基因芯片分析的理論與方法(文件)
【正文】 profiles onto major regulatory, metabolic and cellular pathways. The integrated pathway resources include KEGG, BioCarta and GenMAPP.n LocusLink was again used as root identifier. The LocusLinks are linked with the userdefined gene identifier groups (UniGene, GeneOntology, GenBank and/or RefSeq), which are used then to align the mapped gene IDs.n ArrayXPathn a webbased service for mapping and visualizing microarray geneexpression data for integrated biological pathway resources n When one inputs geneexpression clusters, ArrayXPath produces a list of the best matching pathways for each cluster n applied Fisher39。 功能富集分析功能富集分析定義n 功能富集分析 (Functional Enrichment Analysis)又稱功能聚 類 分析，借助于各種生物學(xué)信息數(shù)據(jù) 庫 （ 如GO , KEGG, GENMAPP, BIACARTA, TRANSFAC, OMIM） 和分析工具（如 MAPPFinder, ArrayXPath） 進 行 統(tǒng)計 分析，挖掘同差異表達或共表達 這組 感 興 趣基因具有 顯 著差異的功能 類別 。 由 GIF等平板文件類型圖示，方框顯示為涉及的酶 EC名稱，圓滑框為反應(yīng)類型，以實線和箭頭連接反應(yīng)物和方向，虛線指向預(yù)測的反應(yīng)類型。 GO是多種生物學(xué)本體論語言中的一種，提供了三層結(jié)構(gòu)的系統(tǒng)定義方式，用于描述基因產(chǎn)物的功能。n 當一個基因通過轉(zhuǎn)錄、翻譯形成功能基因產(chǎn)物后，它將改變細胞的生化狀態(tài)，從而直接或間接地影響其它基因的表達，甚至影響自身的表達。兩個表達模式之間的關(guān)系(a) 相似(b) 變化趨勢一致(c) 兩個基因的調(diào)控結(jié)果不一樣或甚至相反聚類分析的目的n 可誘導(dǎo)基因是共表達的 n 許多構(gòu)成性表達的基因不受調(diào)節(jié)n 根據(jù)表達相似形排列基因n 功能相似的基因被聚為不同的類n 可以揭示細胞的生理狀態(tài)n 可以幫助研究未知基因的功能聚類結(jié)果顯示 : Cluster, Cluster viewer二 . 基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析 基 本 理 論定義n 一個基因網(wǎng)絡(luò) (pathway)由 一組生物分子（如基因、蛋白質(zhì)）以及它們之間的相互作用構(gòu)成 ，這些生物分子共同完成一些特定的細胞功能任務(wù)n 在實際分析過程中，往往以 圖 這種數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)表示基因網(wǎng)絡(luò)，圖中的 節(jié)點代表基因或者蛋白質(zhì)，而節(jié)點之間的連線代表基因、蛋白質(zhì)之間的相互作用 。n 對數(shù)據(jù)進行聚類分析之前，必須將包含在基因表達矩陣中的數(shù)據(jù)進行相似程度分析，并且對分析結(jié)果進行量化。n 噴墨點樣技術(shù)：以高度定位的形式把合成好的寡核苷酸分子噴點倒玻璃表面?；蛐酒治龅膬?yōu)點n快速n高通量 (104 106)n自動化n使用的試劑少n低成本基因芯片分析的應(yīng)用范圍n Academic research of geic diseasesnCancernPrenatal geics（ 產(chǎn)前遺傳學(xué)研究）nGeneral geic diseasesn Infectious diseasesn Drug discoveryn Animal farming/v
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