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2025-02-19 17:13本頁(yè)面
【正文】 在GenBank + PDB中 ） 。 如果要檢索大量數(shù)據(jù) ， 也可使用 Batch Entrez（ 批量 Entrez） 。 ? 編碼區(qū)概要列出了在基因組中所有的的蛋白 ， 并提供鏈接到 F A S T A文件和BLAST。 BLAST ? 將你的序列同核酸庫(kù)中的的序列比較 ，檢索相似的序列 。 ? 局部比對(duì)的限制條件不包括空位。這并不是說(shuō)插入確實(shí)會(huì)妨礙匹配，在大多數(shù)情況下，比對(duì)僅僅會(huì)被分解為若干個(gè)明顯的 HSPs。 BLAST程序的修訂版 ? 最近發(fā)布的 BLAST程序的修訂版提高了搜索速度，敏感度和實(shí)用性。 序列相似性搜索 通過(guò)計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)或調(diào)制解調(diào)器登陸到Inter上并把含有你的序列的 發(fā)送到 NCBI。 但 Entrez和 GenBank從本質(zhì)上是不同的 ，前者是一個(gè)信息檢索系統(tǒng) ， 而后者是一個(gè)Entrez從中檢索的數(shù)據(jù)庫(kù) 。還包括正在進(jìn)行中的基因組 ， 比如人 ， 小鼠 ，線蟲(chóng) ， 瘧原蟲(chóng) ， 果蠅 ， 利什曼原蟲(chóng) ， 水稻 ， 和玉米 。 ? 程序引用取代矩陣實(shí)行局部比對(duì)以獲得最佳搜索 。在速度和敏感度之間權(quán)衡選擇依賴(lài)于 ktup參數(shù) 。 增大 ktup參數(shù)就會(huì)減少字串命中的數(shù)目 ， 也就會(huì)減少所需要的最佳搜索的數(shù)目和搜索的速度 。 ? Ftp： // FASTA格式 ? 定義行號(hào)后只跟隨序列數(shù)據(jù) ， 參見(jiàn)描述數(shù)據(jù)庫(kù)的 readme文件 ， ? 包括 （ 每天更新的非冗余 BLAST核酸數(shù)據(jù)庫(kù) ， ? 包括 GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列 ， ? 不包括 EST, STS, GSS, or HTGS序列 ） ，（ 每日更新的非冗余蛋白質(zhì) ） ， , , , ,和其它文件 。 ? FTP基因組蛋白 ? 從 ftp站點(diǎn)的 genbank/genomes目錄下下載各種物種的 FASTA格式的氨基酸序列*.faa和蛋白表文件 *.ptt。蛋白表也可以在 Entrez基因組中看到 。 ? 可以獨(dú)立使用 ， 或者用基于 TCP/IP的“ work aware” 模式 ， 可以鏈接到其他 NCBI的資源和軟件 ， 比如 Entrez和PowerBLAST。 也包括來(lái)自于差異顯示和 RACE實(shí)驗(yàn)的 cDNA序列 。 ? HTGs ? 來(lái)自于大規(guī)模測(cè)序中心的高通量基因組序列 ，未完成的 （ 階段 0， 1， 2） 和完成的 （ 階段 3）序列 。 RefSeq ? NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)的參考序列 。 ? Accession numbers用 NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和 NC_xxxxxx的形式來(lái)表示 。 也包括來(lái)自于差異顯示和 RACE實(shí)驗(yàn)的 cDNA序列 。 dbSTS ? 序列標(biāo)簽位點(diǎn)的數(shù)據(jù)庫(kù) ， 短的在基因組上可以被唯一操作的序列 ， 用于產(chǎn)生作圖位點(diǎn) 。 UniGene 數(shù)據(jù)庫(kù) ? 把 GenBank中同某個(gè)基因有關(guān)的非冗余序列聚集成組 (或整理成簇的 EST和全長(zhǎng) mRNA序列庫(kù) )，每一個(gè)代表一種特定已知的或假設(shè)的物種基因 ，有定位圖和表達(dá)信息以及同其它資源的交叉參考 。 ? 人類(lèi) UniGene ? 小鼠 UniGene ? 大鼠 UniGene ? 斑馬魚(yú) UniGene 完整的基因組 ? 參見(jiàn)下面 Genome和 Maps部分 ， 包括各種物種資源 ， 人 ， 小鼠 ， 大鼠 ， 酵母 ，線蟲(chóng) ， 瘧原蟲(chóng) ， 細(xì)菌 ， 病毒 ， viroids， 質(zhì)粒 。 ? 蛋白序列 ? Entrez蛋白 — 用 accession number,作者姓名 ， 物種 ， 基因 /蛋白名字 ， 以及很多其它的文本術(shù)語(yǔ)來(lái)搜索蛋白序列記錄 （ 在GenPept + SwissProt + PIR + RPF + PDB中 ） 。 如果要檢索大量數(shù)據(jù) ， 也可使用 B a t c h Entrez（ 批量 Entrez） 。 互相檢索 ， 為每個(gè) CD抗原提供大約 20中標(biāo)準(zhǔn)信息的分類(lèi) （ 生化功能 ， 配體 ， 等等 ） ? 結(jié)構(gòu) （ Structure） ? 結(jié)構(gòu)
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