dna分子標(biāo)記的種類-在線瀏覽
2025-07-13 12:50本頁(yè)面
【正文】 AP— PCR方法不需預(yù)知序列資料，而且檢測(cè)的基因組樣本是任意的，還能夠用于檢測(cè)近等基因系（或同類系）中的多態(tài)性。另外，此方法在雜合體中僅可辨別長(zhǎng)度多態(tài)性。 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物是在凝膠上進(jìn)行分離，通過(guò)銀染即可產(chǎn)生非常復(fù)雜帶型。簡(jiǎn)單重復(fù)序（ SSR）也稱 微衛(wèi)星 DNA，其串聯(lián)重復(fù)的核心序列為 1一 6 bp，其中最常見(jiàn)是雙核苷酸重復(fù)，即（ CA) n和（ TG) n每個(gè)微衛(wèi)星 DNA的核心序列結(jié)構(gòu)相同，重復(fù)單位數(shù)目 10一 60個(gè)，其高度多態(tài)性主要來(lái)源于串聯(lián)數(shù)目的不同。 SSR具有以下一些優(yōu)點(diǎn)：（ l）一般檢測(cè)到的是一個(gè)單一的多等位基因位點(diǎn)；⑵微衛(wèi)星呈共顯性遺傳，故可鑒別雜合子和純合子；⑶所需 DNA量少。如不能直接從 DNA數(shù)據(jù)庫(kù)查尋則首先必須對(duì)其進(jìn)行測(cè)序。利用特異 PCR技術(shù)的最大優(yōu)點(diǎn)是它產(chǎn)生的信息非?？煽?，而不象 RAPD、AFLP和利用隨機(jī)探針產(chǎn)生的 RFLP存在某種模糊性 (如難以鑒別片段的來(lái)源 ) 這類分子標(biāo)記主要包括以下幾種分子標(biāo)記。引物根據(jù)與微衛(wèi)星重復(fù)序列兩翼的特定短序列設(shè)計(jì)，用來(lái)擴(kuò)增重復(fù)序列本身。其特點(diǎn)包括：一般檢測(cè)到的是一個(gè)單一的多等位基因位點(diǎn)；共顯性遺傳，故可鑒別雜合子和純合子；得到的結(jié)果復(fù)性很高 STMS的發(fā)展和相近的分子標(biāo)記種類 ? (1)把與 SSR互補(bǔ)的寡核苷酸作為多位點(diǎn) RFLP技術(shù)中的探針； ? (2)把與 SSR互樸的寡核苷酸作為 PCR引物 (可單獨(dú)作引物或與隨機(jī)引物配合使用 )，擴(kuò)增的是基因組 DNA 的特定片段，即 MP— PCR和 RAMPs： ? (3)用標(biāo)記的 SSR探針與 RAPD擴(kuò)增片段雜交．即RAMPO或稱為 RAHM 或 RAMS； ? (4)用 5 ‘或 3 ‘端加錨的 SSR 作引物 (如 GG[CA] )，即ISSR。 ISTR (inverse sequence— tagged repeat 這種技術(shù)與 SPAR 技術(shù)也相近，也所用的引物是在 copia序列 [反向重復(fù)序列 ]的基礎(chǔ)上設(shè)計(jì)的，擴(kuò)增的是 copia序列之間的 DNA序列。 RAMPO (random amplified microsatellite polymorphism ) RAMPO的基本步驟是：先用一個(gè)單一的隨機(jī)引物 (即 RAPD引物 )對(duì)基因組 DNA擴(kuò)增，用電泳將擴(kuò)增片段分開(kāi)，然后，把凝膠轉(zhuǎn)移到尼龍膜上，使之與一個(gè)帶有放射性標(biāo)記 (或其它標(biāo)記 )的與 SSR互補(bǔ)的寡核苷酸探針 (如 [CA]8和 [GA]8 )雜交，放射自顯影后可得到新的多態(tài)性類。其基本步驟是：先作 RAPD分析，然后把目標(biāo) RAP D片段 (如與某目的基因連鎖的 R 片段 )進(jìn)行克隆和測(cè)序，根據(jù)原 RAPD片段兩末端的序列設(shè)計(jì)特定引物 (一般比 RAPD 引物長(zhǎng)，通常 24個(gè)堿基 )，再進(jìn)行PCR特異擴(kuò)增，這樣就可把與原 RAPD片段相對(duì)應(yīng)的單一位點(diǎn)鑒定出來(lái)。SCAR比 RAPD和其它利用隨機(jī)引物的方法在基因定位和作圖中的應(yīng)用更好，因?yàn)樗懈叩目芍貜?fù)性 (原因是使用的引物長(zhǎng) )，標(biāo)記是共顯性遺傳的。 單引物擴(kuò)增反應(yīng) (single primer amplification reaction SPAR ) SPAR技術(shù)與 RAPD技術(shù)相似的是也只用一個(gè)引物，但 SPAR分析中所用的引物不是隨機(jī)的，而是在 SSR的基礎(chǔ)上設(shè)計(jì)的，例如可能的序列是 (TA)10或 (CGA)6。又稱為 MP—PCR(microsatellite— primed PCR)。另外，還有一種與 SPAR技術(shù)非常相似的標(biāo)記技術(shù)，即 ISTR (Inverse Sequence— tagged Repeat）技術(shù)，ISTR所用的引物是在反向重復(fù)序列基礎(chǔ)上設(shè)計(jì)的，PCR擴(kuò)增的是反向重復(fù)序列之間的 DNA序列。單鏈 DNA構(gòu)象分析對(duì)DNA序列的改變非常敏感，常常一個(gè)堿基差別都能顯示出來(lái)。 SSCP結(jié)果判定是通過(guò)多個(gè)樣品之間對(duì)比，觀察條帶之間位置改變，從而顯示出不同生物個(gè)體的 DNA特異性， 達(dá)到指紋分析目的。其中與雜交雙鏈分析（ Heterocluplex analysis， Het）法結(jié)合可以大大提高檢出率。
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