物理圖譜的構(gòu)建策略研究(ppt39)-經(jīng)營(yíng)管理-資料下載頁(yè)
2025-08-05 20:07本頁(yè)面
【導(dǎo)讀】定單個(gè)基因或某些感興趣的基因片段，為人類基因組30億個(gè)堿基測(cè)序打下基礎(chǔ)。構(gòu)建物理圖譜是人類基因組計(jì)劃的重要組成。由于到目前為止末能發(fā)明直接對(duì)基因。組DNA整體水平進(jìn)行分析檢測(cè)的技術(shù)，所以，凡來(lái)源于質(zhì)粒、噬菌體、細(xì)菌等可插入或克。隆DNA片段的DNA分子統(tǒng)稱為載體。經(jīng)過(guò)載體重組的外源DNA比其單獨(dú)進(jìn)入。受體細(xì)胞的效率提高幾個(gè)數(shù)量級(jí)。胞內(nèi)準(zhǔn)確復(fù)制、大量擴(kuò)增和明確表達(dá)。即含有粘性位點(diǎn)的質(zhì)。復(fù)制起始點(diǎn)ori；AmpR為抗性標(biāo)記基。因；CEN為著絲?；颍磺袛嗳旧w臂。。YAC的主要用途是：YAC克隆重疊群。嵌入及轉(zhuǎn)基因技術(shù)都采用了YAC克隆系統(tǒng)。BAC是F因子與大腸桿菌構(gòu)建的DNA單拷。DNA(包括HindⅢ和BamHI切點(diǎn)、因此，BAC克隆庫(kù)適于創(chuàng)建DNA資。的菌落培養(yǎng)和雜交的BAC克隆DNA文庫(kù)的篩選；DNA樣品容易通過(guò)相同的電泳。cDNA圖譜也是一種細(xì)胞學(xué)圖譜，但構(gòu)成圖譜。基因組中的許多表達(dá)序列區(qū)域可轉(zhuǎn)錄mRNA，域，分離出相應(yīng)的特異性基因。標(biāo)之間的距離和在染色體上的排列順序。
【正文】 (marker) ? 界標(biāo)是繪制圖譜的標(biāo)記工具。構(gòu)圖方法不同，界標(biāo)的種類、界 標(biāo)間的 距離、圖譜的分辨率也不同。圖譜中的界標(biāo)包括采用家系分析法構(gòu)建的遺傳圖譜中的基 因。 DNA原位雜交法構(gòu)建的遺傳圖譜中的 DNA探針，用 RFLP、 MS、SNP等作為標(biāo)記構(gòu)建遺傳圖譜中的 DNA多態(tài)性。低分辨率的物理圖譜界標(biāo)有 STS和 cDNA(EST) 。高分辨 率的 物理圖譜界標(biāo)：一是基于 STS構(gòu)圖法 STSs界標(biāo)；二是限制性酶切指紋法構(gòu)圖中的限制性酶切 位點(diǎn)界標(biāo)。 中國(guó)最龐大的下載資料庫(kù) ? (2)作圖單位 ? 根據(jù)構(gòu)圖方法確定。限制性內(nèi)切酶的酶切片段是物理圖譜的基本單位。以 STS 為路標(biāo)構(gòu)建圖譜是以 STS作為基本單位；以堿基構(gòu)成的終極物理圖譜則以堿基對(duì)為基本單位 中國(guó)最龐大的下載資料庫(kù) ? (3)確定標(biāo)記順序 ? 確定標(biāo)記位點(diǎn)相互之間的銜接關(guān)系是制作圖譜的主要目的。將全基因組 的 不同界標(biāo)單位進(jìn)行排序的方法包括：限制性酶切指紋排序、重疊連續(xù)克隆序列(STC)排序、 計(jì)算機(jī)軟件排序、染色體步查和跳查填補(bǔ)間隙排序等。 中國(guó)最龐大的下載資料庫(kù) ? (4)具有 DNA可復(fù)制系統(tǒng) ? 除可見(jiàn)圖譜外，其他圖譜的構(gòu)建均需DNA復(fù)制系統(tǒng)。包括 YAC、 BAC 、粘粒、福斯粘粒、 M13 和 P1等載體系統(tǒng)。上述復(fù)制系統(tǒng)在組裝 DNA片段的容量、插入外源 DNA后的穩(wěn)定性、克隆嵌合體以及構(gòu)建基因文庫(kù)所需的克隆數(shù)量上均不 中國(guó)最龐大的下載資料庫(kù) 二、完整圖譜構(gòu)建的步驟 ? 分離大片段 DNA ? 從染色體顯帶的低分辨率細(xì)胞學(xué)作圖到限制酶切指紋、重疊克隆群的高分辨率物理圖譜，分 離到的 DNA片段的大小差異很大，可介于 10Mb到 100Kb之間。 中國(guó)最龐大的下載資料庫(kù) 大片段 DNA和 DNA ? 把覆蓋一條染色體的 50— 500個(gè)大 DNA片段進(jìn)行排序以構(gòu)建低分辨率圖譜的排序方法有兩種： 一是用兩種不同的限制性內(nèi)切酶分別切割基因組 DNA，可以產(chǎn)生兩套彼此重疊的 DNA片段，再 用適當(dāng)?shù)奶结槍⑾噜彽闹丿B片段鑒定出來(lái)。二是只用一種限制性內(nèi)切酶產(chǎn)生大片段，再用一 套連點(diǎn)探針 (linking probe)與兩個(gè)不同的大 DNA片段雜交，由于探針是由酶切大片段產(chǎn)生的 小片段制成，含有特定酶切位點(diǎn)順序，所以可確定大段 DNA在基因組中 中國(guó)最龐大的下載資料庫(kù) ? 克隆間隙的填補(bǔ)方法 — 染色體步查 ? 染色體步查和跳查 (chromosome walking和 chromosome jumping)是尋找重疊克隆和填補(bǔ)克隆 群間隙的有效方法。從染色體上的某一位置 (或某一克隆片段 )出發(fā)，設(shè)法分離得到與其鄰接 的 (一側(cè)或兩側(cè) )片段，一步一步地或跳過(guò)一定序列，根據(jù)末端重疊序列將鄰近片段連接起來(lái)
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