【正文】 nerate a pseudo DNA microarray and we want to do an ANOVA on it. First we generate some factors for Array (a), Treatments (t) and Genes (g). Then generate some normal random numbers for the logged foreground intensity. Then we put into an aov() function for each gene – this is where the loop is good for. Note that you will get different answer when you try it, because of the random numbers generated. 程序如下 (使用 for循環(huán)，也可改用 while循環(huán) ): 注： R控制面板中顯示符號(hào) 和 +,而源程序中是不需要的！ R語言與統(tǒng)計(jì)分析 – 上海師范大學(xué) (2022年 2月 ) 56 n = 3044 a = c(rep(1, 2 * n), rep(2, 2 * n)) t = c(rep(1, n), rep(2, n), rep(2, n), rep(1, n)) g = rep(rep(1:1522, rep(2, 1522)), 4) y = rnorm(4 * n, mean = , sd = ) ybar = (A = factor(a), G = factor(g), + T = factor(t), Intensity = y) attach(ybar) ybar[1:10,] 查看 ybar的前 10行 = matrix(0, 1522, 8, byrow = TRUE) = matrix(0, 1522, 4, byrow = TRUE) for(i in 1:1522) { + = aov(Intensity ~ A + T + A * T, + sub = G == i) + [i, ] = residuals() 保存 ANOVA分析的殘差 + [i, ] = coef() 保存 ANOVA分析的方差系數(shù) + } [1:10, ] 查看殘差的前 10行 [1:10, ] 查看方差系數(shù)的前 10行 R語言與統(tǒng)計(jì)分析 – 上海師范大學(xué) (2022年 2月 ) 57 ? 向量化 (vectorization) ? 循環(huán) (loops)很有用 ,但如果能將一組命令向量化，則應(yīng)盡量避免循環(huán)，原因在于 ? C是一種編譯語言，其效率是很高的； R則是一種解釋語言。). ? 修改桌面圖標(biāo) XEmacs的屬性 : 在快捷方式的”目標(biāo)”下添加 q l ―c:\.xemacs\―, 在”起始位置”添加存放文件的目錄 . R語言與統(tǒng)計(jì)分析 – 上海師范大學(xué) (2022年 2月 ) 32 ? ESS+XEmacs下 R的使用 了解 XEmacs視窗 ? 不是問題的問題 : ? 每次打開 R_XEmacs可能會(huì)彈出信息“ Initialization plete‖,只要點(diǎn)擊 OK鍵就行了 . ? 安裝后初次使用會(huì)在屏幕的底部 (―minibuffer‖中 )出現(xiàn)當(dāng)前窗口無法打開 .Rhistory 的信息 . 此記錄歷史命令的文件會(huì)在正常退出 R與 ESS時(shí)建立 (但只在下面窗口 提示符后直接輸入一個(gè)或多個(gè)命令后 !) R語言與統(tǒng)計(jì)分析 – 上海師范大學(xué) (2022年 2月 ) 33 R語言與統(tǒng)計(jì)分析 – 上海師范大學(xué) (2022年 2月 ) 34 ? 視窗介紹 ? John Fox將 Xemacs主窗口 (實(shí)際上稱為 frame)分為二個(gè)子窗口 ,上下分開 (見上圖所示 ). ? 在 Xemacs主窗口的上方還有一個(gè)菜單條 (menu bar)和一個(gè)工具條 (toolbar),其內(nèi)容會(huì)隨緩沖區(qū) (buffer)主模式 (major mode)而變化 .你可以通過光標(biāo)在上下子窗口中轉(zhuǎn)換觀察菜單與工具條的變化 . ? J. Fox為 R提供了專門的工具條與菜單 ,非常便于使用 (后面介紹 ). ? 上面的子窗口顯示 *scratch*緩沖區(qū) ,其中你可以輸入 R命令 .顧名思義 , *scratch*緩沖并非永久性的 ,當(dāng)然你可以將其內(nèi)容保存在文件中 . ? 下面的子窗口顯示 R經(jīng) Emacs運(yùn)行的結(jié)果 ,在此緩沖區(qū)中你也 可以直接輸入 R命令 . R語言與統(tǒng)計(jì)分析 – 上海師范大學(xué) (2022年 2月 ) 35 ? 每一子窗口下均有一個(gè)模式行 (mode line),顯示的緩沖的狀態(tài) ,其中包括 :1)緩沖的名字 2)緩沖的主模式 (或次模式 ) 3)窗口在緩沖中的位置 . ? 上面的子窗口包含 *scratch* buffer,處于 ESS[S]主模式 (主模式由文件的擴(kuò)展名所決定 . S指 S語言 ,當(dāng)打開擴(kuò)展名 為 .r, .R, .s, .S, .q的 S語言源代碼時(shí) ,均處于 ESS[S]主模式中 ),顯示所有 (ALL)緩沖內(nèi)容 —現(xiàn)在是空的 . ? 下面的子窗口包含 *R* buffer, 處在 iESS (inferior ESS – 之所以你它是 inferior,因?yàn)樗鞘?Emacs控制的 !), 目前處在緩沖的底部 (Bot). 你可以滑動(dòng)游標(biāo)觀察其位置的變化 . ? 指針 (point): Emacs的光標(biāo) ,它與通常的光標(biāo)還是有所差異 ,不過John Fox在 ESS模式下按 Windows的習(xí)慣進(jìn)行了修改 . ? 在窗口的下方是一個(gè)單行的小窗口 ,稱為 minibuffer(小緩沖 ),主要用于信息顯示 ,其次若你要輸入 Emacs命令 ,它們會(huì)顯示在minibuffer中 ,最后一命令 (如搜索和替換 )的響應(yīng)在此完成 . R語言與統(tǒng)計(jì)分析 – 上海師范大學(xué) (2022年 2月 ) 36 ? ESS+XEmacs下 R的使用 R_XEmacs視窗 ? Paste to R(粘貼至 R)按鈕 將上面子窗口中的命令送到下面子窗口中執(zhí)行 ? Paste line 執(zhí)行光標(biāo)所在行 ? Paste paragraph 執(zhí)行光標(biāo)所在段落 (其中不含空行 ) ? Paste function 執(zhí)行已定義的光標(biāo)所在的函數(shù) ? Paste region 執(zhí)行用鼠標(biāo)標(biāo)記的區(qū)域 ? Source to R 執(zhí)行上面子窗口 (緩沖區(qū) )中的所有命令 ? 對于 R源文件在執(zhí)行之前會(huì)重新保存更新的代碼 ? 對于 *scratch* buffer中的代碼保存后才能執(zhí)行 ? (不同于前的幾種方式 )R文件中的源代碼的執(zhí)行過程不在下面的子窗口中顯示出來 ! 注意 :首次使用會(huì)在 minibuffer中出現(xiàn) Process to load into: R,按回車鍵繼續(xù) ? Stop 中止當(dāng)前計(jì)算 (如由于超時(shí) ) R語言與統(tǒng)計(jì)分析 – 上海師范大學(xué) (2022年 2月 ) 37 ? R子菜單 ? 如果光標(biāo) /指針須在 R的源文件中 ,則會(huì)出現(xiàn) ESS菜單 ,進(jìn)行 ESS會(huì)出現(xiàn) John Fox特地為 R設(shè)計(jì)的R子菜單 . ? R子菜單本身包括三個(gè)子菜單 ? File 文件 ? Packages 宏包 ? Misc 其它 ? 它們的功能與 R GUI的類似 R語言與統(tǒng)計(jì)分析 – 上海師范大學(xué) (2022年 2月 ) 38 ? ESS=R=File菜單 ?Source R code… 打開對話框以選擇源文件 ?Save workspace… 將 R的工作空間存入文件 ?Load workspace… 加載保存的工作空間 ?Change R directory… 改變工作空間 (指 R運(yùn)行過程空間 , 并非指上面子窗口的源文件目錄 ) R語言與統(tǒng)計(jì)分析 – 上海師范大學(xué) (2022年 2月 ) 39 ? ESS=R=packages菜單 ?Load package… 加載 R宏包 ,納入搜索目錄 ?Install package from CRAN… 從 CRAN處選擇．下載．安裝宏包 (需要 inter連接！ ) ?Install package from local zip file… 從本地計(jì)算機(jī)或網(wǎng)絡(luò)宏包 (zip壓縮文件 ) ?Update packages from CRAN… 從 CRAN處更新宏包 – 搜索所有安裝宏包的新版本 ,