生物信息復(fù)習(xí)資料-資料下載頁
2025-04-17 06:50本頁面
【正文】 僅通過物理學(xué)原理來預(yù)測目標(biāo)結(jié)構(gòu)。3蛋白質(zhì)折疊數(shù)據(jù)庫（結(jié)構(gòu)分類數(shù)據(jù)庫）SOCP：基于一種分級分類系統(tǒng)提供對蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和進(jìn)化關(guān)系的綜合描述。分類為：類、折疊子、超家族、家族、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域、單個PDB蛋白結(jié)構(gòu)記錄。CATH：DALI結(jié)構(gòu)域字典的數(shù)字式分類系統(tǒng)對所有的PDB結(jié)構(gòu)進(jìn)行了分類，通過對所有的PDB中所有的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行綜合比較后構(gòu)建的折疊空間圖譜，按照不同的層次將這些結(jié)構(gòu)進(jìn)行類聚，每一個結(jié)構(gòu)域都有一個分類編號，通過關(guān)鍵詞進(jìn)行查詢。FSSP：基于蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)比對的折疊分類，將PDB中所有結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較后保存所有長度大于30個殘基的結(jié)構(gòu)。蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的生物信息學(xué)方法同源建模① 定折疊類型并選定模板；②將目標(biāo)與模板對其；③建立模型；④評估模型。從頭預(yù)測由自由能全局最小化判斷對蛋白質(zhì)進(jìn)行模擬折疊，并不與已知的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行比較。①設(shè)蛋白質(zhì)天然構(gòu)象位于全局能量最小點(diǎn)；②尋找自由能最小的三級結(jié)構(gòu)；③建立模型；④評估模型。4同源建模與從頭預(yù)測的使用比較當(dāng)目標(biāo)序列月某個已知結(jié)構(gòu)蛋白具有同源跡象時，同源建模是最有效的方法。當(dāng)同源性不足時可以用從頭預(yù)測的方法進(jìn)行結(jié)構(gòu)預(yù)測。4Fengdodittle的漸進(jìn)比對的算法過程最常用的漸進(jìn)比對，需要先對所有序列進(jìn)行兩兩比對的分值，然后從關(guān)系最近的一對序列開始逐步加入其他序列：①所有系列進(jìn)行兩兩比對；②利用相似度矩陣產(chǎn)生輔助向?qū)洌从乘械鞍仔蛄虚g的進(jìn)化關(guān)系；③根據(jù)向?qū)涞奈恢藐P(guān)系建立多重比對。4多序列比對網(wǎng)上資源的獲取方式①通過許多序列比對數(shù)據(jù)庫，用關(guān)鍵詞或任意序列進(jìn)行搜索查詢以及序列或新序列；②用手動方式對輸入的一種蛋白質(zhì)或核酸序列產(chǎn)生多序列比對。4人類基因組計劃的主要結(jié)論1）目前所知人類基因的數(shù)目約為21,000個。這個數(shù)目遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于以前的估計值。2）人類的基因數(shù)與某些動物和植物的基因數(shù)大致相同，并且與一些更簡單的生物線蟲和果蠅基因數(shù)相差不大3）人類蛋白質(zhì)組比無脊椎動物蛋白質(zhì)組復(fù)雜得多4）根據(jù)最初的報告，223個人類基因是通過水平基因轉(zhuǎn)移(lateral gene transfer)從細(xì)菌中獲得的。5）人類基因組中98% 以上的部分不編碼基因。而且，50%來源于可轉(zhuǎn)座元件(transposable elements)。6）片段擴(kuò)增(Segmental duplication)在人類基因組中是頻繁發(fā)生的事件，尤其是在著絲粒周圍和端粒下區(qū)。7）人類基因組中有300,000 Alu 重復(fù)，占基因組的3%8）男性減數(shù)分裂(meiosis)的突變率(mutation rate)大約是女性的2倍，這暗示大部分的突變是在男性中發(fā)生的。9）超過140萬的單核苷酸多態(tài)(SNPs。 single base pair changes)已被鑒定。4可獲取人類基因組數(shù)據(jù)的三個門戶網(wǎng)站及其比較NCBI ：染色體、各種圖譜和位點(diǎn)的查看，通過HUMAN GENOME RESOURCES或HUMAN MAP VIEWER 兩條途徑搜索；ENSEMBL：EBI和WELLCOME研究生的數(shù)據(jù)，恩那個有效的與廣泛的基因組工具進(jìn)行鏈接。UCSC：含有基因組序列草圖的組裝，指出關(guān)鍵詞，基因名文本搜索和BLAST比對工具搜索。4人類基因組計劃的八大目標(biāo)①人類DNA測序②改進(jìn)與提高測序技術(shù)③人類基因組序列多樣性④功能基因組學(xué)⑤比較基因組學(xué)⑥倫理、法律及社會問題⑦生物信息學(xué)與計算機(jī)生物學(xué)⑧培訓(xùn)專業(yè)技術(shù)人員4人類基因組的概貌① GC含量分布：平均含量41%，含有相對富含和貧乏的區(qū)域；②CPG島和重復(fù)率：含量低，大部分CPG的胞嘧啶被甲基化后脫氨基，含有許多CPG島；③重復(fù)序列含量：重復(fù)概率用來描述DNA序列的相對距離，重復(fù)序列占人類基因組50%以內(nèi)，來源和功能未知；④基因含量：辨別基因是人類基因序列最難部分，因其長度僅50個密碼子，難以識別，切外顯子被內(nèi)含子隔開，存在許多假基因，對非編碼基因不了解。4人類基因組測序方法及結(jié)果評價方法：國家人類基因組測序聯(lián)盟：分級鳥槍法，先挑選BAC克隆，然后測出其原始序列，再對各個克隆的序列進(jìn)行組裝，通過鏈接BAC等大片段克隆的測序結(jié)果組裝序列數(shù)據(jù)成整合的序列草圖。Sanger法：①DNA分子字段檢測技術(shù)；②熱穩(wěn)定聚合酶；③雙脫氧核苷酸的末端熒光標(biāo)記。測序結(jié)果評價：基因組測序草圖包含已完成的數(shù)據(jù)、草稿和未處理的數(shù)據(jù)，這些數(shù)據(jù)中序列片段的連續(xù)性程度是評價測序的重要指標(biāo)。8 /
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