基因芯片分析的理論與方法-閱讀頁
2025-03-08 21:50本頁面
【正文】 P的通路可視化，使研究者研究某些基因在通路中的作用 .關(guān)于 BioCartan BioCarta:“Carta”中文 意思 是 ”地圖 ”， BioCarta” 即 用圖形來描述生物相關(guān)知識 ，形成生物 學(xué)家 所熟悉 的 生化調(diào)控通路 (biochemical pathways)。該基因網(wǎng)具有以下基本功能：n (a) 描述執(zhí)行特定生物功能時所涉及到的整體基因交互作用n (b) 描述基因的蛋白質(zhì)編碼n (c) 描述基因?qū)ν饨绱碳さ膫鞲型緩絥 (d) 通過一組反饋自動地穩(wěn)定網(wǎng)絡(luò)參數(shù)或者使網(wǎng)絡(luò)轉(zhuǎn)換到新的功能狀態(tài)n (e) 利用外部信號、激素和代謝產(chǎn)物作為生理學(xué)參數(shù)激發(fā)基因網(wǎng)糾正其作用n 該基因網(wǎng)描述了 四類實體 ：n (a) 細(xì)胞 (組織，器官 )n (b) 蛋白質(zhì)n (c) 基因n (d) 物質(zhì)n 該基因網(wǎng)還描述了實體間 兩種關(guān)系 ：n (a) 反應(yīng)（ reaction） , 即通過交互作用產(chǎn)生新的實體或過程n (b) 調(diào)控（ regulatory） 事件 , 特定反應(yīng)對實體的作用。n 功能富集分析的 統(tǒng)計 原理是用超幾何分布型來 檢驗 一組 基 因（共表達(dá)或差異表達(dá)）中某個功能 類 的 顯 著性，并 結(jié) 合 多重假 設(shè)檢驗 判斷思想 選擇 同 這組 基因 顯 著相關(guān)功能 類別MAPPFindern MAPPFinder is a tool that creates a global geneexpression profile across all areas of biology by integrating the annotations of the Gene Ontology (GO) Project with the free software package n GenMAPP 可以整合 GO定義，產(chǎn)生整體的基因表達(dá)譜 . 輸出可以搜索的瀏覽器 ,幫助用戶快速識別代表性的差異表達(dá)基因在 GO的定義。s exact test and the false discovery rate (FDR) to evaluate the statistical significance of the association between a cluster and a pathway while correcting the multipleparison problem n Pathway影響顯著性的統(tǒng)計學(xué)評估基于文獻(xiàn)的功能富集分析n Due to easy access and availability, the most widely used sources of scientific information are abstracts of scientific publications, accessed primarily through MEDLINE.n Abstracts contain a concise description of the information within the paper and provide the best bination of availability, information density and brevity.n Many approaches have been proposed for information extraction (IE) from scientific publications, ranging from simple statistical methods to advanced natural language processing (NLP) systems.基于文獻(xiàn)的功能富集分析的工具n PubGENn CoPub Mapper n extraction system— MedScan,n PathwayAssistn Pathway studion 商業(yè)化QUESTION
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