生物信息復(fù)習(xí)資料-文庫(kù)吧資料
2025-04-23 06:50本頁(yè)面
【正文】 NA分值轉(zhuǎn)換得到的cDNA將選擇性地和微陣列表面上響應(yīng)的核酸雜交。2TIGR基因索引內(nèi)容及特點(diǎn)內(nèi)容：TIGR對(duì)EST序列的分析方法注重于將其聚集成所謂假設(shè)一致性序列的具有唯一性的基因，通過(guò)強(qiáng)調(diào)聚類(lèi)和集合，生成和基因?qū)?yīng)的一套一致性序列。過(guò)程：①?gòu)母信d趣樣本中分離RNA，用生物素化的聚脫氧胸苷引物轉(zhuǎn)化成CDNA；②用限制性酶消化總體轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，得到一些短片段，轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的3’端被束縛在鏈霉素抗生物素蛋白的微珠上；③將兩種接頭各自添加到CDNA上，經(jīng)特殊的限制性酶切釋放出帶有接頭的CDNA短片段（即“標(biāo)簽”）；④將標(biāo)簽連接起來(lái)，克隆后測(cè)序。2基因表達(dá)序列分析（Sage）定義及過(guò)程定義：通過(guò)測(cè)量感興趣的組織中大量轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，實(shí)現(xiàn)對(duì)基因表達(dá)的定量測(cè)量。2基因表達(dá)的研究方法①通過(guò)產(chǎn)生表達(dá)序列標(biāo)記構(gòu)建CDNA文庫(kù)，并可在UNIGENE中進(jìn)行電子比較；②基因表達(dá)序列分析是另一種可比較轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物豐度的技術(shù)，也可以做電子方式的研究；③復(fù)雜的CDNA混合物可以被放射性或熒光標(biāo)記，并在含有CDNA或?qū)τ跀?shù)千個(gè)基因的寡核苷酸的DNA微陣列上雜交。2怎樣通過(guò)BLAST發(fā)現(xiàn)新的基因①用一個(gè)已知序列的蛋白質(zhì)開(kāi)始TBLAST比對(duì)，搜索一個(gè)DNA數(shù)據(jù)庫(kù)；②檢查結(jié)果：尋找與已知蛋白質(zhì)，相關(guān)蛋白質(zhì)的DNA序列匹配，非顯著序列的匹配；③進(jìn)行BLASTX NR或BLASTP NR比對(duì)；④用你新發(fā)現(xiàn)的DNA或蛋白質(zhì)搜索一個(gè)蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)證實(shí)是否真的發(fā)現(xiàn)一個(gè)新的基因或蛋白質(zhì)。2PISblast錯(cuò)誤問(wèn)題及解決方法出現(xiàn)錯(cuò)誤的最主要問(wèn)題在于不斷找到一些無(wú)關(guān)的假陽(yáng)性序列，特別是蛋白質(zhì)含有高度偏好性氨基酸組成的時(shí)候這個(gè)問(wèn)題可能更嚴(yán)重。1基因組的BLAST分析可以解決哪些問(wèn)題①運(yùn)用比對(duì)相似的工具快速地搜索基因組DNA序列；②尋找遠(yuǎn)緣相關(guān)的蛋白質(zhì)；③模式識(shí)別BLAST：判斷這個(gè)電子屬于哪個(gè)家族；④發(fā)現(xiàn)新基因。②利用生物體的種類(lèi)對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)反饋結(jié)果做出限制；③利用序列的一部分進(jìn)行搜索；④調(diào)整打分矩陣使其更恰當(dāng)?shù)伢w現(xiàn)你的QUERY和數(shù)據(jù)庫(kù)匹配項(xiàng)之間的相似度；⑤調(diào)整期望值。1怎樣評(píng)估結(jié)果的顯著性E值比對(duì)情況①期望值是不是顯著；②兩個(gè)蛋白質(zhì)是不是具有近似的大小；③兩個(gè)蛋白質(zhì)是否有共同的模體或信號(hào)序列；④兩個(gè)蛋白質(zhì)是不是一個(gè)合理的多序列比對(duì)的一部分；⑤兩個(gè)蛋白質(zhì)是否有一個(gè)相似的生物學(xué)功能；⑥兩個(gè)蛋白質(zhì)是否具有相似的三維結(jié)構(gòu)。③數(shù)據(jù)庫(kù)的大型以及查詢(xún)序列長(zhǎng)度將影響某個(gè)特定比對(duì)隨機(jī)發(fā)生的可能性。特點(diǎn)：①隨著S的增加呈指數(shù)下降。提供一個(gè)對(duì)于BLAST搜索中假陽(yáng)性結(jié)果的估計(jì)。③延伸：向兩端延伸匹配序列，直到分?jǐn)?shù)下降。1BLAST的算法組成①列表：編輯高于域值的字段（W=3）列表，查詢(xún)序列得出字段，與查詢(xún)匹配的字段列表。為搜索和輸出格式選擇可選參數(shù)。選擇一個(gè)ＢＬＡＳＴ程序。1Blast的應(yīng)用（意義與作用）①確定特定蛋白質(zhì)或核酸序列有哪些已知的直系同源或旁系同源序列；②確定哪些蛋白質(zhì)和基因在特定物種中出現(xiàn)；③確定一個(gè)DNA或蛋白質(zhì)序列的身份；④發(fā)現(xiàn)新基因；⑤確定一個(gè)特定基因或者蛋白質(zhì)有哪些已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了的變種；⑥研究可能存在多種剪接方式的表達(dá)序列標(biāo)簽；⑦尋找對(duì)于一個(gè)蛋白質(zhì)的功能和結(jié)構(gòu)起關(guān)鍵作用的氨基酸殘基。 Blast算法步驟（1） 選擇比對(duì)工具：蛋白質(zhì)用BLASTP，DNA用BLASTN；（2） 輸入序列或者它們的ACCESSION NUMBERS；（3） 選擇參數(shù)：打分矩陣，改變間隙產(chǎn)生和延長(zhǎng)的罰分，改變獎(jiǎng)勵(lì)和罰分值，期望值，過(guò)濾和截?cái)嘀档鹊?；?） 點(diǎn)擊ALIGN，選擇了合適的打分矩陣和間隙罰分，只有一個(gè)比對(duì)返回。與全局比對(duì)相似，兩條蛋白質(zhì)排在一個(gè)矩陣中，沿著對(duì)角線搜索最佳路徑，但中間某點(diǎn)開(kāi)始比對(duì)不存在罰分情況，比對(duì)不需要延至序列兩端?？偰繕?biāo)是沿矩陣對(duì)角線找的一條獲得最大分值的路徑，這條露酒確定最佳比對(duì)。矩陣賦值完后可以通過(guò)一回溯方法確定比對(duì)。該算法結(jié)果是最優(yōu)化的，但沒(méi)有窮舉所有可能的比對(duì)。 PAM Blosum矩陣及其關(guān)系（1） Blosum矩陣是大多數(shù)BLAST算法的缺省矩陣，其取代頻率對(duì)一致性62%的蛋白質(zhì)系列的權(quán)重很大，用于評(píng)價(jià)一致性62%的蛋白質(zhì)對(duì)檢測(cè)僅有微弱打分的比對(duì)特別有用；（2） PAM與Blosum都在打分系統(tǒng)中使用對(duì)數(shù)比值；（3） PAM是基于近相關(guān)蛋白家族數(shù)據(jù)的，并假設(shè)高度相關(guān)蛋白的取代概率，可以外推遠(yuǎn)相關(guān)蛋白的概率；（4） Blosum是基
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