氣體在聚合體中擴(kuò)散的測量(編輯修改稿)
2025-05-26 12:37 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 rer 中出現(xiàn)了一個新的名為 AC Constr 的文件夾。當(dāng)計(jì)算結(jié)束時，會產(chǎn)生一個包含不規(guī)則晶胞的軌跡文檔 。 關(guān)閉 Amorphous Cell Construction 對話框。雙擊 。這個文檔中包含了一個有八聚 PDMS 和 4 個氧分子的周期性晶胞。 ３． 晶胞的弛豫。 當(dāng)一個無規(guī)則晶胞生成時，分子可能不是等價地分布在晶胞中，這樣就造成了真空區(qū)。為了矯正這個，要進(jìn)行能量最小化來優(yōu)化晶胞。最小化過后，要進(jìn)行分子動力學(xué)模擬來平衡晶胞。 當(dāng)你構(gòu)建無規(guī)則晶胞時，都要用能量最小化和分子動力學(xué)來進(jìn)行結(jié)構(gòu)弛豫。 在能量最小化之前，清空工作區(qū)。 選擇 File | Save Project，接著再從菜單欄中選取 Windows | Close All。雙擊 Project Explorer 中的 。 當(dāng)一個包含周期性結(jié)構(gòu)的 3D 原子文檔被打開時，那些非鍵的設(shè)定會重新變成默認(rèn)值。文檔 中也有周期性結(jié)構(gòu)，因此在打開之后要把非鍵的設(shè)定從默認(rèn)值改回來。 從菜單欄中選擇 Modules | Discover | Setup 來顯示 Discover Setup 對話框，從中選取NonBond條目。把 Apply settings to 改成 vdW amp。 Coulomb。把 Summation method 改成 Group Based。 關(guān)閉 Discover Setup 對話框。 現(xiàn)在你已經(jīng)準(zhǔn)備好對整個晶胞進(jìn)行能量最小化了。由于本教程中時間有限，只能進(jìn)行 2022步的優(yōu)化計(jì)算。在實(shí)際計(jì)算中，因該把整個優(yōu)化運(yùn)行完全。 點(diǎn)擊工具條上的 Discover 按鈕 ，然后從下拉列表中選擇 Minimizer。在Discover Minimization對話框中，把 Maximum iterations從 5000改為 2022。點(diǎn)擊Minimize。關(guān)閉 Discover Minimization 對話框。 任務(wù)結(jié)束后，最終的結(jié)構(gòu)保存在文件夾 cell Disco Min 中?，F(xiàn)在要用分子動力學(xué)模 擬繼續(xù)進(jìn)行弛豫。 從菜單欄中選取 Modules | Discover | Dynamics。將會顯示 Discover Molecular Dynamics 對話框。 有各種不同的分子動力學(xué)模擬，以系綜分類，分別為 NVE, NVT, NPT, 和 NPH。字母含義如下： N=固定粒子數(shù) V=固定體積 E=固定能量 T=固定溫度 P=固定壓強(qiáng) H=固定焓 要平衡一個準(zhǔn)備進(jìn)行擴(kuò)散計(jì)算的晶胞， NPT 系綜是最好的選擇。不過，本教程中采用最快的 NVT 系綜。 把 Ensemble 改為 NVT。把溫度改為 300。把 Number of steps 從 5000 改為 2022.把 Trajectory Save 選項(xiàng)改為 Final Structure。點(diǎn)擊 Run。 注：在一個實(shí)際的模擬中，你很可能需要至少 50ps 來平衡晶胞。這與系統(tǒng)的大小有關(guān)。系統(tǒng)越大，平衡所需時間越長。對 NVT 系綜來說，當(dāng)即時更新的圖表文檔中的能量固定不變時，系統(tǒng)就平衡了。在平衡過程中你也要根據(jù)速度來調(diào)節(jié)溫度。 現(xiàn)在把工作區(qū)清空。 在 File中點(diǎn)擊 Save Project ，從菜單欄中選取 Windows | Close All，雙擊 cell Disco Dynamics
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