基因芯片分析的理論與方法-展示頁
2025-03-02 21:50本頁面
【正文】 es (stressed, fasting, etc.)n Tissue distributionn (position, 3D)基因芯片的發(fā)展是推動系統(tǒng)生物學(xué)發(fā)展的動力利用基因芯片研究生命現(xiàn)象的測略n Factors involved = Componentsn Order of events = Pathwaysn Interactions = Circuit KEGGGO基因芯片的分類 根據(jù)用途分類根據(jù)用途分類 gene expression patternBiologicalSample Functional Information基因芯片的分類n Oligonucleotide arrayn – Synthesized on a chip（ Affymetrix）n – Spot on a solid matrix（ Compugen）n cDNA array（ Incyte ） 根據(jù)探針類型分類根據(jù)探針類型分類 expression genomic analysiscDNAChip Genomic Chip 2,000 n 50,000 n一些發(fā)展中的基因芯片技術(shù)平臺n 利用生物分子的電物理特性進行基因表達(dá)監(jiān)測：監(jiān)測速度很快，適用于基因表大，蛋白質(zhì)組及基因型的研究n 利用電場原理進行高密度芯片生產(chǎn)：基于適合用于生物學(xué)的集成電路，集成電路包含可以獨立尋址的微電極陣列，結(jié)合特殊的液體流動系統(tǒng)，可以使大部分生物分子按照來自于計算機的數(shù)字指令運動。n 寡核苷酸包被的微珠芯片n 平行信號測序技術(shù)：對基因表達(dá)進行定量分析基因芯片分析試驗方法基因芯片分析的主要步驟cDNA基因芯片分析的主要步驟cDNA芯片分析的主要步驟n Spot by Array spottercDNA芯片分析的主要步驟Hybridizing by Automatic hybridization processorcDNA芯片分析的主要步驟n Laser scannerOligonucleotide array （ GeneChip?）L L L LLLL LcDNAAAAA總 RNA的制備 反轉(zhuǎn)錄體外轉(zhuǎn)錄生物素標(biāo)記的 cRNA片段化處理帶 標(biāo)記的 cRNA片斷35200 bases ug/ul起始用量 510ug（ IVT）操作流程 （以真核生物為例）L LLL L標(biāo)記的 cRNA片斷 雜交混合液的制備EukaryoticControlOligo B2 雜交（ 16hour） 數(shù)據(jù)分析 掃 描 洗脫染色Oligonucleotide array 的 特點1 個平方厘米的面積至少可排列四十多萬個探針合成區(qū)（ “點 ”）基因 2基因 1cDNA基因 2cDNA用于 cDNA芯片的探針Oligo probe基因 1多個檢測結(jié)果可以參考Oligonucleotide array 的 優(yōu)越性? 序列準(zhǔn)確性高 原位合成 PCR擴增 ,點樣? 起始 Total RNA 1－ 10ug ≥50ug ? 均一的退火溫度 25mer 300bp－ 3Kb? 特異性更高 多段探針 單個探針? 非特異性雜交 ≤2％ 30％cDNA 芯片Affy 芯片優(yōu) 勢芯片分析 數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化n Quantitation n dataquality assessmentsn 背景處理：圖像上各點的吸光度值包含了樣品和背景信號，在提取數(shù)據(jù)前必須將背景扣除n 雜交點質(zhì)量：由于點樣或膜變形等原因目前較多的軟件對雜交點的識別定位仍需要人為的調(diào)整n 數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化：其目的是避免基因芯片
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