基于r的群落學(xué)多元統(tǒng)計分析-資料下載頁
2025-05-02 00:26本頁面
【正文】 ； choices:選擇的軸； display:顯示的類型， sp,物種， wa,樣方， lc, 線性結(jié)合的樣方坐標(biāo) 。 作圖函數(shù)： text(x, display = sites, labels, choices = c(1, 2), scaling = 2, , = , select, ...) x: cca或 rda分析結(jié)果； display:顯示的類型， sp,wa, lc,bp,環(huán)境因子 。,中心化后的環(huán)境因子； label:用來替代箭頭的字符； :環(huán)境因子放大倍數(shù) 。 作圖函數(shù) : points(x, display = sites, choices = c(1, 2), scaling = 2, , = , select, ...) plot(,type=n)。 text(,display=“”,=,col=4)。 points(,display=lc,pch=16,col=2,select=1:20) points(,display=“l(fā)c”,pch=2,col=4,select=21:40) text(,display=“l(fā)c”,col=4”)。 繪制三維排序圖： ordiplot3d(object, display = sites, choices = 1:3, = 2, = , = 4, envfit, xlab, ylab, zlab, ...) ordirgl(object, display = sites, choices = 1:3, type = p, = red, = yellow, text, envfit, ...) lpoints(object, display = sites, choices = 1:3, ...) ltext(object, text, display = sites, choices = 1:3, justify = center, adj = , ...) ordiplot3d(,type=“h”) ordirgl(,type=p) 繪制環(huán)境因子梯度圖： ordisurf(x, y, choices=c(1, 2), knots=10, family=gaussian, col=red, thinplate = TRUE, add = FALSE, display = sites, w = weights(x), main, nlevels = 10, levels, labcex = , ...) x:cca或 rda的結(jié)果， y:需要繪圖的環(huán)境因子或物種 。 ef=envfit(,gtsenv,permutation=1000) plot(,display=sites) plot(ef) tmp=with(gtsenv,ordisurf(,K,add=T)) with(gtsenv,ordisurf(,pH,add=T,col=6)) 繪制物種因子梯度圖： ordisurf(x, y, choices=c(1, 2), knots=10, family=gaussian, col=red, thinplate = TRUE, add = FALSE, display = sites, w = weights(x), main, nlevels = 10, levels, labcex = , ...) ordihull(ord, groups, display = sites, draw = c(lines,polygon), , ...) ordispider(ord, groups, display=sites, w = weights(ord, display), , ...) x:cca或 rda的結(jié)果， y:需要繪圖的因子 。 add, 添加到別的圖上 。 plot(,type=p,display=sites) with(gtsdata,points(,dis=sites, cex=sqrt(QUESER),pch=16,col=4)) with(gtsdata,ordihull(,dis=sites, QUESER0,show=T)) with(gtsdata,ordispider(,QUESER0, show=T,w=QUESER,col=4)) with(gtsdata,ordisurf(, QUESER,add=T) 排序結(jié)果的比較： procrustes(X, Y, scale = TRUE, symmetric = FALSE, scores = sites, ...) protest(X, Y, scores = sites, permutations = 1000, strata, ...) x,y: 兩個排序結(jié)果； 排序結(jié)果的比較： =cca(gtsdata,gtsenv)。 =rda(gtsdata,gtsenv)。 procrustes(,scores=“sp”)。 protest(, scores=“sp”)。 致謝 本課件基于米湘成博士 R培訓(xùn) ppt基礎(chǔ)上修改，在此表示致謝！ 持之以恒 =R的高手！
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