電泳圖譜的圖像分析及蛋白質消化技術(編輯修改稿)
2025-06-22 13:27 本頁面
【文章內容簡介】 然后單擊 creat, 出現(xiàn)一對話框，選擇其中的一個圖象做為參考圖象（ standard member） , 整個 Matchset用單個窗口（ signal window）來表示，其中的亞窗口（ subwindow）分別用來表示參考圖像（用 REF來表示）和成員膠（ member gel）圖像。 三 、斑點匹配 (Matching spots) 24 25 26 ?Matchset 建成后，接著便是 設立標志點（ landmark） ,它的作用是對整個凝膠上蛋白質斑點進行排列（ align）與定位（ position）以便進行匹配（ match）。 單擊工具欄中的 match tools圖標會出現(xiàn)一個窗口，其中有 landmark, unlandmark, match gel, match all gels等斑點匹配的工具 , 在 match菜單中也有這些工具。 標志點應選擇分辨良好，且所有成員膠上均出現(xiàn)的蛋白質斑點，并盡量避開蛋白質斑點聚集的地方，最好在不同的放大倍數(shù)下確定該蛋白質斑點為所有成員膠上同一個蛋白質斑點。至少要設立兩個標志點后便可利用 PDQUEST的自動匹配功能來完成不同凝膠上的蛋白質斑點的匹配了。 一般設立的 landmark斑點個數(shù)為總斑點的 10%左右，要用肉眼檢查每一個應該能匹配上的斑點是否匹配上了。 27 28 29 ?對錯誤匹配的蛋白質斑點或沒有識別到的匹配可進行手工方式編輯。在這里也可以進行編輯斑點功能，單擊viewinterchange all images, 這樣所有的成員膠和參考膠有 Gel spot 狀態(tài)下變成了Gel image, 而在 Gel image 狀態(tài)下可進行Edit Spot Tools 以編輯蛋白質斑點 。 30 31 四 、數(shù)據(jù)分析及輸出（ analysis and report） 32 為了分析蛋白質斑點之間差異表達，PDQUEST提供了多個分析程序，包括 蛋白質斑點 量 (Quantity)分析 ， 散點圖工具（ Satter Plot Tool） ,量的柱狀圖分析（ Graph） 等在內的多種分析程序。 33 量的分析 打開 Matchset，單擊DatabaseAnalysisCreate Analysis Set, 然后再單擊參考圖，就會出現(xiàn)一個對話框 , 輸入名字（ Name） , Type有多種選項 ,要做量的比較就選 Quantitative。 34 35 ?比較（ Compare）形式有兩種，一種是 Gel, 可以單個的膠兩兩互相比較 (只能是成員膠和參考膠進行比較 )，另一種是 Group，可以將同一樣品的多塊膠做為一組（這在 Database Replicate GroupCreate Group下可以創(chuàng)建組），然后再組之間兩兩比較。然后再選擇 A 和 B，分別表示兩塊膠或者是兩組膠。 Replicate Group 36 37 38 ?在 Select Spots Which are 中可以選擇Increased, Increased or Decreased 或者是Decreased 等，激活選項后可以輸入倍數(shù)關系 , 默認的是 2 times, 可以輸入其他數(shù)值， 如3 times。參數(shù)設好后就單擊 go, 在參考膠上就會出現(xiàn)黃色圈標記的蛋白質斑點，如果你選擇是 Increased BA 2 times, 那么這些 黃色圈標記的 蛋白質斑點即為在量上 B大于 A 兩倍的蛋白質點 . 39 ?為了矯正銀染對蛋白質點定量分析的影響，所有點的含量通過單個點的光密度值比膠上所有點光密度質而正?；?（ Normalize） , 單擊EditNormalize, 出現(xiàn)一對
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