【文章內(nèi)容簡介】 其FTP服務(wù)器上可免費下載 Genbank數(shù)據(jù)。 ? NCBI網(wǎng)址： ? BankIt網(wǎng)址： ? Sequin網(wǎng)址： ? Genebank網(wǎng)址： ? Entrez gene網(wǎng)址： ? Entrez crossdatabase網(wǎng)址： （ 2）向 Genbank提交序列數(shù)據(jù) ? EMBL核酸序列數(shù)據(jù)庫 創(chuàng)建于 1982年，由歐 洲生物信息學(xué)研究所 (EBI)管理維護(hù)。使用序列提取系統(tǒng) (SRS)進(jìn)行查詢檢索，利用基于網(wǎng)絡(luò)的 WEBIN工具，或利用 Sequin軟件向 EMBL核酸序列數(shù)據(jù)庫提交序列。 ? EMBL網(wǎng)址： ? SRS的網(wǎng)址： ? WEBIN網(wǎng)址： align/? Sequin網(wǎng)址： 2. EMBL核酸序列數(shù)據(jù)庫 ? DDBJ核酸序列數(shù)據(jù)庫創(chuàng)建于 1986年，由 日本國家遺傳學(xué)研究所 負(fù)責(zé)維護(hù)和管理。使用 SRS工具進(jìn)行數(shù)據(jù)檢索和序列分析，利用 Sequin軟件向該數(shù)據(jù)庫提交序列。為方便檢索 DDBJ主頁可進(jìn)行日文和英文互換。 ? DDBJ的日文版網(wǎng)址： ? DDBJ的英文版網(wǎng)址： 3. DDBJ數(shù)據(jù)庫 （二）基因組數(shù)據(jù)庫 GDB ? 基因組數(shù)據(jù)庫 (GDB)創(chuàng)建于 1990年，是一個專門匯集 人類基因組數(shù)據(jù) 的數(shù)據(jù)庫，以對象模型來保存數(shù)據(jù)，提供基于網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)對象檢索服務(wù)，可搜索各種類型的對象，并以圖形方式觀看基因組圖譜。 ? GDB的網(wǎng)址是： ? （ 一 ） 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫 常用的蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫有 SWISSPROT、PIR、 TrEMBL、 UniProt、 GenPept等 ， 分述如下 。 1． SWISSPROT SWISSPROT數(shù)據(jù)庫提供蛋白質(zhì)序列查詢及相似蛋白質(zhì)序列搜索等服務(wù)。 二、蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫 圖 66 SwissProt數(shù)據(jù)庫網(wǎng)站主頁 ? SWISSPROT數(shù)據(jù)庫內(nèi)容 核心數(shù)據(jù) ：包括蛋白質(zhì)序列、引用文獻(xiàn)、分類信息等。 注 釋： 包括 結(jié)構(gòu)域 、 功能位點 、 跨膜區(qū)域 、二硫鍵位置 、 翻譯后修飾 、與其它蛋白質(zhì)的 相似性 等。 ? SWISSPROT將廣泛收集的相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行合并，且與蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫（ PDB）等其他數(shù)據(jù)庫交互索引。 ? 通過 SWISSPROT數(shù)據(jù)庫可以得到某蛋白質(zhì)的序列，再通過交互引用從 PDB數(shù)據(jù)庫得到其結(jié)構(gòu)。SWISSPROT數(shù)據(jù)由數(shù)據(jù)行排列組成，數(shù)據(jù)格式與 EMBL數(shù)據(jù)庫數(shù)據(jù)格式基本相同（見表 63）。 表 63 SWISSPORT 數(shù)據(jù)庫的行識別標(biāo)志及含義 中止符號 Termination line // 序列標(biāo)頭 Sequence header SQ 特征表 Feature table data FT 關(guān)鍵詞 Keywords KW 交叉引用數(shù)據(jù)庫 Database crossreference DR 評注或注釋 Comments or notes CC 引文出處 Reference location RL 引文標(biāo)題 Reference tile RT 引文作者 Reference authors RA 交叉引用 Crossreference RX 相關(guān)內(nèi)容 Reference ments RC 引文位置 Reference position RP 引文序號 Reference number RN 物種分類 Organism classification OC 來源細(xì)胞器 Organelle OG 來源物種 Organism species OS 基因名稱 Gene name(s) GN 描述 Description DE 登錄日期或最后更新日期 Date DT 序列編號 Accession Number AC 標(biāo)識號 Identification ID 含 義 全 稱 縮寫 以鼠傷寒沙門氏菌 Salmonella typhimurium H1i基因編碼的鞭毛蛋白FLIC_SALTY為例介紹 SWISSPORT數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)格式。 ID FLIC_SALTY Reviewed。 495 AA. AC P06179。 P97 Q02871。 Q56088。 DT 01JAN1988, integrated into UniProtKB/SwissProt. DT 23JAN2022, sequence version 4. DT 24JUL2022, entry version 69. DE Flagellin (Phase 1I flagellin). GN Name=fliC。 Synonyms=flaF, hag。 OrderedLocusNames=STM1959。 OS Salmonella typhimurium. OC Bacteria。 Proteobacteria。 Gammaproteobacteria。 Enterobacteriales。 Enterobacteriaceae。 Salmonella. OX NCBI_TaxID=602。 RN [1] RP NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA]. RX MEDLINE=86059460。 PubMed=2999134。 RA Joys .。 RT The covalent structure of the phase1 flagellar filament protein of Salmonella typhimurium and its parison with other flagellins.。 RL J. Biol. Chem. 260:1575815761(1985). 序列標(biāo)識 序列編號 登錄日期 描述 基因名稱 來源物種 物種分類 物種分類號 引文序號 引文位置 交叉引用 引文作者 引文標(biāo)題 引文出處 SWISSPROT 數(shù)據(jù)庫條目實例 RN [9] RP NUCLEOTIDE SEQUENCE [GENOMIC DNA] OF 476495. RC STRAIN=LT2 / ATCC 23564。 …… CC ! FUNCTION: Flagellin is the subunit protein which polymerizes to form the filaments of bacterial flagella. CC ! MISCELLANEOUS: Individual Salmonella serotypes usually alternate between the production of 2 antigenic forms of flagella, termed phase 1 and phase 2, each specified by separate structural genes, fliC and fljB. CC ! SIMILARITY: Belongs to the bacterial flagellin family. CC DR EMBL。 M11332。 。 。 Genomic_DNA. DR EMBL。 D13689。 。 。 Genomic_DNA. DR EMBL。 AE008787。 。 。 Genomic_DNA. DR EMBL。 X51740。 。 。 Genomic_DNA. DR EMBL。 J01801。 。 。 Genomic_DNA. DR PIR。 A24262。 A24262. DR PIR。 S16121。 S16121. DR PDB。 1IO1。 Xray。 A=54451. DR PDB。 1P95。 Model。 A=57451. DR PDB。 1UCU。 EM。 A=1495. 相關(guān)內(nèi)容 評注功能 其他特性 相似性 交叉引用數(shù)據(jù)庫 EMBL核酸序列 數(shù)據(jù)庫 PIR蛋白序列 數(shù)據(jù)庫 PDB蛋白結(jié)構(gòu) 數(shù)據(jù)庫 PE 1: Evidence at protein level。 KW 3Dstructure。 Complete proteome。 Flagellum. FT INIT_MET 1 1 Removed (By similarity). FT CHAIN 2 495 Flagellin. FT /FTId=PRO_0000182578. FT CONFLICT 127 127 S N (in Ref. 1). FT CONFLICT 133 133 N S (in Ref. 1). …… FT HELIX 3 32 FT TURN 37 39 FT HELIX 44 98 關(guān)鍵詞 特征表 不同來源數(shù)據(jù)庫的沖突位點 二級結(jié)構(gòu)信息 SQ SEQUENCE 495 AA。 51612 MW。 4BD7849FA3B936BA CRC64。 MAQVINTNSL SLLTQNNLNK SQSALGTAIE RLSSGLRINS AKDDAAGQAIANRFTANIKG LTQASRNAND GISIAQTTEG ALNEINNNLQ RVRELAVQSA NSTNSQSDLD SIQAEITQRL NEIDRVSGQT QFNGVKVLAQ DNTLTIQVGA NDGETIDIDL KQINSQTLGLDTLNVKYK VSDTAATVTG YADTTIALDN STFKASATGL GGTDQKIDGDLKFDDTTGKYYAKVTVTGGT GKDGYYEVSV DKTNGEVTLA GGATSPLTGGLPATATEDVKNVQVANADLTEAKAALTAAG VTGTASVVKM SYTDNNGKTI DGGLAVKVGD DYYSATQNKD GSISINTTKYTADDGTSKTA LNKLGGADGK TEVVSIGGKT YAASKAEGHN FKAQPDLAEA AATTTENPLQKIDAALAQVD TLRSDLGAVQ NRFNSAITNL GNTVNNLTSA RSRIEDSDYA TEVSNMSRAQ ILAGTSVL AQANQVPQNV LSLLR // 序列標(biāo)頭 蛋白質(zhì)序列 記錄結(jié)束 2. PIR ? PIR的子數(shù)據(jù)庫： 蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫（ PIRPSD） 蛋白質(zhì)分類數(shù)據(jù)庫（ iProClass） 非冗余的蛋白質(zhì)參考資料數(shù)據(jù)庫（ PIRNREF） ?PIR數(shù)據(jù)庫按照數(shù)據(jù)性質(zhì)和注釋層次分四個部分： PIR1序列已經(jīng)驗證，注釋最為詳盡 ； PIR2為尚未確定的冗余序列； PIR3序列既未檢驗，也未注釋； PIR4序列來自其它渠道，既未驗證，也無注釋。 美國國家生物醫(yī)學(xué)研究基金會與國際蛋白質(zhì)信息中心（ PIRInternational）共同維護(hù)。 PIR是第一個蛋白質(zhì)分類和功能注釋數(shù)據(jù)庫 ? PIR作用： ? 提供基于文本的交互式檢索、序列相似性 搜索以及結(jié)合序列相似性、注釋信息和蛋白質(zhì)家族信息的高級檢索。 ? PIR網(wǎng)址： ?是一個經(jīng)計算機(jī)注釋的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫，采用SWISSPROT數(shù)據(jù)庫格式。 ?主要包含從 EMBL/ Genbank/DDBJ三大核酸數(shù)據(jù)庫中根據(jù)編碼序列翻譯的、尚未集成到 SWISSPROT數(shù)據(jù)庫中的蛋白質(zhì)序列。 ?TrEMBL為 SWISSPROT數(shù)據(jù)庫及時提供補(bǔ)充。 ? TrEMBL網(wǎng)址： 4. UniProt ? UniProt將 SWISSPROT、 PIR、 TrEMBL三個數(shù)據(jù)庫合并。通過文本檢索、序列相似檢索