual scientist will begin with a theoretical conjecture, only then turning to experiments to follow or to test that hypothesis. 為新世紀培養(yǎng)“廣譜”科學人才 ? 數(shù)、理、化基礎 ? 生物知識 ? 計算機和網(wǎng)絡技能 ? 從那門學科開始并不重要，要兼容并蓄而不排它，不為自己設限 ? 大科學需要團隊精神 ? 做好自己的工作、尊重別人的工作；適應不同的思維方式和研究風格 ? 學術(shù)界互相支持而不彼此拆臺 適應不同的思維方法： 因果論和“目的論” ? 任何科學都來自對客觀世界的反映 ? 數(shù)理科學：“放之宇宙而皆準”的普遍原理、邏輯和演繹的方法 ? 生命科學：小小地球上一定歷史時期、一定空間和溫度范圍內(nèi)的極其特殊的現(xiàn)象、歸納為主的方法 ? 唯其特殊、所以復雜 ? 不同的語言：因果和“目的” 湯佩松、王竹溪 60多年前的貢獻 ? J. Phys. Chem. 45 (1941) 443 (1940年 8月 9日收到寄自昆明西南聯(lián)大的文稿 ) ? 孤立細胞中水關系的熱力學描述，使用化 學勢 ,不同于當時的滲透壓理論 ? 1950年代國內(nèi)的爭論：湯王“敗陣” ? 1960年代國外回到熱力學理論 ? 1980年代以后國際上注意到湯王早期工作 (感謝劉寄星博士提供素材 ) 參考書 1。郝柏林、劉寄星主編，《理論物理與生命科學》，上?？茖W技術(shù)出版社，1997， 1999。 2。鄒承魯，《生物學在召喚》，上?？萍冀逃霭嫔纾?1999。 3。郝柏林、張淑譽，《生物信息學手冊》，上?？茖W技術(shù)出版社， 2023，2023。 4。郝柏林，《生物信息學淺說》，上海科技教育出版社， 2023。 5?！?GOOGLE大學”： 結(jié)束 謝謝！ 謝謝觀看 /歡迎下載 BY FAITH I MEAN A VISION OF GOOD ONE CHERISHES AND THE ENTHUSIASM THAT PUSHES ONE TO SEEK ITS FULFILLMENT REGARDLESS OF OBSTACLES. BY FAITH I BY FAITH
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