基因芯片分析的理論與方法(存儲(chǔ)版)
【正文】 因芯片的分類n Oligonucleotide arrayn – Synthesized on a chip（ Affymetrix）n – Spot on a solid matrix（ Compugen）n cDNA array（ Incyte ） 根據(jù)探針類型分類根據(jù)探針類型分類 expression genomic analysiscDNAChip Genomic Chip 2,000 n 50,000 n一些發(fā)展中的基因芯片技術(shù)平臺(tái)n 利用生物分子的電物理特性進(jìn)行基因表達(dá)監(jiān)測：監(jiān)測速度很快，適用于基因表大，蛋白質(zhì)組及基因型的研究n 利用電場原理進(jìn)行高密度芯片生產(chǎn)：基于適合用于生物學(xué)的集成電路，集成電路包含可以獨(dú)立尋址的微電極陣列，結(jié)合特殊的液體流動(dòng)系統(tǒng)，可以使大部分生物分子按照來自于計(jì)算機(jī)的數(shù)字指令運(yùn)動(dòng)。n 對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行聚類分析之前，必須將包含在基因表達(dá)矩陣中的數(shù)據(jù)進(jìn)行相似程度分析，并且對(duì)分析結(jié)果進(jìn)行量化。n 當(dāng)一個(gè)基因通過轉(zhuǎn)錄、翻譯形成功能基因產(chǎn)物后，它將改變細(xì)胞的生化狀態(tài)，從而直接或間接地影響其它基因的表達(dá)，甚至影響自身的表達(dá)。 由 GIF等平板文件類型圖示，方框顯示為涉及的酶 EC名稱，圓滑框?yàn)榉磻?yīng)類型，以實(shí)線和箭頭連接反應(yīng)物和方向，虛線指向預(yù)測的反應(yīng)類型。工作方式Z值得計(jì)算GOminern Gominer:最初 Version在算法上 雖亞 于 GenMAPP, 在再建立可 視 關(guān)系上 (treelike structure 和‘directed acyclic graph)有其獨(dú)特之 處 .n 今年 對(duì) Original Version進(jìn) 行 較 大改 進(jìn) ,不 僅 可以富集 significant GO categories, 還 可以同 時(shí)對(duì) 多套芯片 實(shí)驗(yàn) 數(shù)據(jù)批量分析 ,控制假 發(fā)現(xiàn) 率 FDR, 還整合 轉(zhuǎn)錄 因子 結(jié) 合位點(diǎn)信息 .綜 合而言 , 尤其適合TIMECOURSE功能富集分析n 需要建立當(dāng)?shù)?Mysql數(shù)據(jù)庫 ,建立 JDB數(shù)據(jù)源 Pathway Explorern PathwayExplorer:provides prehensive and easily accessible representations of expression profiles onto major regulatory, metabolic and cellular pathways. The integrated pathway resources include KEGG, BioCarta and GenMAPP.n LocusLink was again used as root identifier. The LocusLinks are linked with the userdefined gene identifier groups (UniGene, GeneOntology, GenBank and/or RefSeq), which are used then to align the mapped gene IDs.n ArrayXPathn a webbased service for mapping and visualizing microarray geneexpression data for integrated biological pathway resources n When one inputs geneexpression clusters, ArrayXPath produces a list of the best matching pathways for each cluster n applied Fisher39。 根據(jù)基因產(chǎn)物的相關(guān)分子功能，生物學(xué)途徑，細(xì)胞學(xué)組件而給予定義，無物種相關(guān)性。原理n 基因表達(dá)實(shí)際上是細(xì)胞、組織、器官受遺
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