生物信息學(xué)名詞解釋(文件)
【正文】 值（EXPECT），例如Defaults值設(shè)為10。根據(jù)重復(fù)序列在基因組中的分布形式可將其分為串聯(lián)重復(fù)序列（Tandem Repeats Sequence，TRS）和散布重復(fù)序列（Dispersed Repeats Sequence，DRS）。根據(jù)重復(fù)序列的重復(fù)單位的長(zhǎng)度，可將串聯(lián)重復(fù)序列分為衛(wèi)星DNA、微衛(wèi)星DNA、小衛(wèi)星 DNA等。簡(jiǎn)單重復(fù)序（SSR）也稱微衛(wèi)星DNA，其串聯(lián)重復(fù)的核心序列為1一6 bp，其中最常見是雙核苷酸重復(fù)，即（CA) n和（TG) n每個(gè)微衛(wèi)星DNA的核心序列結(jié)構(gòu)相同，重復(fù)單位數(shù)目10一60個(gè)，其高度多態(tài)性主要來源于串聯(lián)數(shù)目的不同。指在SSR的核心序列之間有3個(gè)以下的非重復(fù)堿基，但兩端的連續(xù)重復(fù)核心序列重復(fù)數(shù)大于3。Domain保守域Bits scoresEvalue一般指構(gòu)成任何一種特征序列的基本結(jié)構(gòu)，但是多數(shù)情況下是指可能具有分子功能、結(jié)構(gòu)性質(zhì)或家族成員相關(guān)的任何序列模式。Pattern此外，隨機(jī)的氨基酸序列也可能出現(xiàn)短小的序列模式，故易產(chǎn)生假陽性，對(duì)于此類搜索需要搜索多個(gè)不同的數(shù)據(jù)庫，得到盡可能多得同源序列，從而才能更好的說明序列中包含的信息。file is a table of positionspecific scores and gap penalties, representing an homologous family, that may be used to search sequence databases (Ref.:,). Issues in pro.//是狼就要練好牙，是羊就要練好腿。拼一個(gè)春夏秋冬！贏一個(gè)無悔人生！早安！—————獻(xiàn)給所有努力的人.學(xué)習(xí)參考。不奮斗就是每天都很容易，可一年一年越來越難。注窗體頂端窗體底端Powered by/ Gibson (1996),).In CLUSTALWderived profiles those sequences that are more distantly related are assigned higher weights (,Profile例如，“Lx(6)Lx(6)Lx(6)L”（x表示任意氨基酸）為亮氨酸拉鏈結(jié)構(gòu)的序列模式，這樣一段序列多處于蛋白質(zhì)的活性區(qū)域或重要結(jié)構(gòu)區(qū)，較為保守，是motif搜索的目標(biāo)之一。常見的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)motif，種類超過28類。Motif模體Pvalue結(jié)構(gòu)功能域通常由25~300個(gè)氨基酸殘基組成，不同蛋白質(zhì)分子中結(jié)構(gòu)域的數(shù)目不同，同一個(gè)蛋白質(zhì)分子中的幾個(gè)結(jié)構(gòu)域彼此相似或者不盡相同。指2個(gè)或2個(gè)以上的串聯(lián)核心序列由3個(gè)或3個(gè)以上的連續(xù)的非重復(fù)堿基分隔開，但這種連續(xù)性的核心序列重復(fù)數(shù)不少于5。指核心序列以不間斷的重復(fù)方式首尾相連構(gòu)成的DNA。發(fā)現(xiàn)的串聯(lián)重復(fù)序列主要有兩類：一類是由功能基因組成的（如rRNA和組蛋白基因）；另一類是由無功能的序列組成的。E=kmne^（λs）RNA Integrity Number (RIN)The RNA integrity number (RIN) is a software tool designed to help scientists estimate the integrity of total RNA samplesTRS、DRS、SSR這一數(shù)值越接近零，發(fā)生這一事件的可能性越小?；蜃R(shí)別的核心是確定全基因組序列中所有基因的確切位置。人類基因組序列草圖分析結(jié)果表明，人類基因組CpG島約為28890個(gè)，大部分染色體每1 Mb就有5—15個(gè)CpG島，平均值為每Mb含10．5個(gè)CpG島，CpG島的數(shù)目與基因密度有良好的對(duì)應(yīng)關(guān)系[9]。什么是DNA甲基化CpG島,英文名稱：CpG island定義：位于多種脊椎動(dòng)物已知基因轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)周圍、由胞嘧啶(C)和鳥嘧啶(G)組成的串聯(lián)重復(fù)序列。目前在腫瘤的研究中認(rèn)為印記缺失是引起腫瘤最常見的遺傳學(xué)因素之一。印記基因的存在能導(dǎo)致細(xì)胞中兩個(gè)等位基因的一個(gè)表達(dá)而另一個(gè)不表達(dá)。什么是計(jì)算生物學(xué)計(jì)算生物學(xué)是指開發(fā)和應(yīng)用數(shù)據(jù)分析及理論的方法、數(shù)學(xué)建模、計(jì)算機(jī)仿真技術(shù)等。什么是比較基因組學(xué)比較基因組學(xué)(ComparativeGenomics)是基于基因組圖譜和測(cè)序基礎(chǔ)上，對(duì)已知的基因和基因組結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較，來了解基因的功能、表達(dá)機(jī)理和物種進(jìn)化的學(xué)科。這是在基因組靜態(tài)的堿基序列弄清楚之后轉(zhuǎn)入對(duì)基因組動(dòng)態(tài)的生物學(xué)功能學(xué)研究。有參考基因組重構(gòu)，是指先將read貼回到基因組上，然后在基因組通過reads覆蓋度，junction位點(diǎn)的信息等得到轉(zhuǎn)錄本，常用工具包括scripture、cufflinks。什么是轉(zhuǎn)錄本重構(gòu)用測(cè)序的數(shù)據(jù)組裝成轉(zhuǎn)錄本。FPKM與RPKM計(jì)算方法基本一致。RNAseq是透過次世代定序的技術(shù)來偵測(cè)基因表現(xiàn)量的方法，在衡量基因表現(xiàn)量時(shí)，若是單純以map到的read數(shù)來計(jì)算基因的表現(xiàn)量，在統(tǒng)計(jì)上是一件相當(dāng)不合理事，因?yàn)樵陔S機(jī)抽樣的情況下，序列較長(zhǎng)的基因被抽到的機(jī)率本來就會(huì)比序列短的基因較高，如此一來，序列長(zhǎng)的基因永遠(yuǎn)會(huì)被認(rèn)為表現(xiàn)量較高，而錯(cuò)估基因真正的表現(xiàn)量，所以Ali Mortazavi等人在2008年提出以RPKM在估計(jì)基因的表現(xiàn)量是將map到基因的read數(shù)除以map到genome的所有read數(shù)(以million為單位)與RNA的長(zhǎng)度(以KB為單位)。當(dāng)然了，depth也有最大和最小值，這個(gè)都可以由信息分析得到。詳細(xì)點(diǎn)就是對(duì)未知基因組序列進(jìn)行測(cè)序，利用生物信息學(xué)分析手段，對(duì)序列進(jìn)行拼接、組裝，從而獲得其基因組的圖譜。由于基因組中的高GC、重復(fù)序列等復(fù)雜結(jié)構(gòu)的存在，測(cè)序最終拼接組裝獲得的序列往往無法覆蓋有所的區(qū)域，這部分沒有獲得的區(qū)域就稱為Gap。測(cè)序深度與基因組覆蓋度之間是一個(gè)正相關(guān)的關(guān)系，測(cè)序帶來的錯(cuò)誤率或假陽性結(jié)果會(huì)隨著測(cè)序深度的提升而下降。將Scaffold按照這個(gè)順序依次相加，當(dāng)相加的長(zhǎng)度達(dá)到Scaffold總長(zhǎng)度的一半時(shí)，最后一個(gè)加上的Scaffold長(zhǎng)度即為Scaffold N50。什么是Scaffold N50Scaffold N50與Contig N50的定義類似。然后將所有的Contigs按照從長(zhǎng)到短進(jìn)行排序，如獲得Contig 1，Contig 2，Contig 3...………Contig 25。什么是Scaffold基因組de novo測(cè)序，通過reads拼接獲得Contigs后，往往還需要構(gòu)建454 Pairedend庫或Illumina Matepair庫，以獲得一定大小片段（如3Kb、6Kb、10Kb、20Kb）兩端的序列。什么是softclipped reads當(dāng)基因組發(fā)生某一段的缺失，或轉(zhuǎn)錄組的剪接，在測(cè)序過程中，橫跨缺失位點(diǎn)及剪接位點(diǎn)的reads回帖到基因組時(shí)，一條reads被切成兩段，匹配到不同的區(qū)域，這樣的reads叫做softclipped reads，這些reads對(duì)于鑒定染色體結(jié)構(gòu)變異及外源序列整合具有重要作用。Gene Sequence Collection)UniGene是以自動(dòng)化的方式，對(duì)于每一個(gè)新進(jìn)入到GeneBank的序列，進(jìn)行序列相似性分析
化學(xué)相關(guān)推薦
鄂ICP備17016276號(hào)-1