總結(jié)課程ppt課件(編輯修改稿)
2025-02-10 17:51 本頁面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 ix for a wide range of alignment programs. It is the default matrix in BLAST PAM模型可用于 尋 找蛋白 質(zhì) 的 進(jìn) 化起源 BLOSUM模型 則 用于 發(fā)現(xiàn) 蛋白 質(zhì) 的保守域 =2（ 1+2/3） 序列 1： GCCUCG 序列 2： GCCAUUG 局部比對(duì) 序列 1： CAGCCUCGCUUAG 序列 2： AAUGCCAUUGACGG 全局比對(duì) 《 生物信息學(xué) 》 第七、八講 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) is a set of similarity search programs that explore all of the available sequence databases for protein or DNA. BLAST (基本局部相似性比對(duì)搜索工具 ) 是一套用來探索可供使用的序列數(shù)據(jù)庫(kù)中所有 DNA或者蛋白質(zhì)的相似性搜索程序 Local：局部 研究對(duì)象 ： DNA或者蛋白質(zhì) 搜多對(duì)象 ：數(shù)據(jù)庫(kù) BLAST相似度的主要評(píng)測(cè)指標(biāo) 程序名 查詢序列 數(shù)據(jù)庫(kù) 搜索方法 Blastn 核酸 核酸 核酸序列搜索逐一核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列 Blastp 蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì) 蛋白質(zhì)序列搜索逐一蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列 Blastx 核酸 蛋白質(zhì) 核酸序列 6框翻譯成蛋白質(zhì)序列后和蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中的序列逐一搜索。 Tblastn 蛋白質(zhì) 核酸 蛋白質(zhì)序列和核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的核酸序列 6框翻譯后的蛋白質(zhì)序列逐一比對(duì)。 TBlastx 核酸 核酸 核酸序列 6框翻譯成蛋白質(zhì)序列，再和核酸數(shù)據(jù)庫(kù)中的核酸序列 6框翻譯成的蛋白質(zhì)序列逐一進(jìn)行比對(duì)。 HHAFDEG ACDEGGG 42+6+5+6=19 《 生物信息學(xué) 》 第九、十講 A B C A B C 大片段 contig 小片段測(cè)序拼裝 有特異性的分子路標(biāo)，拼接準(zhǔn)確，錯(cuò)誤少，但為確定分子路標(biāo)而構(gòu)建圖譜相當(dāng)耗時(shí) A B C A B C 小片段測(cè)序 計(jì)算機(jī)拼裝 優(yōu)點(diǎn) :不需預(yù)先了解任何基因組的情況 缺點(diǎn) :容易錯(cuò)誤裝配 2022年 2月，文特爾小組所做的人類基因組測(cè)序報(bào)告發(fā)表在 《 科學(xué) 》 雜志上 科林斯帶領(lǐng)的公共資金支持的實(shí)驗(yàn)室聯(lián)合體的報(bào)告同時(shí)發(fā)表在 《 自然 》 雜志上 Public HGP Celera Genomics ?“ 復(fù)雜而沒有生命的化學(xué)物質(zhì)可以構(gòu)成我們的
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