ncbi站點的一般介紹(編輯修改稿)
2025-02-05 17:13 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 的 FASTA格式的氨基酸序列 ， 這些記錄都有一到兩個 CDS特性的描述 。 ? FTP基因組蛋白 ? 從 ftp站點的 genbank/genomes目錄下下載各種物種的 FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件 *.ptt。 參見 readme文件 。蛋白表也可以在 Entrez基因組中看到 。 ? 向 GenBank提交數(shù)據(jù) Sequin ? 提交軟件程序 ， 用于一條或者很多條的提交 ， 長序列 ， 完整基因組 ， alignments，人群 /種系 /突變研究的提交 。 ? 可以獨立使用 ， 或者用基于 TCP/IP的“ work aware” 模式 ， 可以鏈接到其他 NCBI的資源和軟件 ， 比如 Entrez和PowerBLAST。 GenBank ESTs ? 表達(dá)序列標(biāo)簽 ， 短的 、 單次 （ 測序 ）閱讀的 cDNA序列 。 也包括來自于差異顯示和 RACE實驗的 cDNA序列 。 STSs 序列標(biāo)簽位點 GSSs ? 基因組調(diào)查序列 ， 短的 、 單次 （ 測序 ） 閱讀的c D N A 序列 ， exon t r a p 獲得的序列 ，cosmid/BAC/YAC末端 ， 及其他 。 ? HTGs ? 來自于大規(guī)模測序中心的高通量基因組序列 ，未完成的 （ 階段 0， 1， 2） 和完成的 （ 階段 3）序列 。 ? 注意：完成的人類的 H T G序列可以同時在GenBank和 Human Genome Sequencing頁面上訪問 。 RefSeq ? NCBI數(shù)據(jù)庫的參考序列 。 校正的 ， 非冗余集合 ， 包括基因組 DNA contigs， 已知基因的mRNAs和蛋白 ， 在將來 ， 整個的染色體 。 ? Accession numbers用 NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和 NC_xxxxxx的形式來表示 。 ? dbEST — 表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫 ， 短的 、 單次（ 測序 ） 閱讀的 cDNA序列 。 也包括來自于差異顯示和 RACE實驗的 cDNA序列 。 ? dbGSS — 基因組調(diào)查序列的數(shù)據(jù)庫 ， 短的 、 單次 （ 測序 ） 閱讀的 cDNA序列 ， exon trap獲得的序列 ， cosmid/BAC/YAC末端 ， 及其他 。 dbSTS ? 序列標(biāo)簽位點的數(shù)據(jù)庫 ， 短的在基因組上可以被唯一操作的序列 ， 用于產(chǎn)生作圖位點 。 ? ? dbSNP — 單核苷酸多態(tài)性數(shù)據(jù)庫 ， 包括SNPs， 小范圍的插入 /缺失 ， 多態(tài)重復(fù)單元 ， 和微衛(wèi)星變異 。 UniGene 數(shù)據(jù)庫 ? 把 GenBank中同某個基因有關(guān)的非冗余序列聚集成組 (或整理成簇的 EST和全長 mRNA序列庫 )，每一個代表一種特定已知的或假設(shè)的物種基因 ，有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的交叉參考 。 序列數(shù)據(jù)可以以 cluster形式在 Unigene網(wǎng)頁下載 ， 完 整 的 數(shù) 據(jù) 可 以 從 F T P 站點repository/UniGene目錄下下載 。 ? 人類 UniGene ? 小鼠 UniGene ? 大鼠 UniGene ? 斑馬魚 UniGene 完整的基因組 ? 參見下面 Genome和 Maps部分 ， 包括各種物種資源 ， 人 ， 小鼠 ， 大鼠 ， 酵母 ，線蟲 ， 瘧原蟲 ， 細(xì)菌 ， 病毒 ， viroids， 質(zhì)粒 。 ? 人 OMIM：在線人類孟德爾遺傳 ? 經(jīng)常更新的人類基因和遺傳失調(diào)的目錄 ，有鏈接到其它相關(guān)的文獻(xiàn)參考 ， 序列記錄 ， 和相關(guān)數(shù)據(jù)庫 。 ? 蛋白序列 ? Entrez蛋白 — 用 accession number,作者姓名 ， 物種 ， 基因 /蛋白名字 ， 以及很多其它的文本術(shù)語來搜索蛋白序列記錄 （ 在GenPept + SwissProt + PIR + RPF + PDB中 ） 。 更多的關(guān)于 Entrez的信息見下 。 如果要檢索大量數(shù)據(jù) ， 也可
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