【正文】 {===} structure_infile=。 {* coordinate file *} {===} coordinate_infile=。 {====================== crystallographic data ========================} {* space group *} {* use International Table conventions with subscripts substituted by parenthesis *} {===} sg=I422。 {* unit cell parameters in Angstroms and degrees *} {+ table: rows=1 cell cols=6 a b c alpha beta gamma +} {===} a=。 {===} b=。 {===} c=。 {===} alpha=90。 {===} beta=90。 {===} gamma=90。 {* reflection file *} {===} reflection_infile=“。 {=========================== output files ============================} {===} rf_list_outfile=。 % s_solve CNS 示 例 4. 檢查交叉旋轉(zhuǎn)函數(shù)的結(jié)果 ! index, theta1, theta2, theta3, RFfunction (EPSIlon= .25) 1 .0684 3 .0628 7 .0383 8 .0369 9 .0361 10 .0359 12 .0347 13 .0338 14 .0335 15 .0331 18 .0326 19 .0321 20 .0319 選取與其他解差距最大的解 CNS 示 例 5. 計算平移函數(shù) 修改輸入文件 : {======================= molecular structure =========================} {* structure file *} {===} structure_infile=。 {* coordinate file *} {===} coordinate_infile=。 {====================== crystallographic data ========================} {* space group *} {* use International Table conventions with subscripts substituted by parenthesis *} {===} sg=I422。 {* unit cell parameters in Angstroms and degrees *} {+ table: rows=1 cell cols=6 a b c alpha beta gamma +} {===} a=。 {===} b=。 {===} c=。 {===} alpha=90。 {===} beta=90。 {===} gamma=90。 {* reflection file *} {===} reflection_infile=“。 {* rotation function list file *} {===} rf_list_infile=。 {=========================== output files ============================} {===} output_root=translation。 % s_solve CNS 示 例 6. 檢查平移函數(shù)的結(jié)果 theta1 theta2 theta3 transX transY transZ monitor packing R 1 .01 .00 .00 .619 .3942 R 2 .15 .06 .610 .3945 R 3 .136 .2881 R 4 .68 .147 .2670 R 5 .01 .00 .01 .00 .619 .3942 R 6 .137 .3336 R 7 .147 .2076 R 8 .126 .2706 R 9 .105 .2633 R 10 .115 .1622 選取與其他解差距較大且Packing值較高的解 ( Packing = 1 – solvent% ) MR 小 結(jié) ?目前可用的軟件很多，各具優(yōu)勢，根據(jù)自己的要求進(jìn)行選擇； ?建議： 1. 首先使用 AMORE， 進(jìn)行快速的判斷； 2. 若無法得到合適的結(jié)果，再選擇 CNS, EPMR, PHASER等進(jìn)行進(jìn)一步的計算； 3. 若仍然無法得到合適的結(jié)果，則對模型坐標(biāo)進(jìn)行一定的處理。 ?沒有固定的模式，多嘗試不同的軟件，能得到結(jié)果的才是最好的。 MIR/SIR方法中的軟件應(yīng)用 MIR/SIR方法的軟件包 ?Heavy atom search ?Heavy atom position refinement ?Phasing ?Phase improvement: Density modification NCS averaging Phase extend ?SHELX ?SOLVE/RESOLVE ?CNS/Xplor ?SnB ?OASIS2022 ?CCP4(Mlphare …) ? ? ? ? ? ? ? ? MIR/SIR主要流程 MIR/SIR 小 結(jié) ?主要困難在于重原子衍生物的制備； ?除了腳本略有不同外，使用的軟件和步驟與 MAD/SAD基本相同； ?目前能夠應(yīng)用 MAD/SAD方法的程序包，基本都包含MIR/SIR的模塊； ?若只得到一種重原子衍生物，而 SIR效果不好，且該種重原子在常用波長范圍能的 f’’值較大，可以嘗試用MAD/SAD方法求解相位。 結(jié)構(gòu)可視化 軟件應(yīng)用 ?這里的結(jié)構(gòu)可視化軟件主要指的是用于 Model building, position refinement的軟件。 ?目前此類軟件繁多，常見的有 O, COOT, XtalView, Cuemol等等； ?我們實驗室常用的有 O和 COOT兩種： 1. O ： 應(yīng)用廣泛，功能強(qiáng)大，能夠完成基本所有的 model building和refinement 的功能； 但是由于其鍵長鍵角定義的問題，搭建小分子比較繁瑣。 2. COOT： 主要用于小分子的搭建。 結(jié)構(gòu)描述 中的軟件應(yīng)用 ? 結(jié)構(gòu)描述中的軟件主要是指結(jié)構(gòu)完成之后，在文章寫作中所需各種圖形、圖像的制作軟件；對結(jié)構(gòu)的闡釋有很大的幫助； ? 種類繁多，功能上既有相互重復(fù)，有各具特色； ? 基本以圖形界面操作為主，輔助以簡單的腳本操作； ? 常用的結(jié)構(gòu)描述的軟件有如下幾類： ? 描述總體結(jié)構(gòu)、分子間相互作用、小分子復(fù)合物： Molscript/Bobscript, POVray等； ? 描述分子表面、表面電荷分布： GRASP, SPOCK等； ? 描述活性位點、小分子結(jié)合： Pymol, SPOCK等； ? 動畫效果制作： Pymol。 Thank you for your attention