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大腸桿菌基因組dna的提取方式(參考版)

2025-06-21 12:57本頁面
  

【正文】 CT值35表明反應(yīng)中靶的數(shù)量太少;對于CT值35的情況,期望更高的標(biāo)準(zhǔn)偏差。CT值8且35較理想。軟件將反應(yīng)孔按CT值分為:低、中、高和未確定。標(biāo)記表示軟件已在標(biāo)記反應(yīng)孔內(nèi)找到錯誤。無標(biāo)記反應(yīng)孔。(分類方式)下拉菜單中,選擇Flag(標(biāo)記)。查看Quantity(數(shù)量)列以確保每個重復(fù)反應(yīng)組的數(shù)量值相同。請注意每個重復(fù)反應(yīng)組內(nèi)的數(shù)量相同。(注意:一次只能選擇一個類別)(分類方式)下拉菜單中,選擇Replicate(重復(fù))。2)使用(分類方式)下拉菜單,以按特定類別將反應(yīng)孔分類。查看反應(yīng)孔表WellTable(反應(yīng)孔表)顯示反應(yīng)板中每個反應(yīng)孔的數(shù)據(jù),包括:?樣本名稱、靶名稱、任務(wù)和染料?計算的閾值循環(huán)(CT)值、歸一化熒光(Rn)值和量值?注釋?標(biāo)記查看反應(yīng)孔表以檢查:?數(shù)量值?標(biāo)記?CT值(包括CT標(biāo)準(zhǔn)偏差)1)從ExperimentMenu(實(shí)驗(yàn)菜單)窗格中,選擇Analysis(分析),然后選擇ViewWellTable(查看反應(yīng)孔表)選項(xiàng)卡。在示例實(shí)驗(yàn)中,閾值位于指數(shù)級擴(kuò)增階段。(閾值)復(fù)選框以顯示閾值。5)查看閾值:(圖形類型)下拉菜單中,選擇Log(對數(shù))。4)查看基線值:(圖形類型)下拉菜單中,選擇Linear(線性)。(標(biāo)記曲線顏色方式)下拉菜單中,選擇Well(按反應(yīng)孔)。(選擇反應(yīng)孔)下拉菜單中,選擇Target(靶),然后選擇RNaseP(示例)。注意:如果AmplificationPlot(擴(kuò)增曲線)屏幕上未顯示數(shù)據(jù),單擊Analyze(分析)。因此,建議在分析完成后檢查AmplificationPlot(擴(kuò)增曲線)屏幕,并查看為每個反應(yīng)孔指定的基線值和閾值。典型擴(kuò)增曲線包含:(幾何級增長期)。每條曲線可采用圖形方式查看:線性或log10。此曲線將閾值循環(huán)(CT)作為反應(yīng)孔位置的函數(shù)顯示。您可通過此圖來識別和檢查不規(guī)則擴(kuò)增。?Rn隨循環(huán)變化-Rn是歸一化報告熒光染料。此曲線將?Rn作為循環(huán)數(shù)的一個函數(shù)顯示。查看擴(kuò)增曲線①AmplificationPlot(擴(kuò)增曲線)屏幕上顯示所選反應(yīng)孔內(nèi)所有樣本的擴(kuò)增情況。8)檢查CT值:(查看反應(yīng)孔表)選項(xiàng)卡。7)檢查所有樣本均在標(biāo)準(zhǔn)曲線內(nèi)。–R2值為1。6)查看標(biāo)準(zhǔn)曲線下面顯示的值。4)從PlotColor(曲線顏色)下拉菜單中,選擇Default(默認(rèn))。2)在ViewPlateLayout(查看反應(yīng)板布局)選項(xiàng)卡上單擊反應(yīng)板布局的左上角,以在StandardCurve(標(biāo)準(zhǔn)曲線)屏幕上顯示全部48個反應(yīng)孔。1)從ExperimentMenu(實(shí)驗(yàn)菜單)窗格中,選擇Analysis(分析)StandardCurve(標(biāo)準(zhǔn)曲線)。CT值8表明反應(yīng)中有太多模板。?CT值閾值循環(huán)(CT)是熒光水平達(dá)到閾值時的PCR循環(huán)數(shù)。?R2值(相關(guān)系數(shù))R2值表示標(biāo)準(zhǔn)曲線回歸線與標(biāo)準(zhǔn)反應(yīng)的單個CT數(shù)據(jù)點(diǎn)之間的擬合程度。–標(biāo)準(zhǔn)品重復(fù)數(shù),為了獲得更準(zhǔn)確的效率測量值,包括重復(fù)數(shù)以降低移液誤差的影響。斜率接近?,即100%PCR擴(kuò)增效率。StepOne軟件根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線計算未知靶的數(shù)量。,從每條曲線顯示上方的下拉菜單中選擇該曲線。,單擊∶Showplotsintworows(以兩行顯示曲線)。要在MultiplePlots(多曲線)屏幕內(nèi)導(dǎo)航:(實(shí)驗(yàn)菜單)窗格中,選擇Analysis(分析)→MultiplePlotsView(多曲線視圖)。,單擊反應(yīng)板布局的左上角。,在反應(yīng)板布局中單擊該反應(yīng)孔。(視圖)選項(xiàng)卡-為已打開的實(shí)驗(yàn)顯示反應(yīng)板布局或反應(yīng)孔表(實(shí)驗(yàn))選項(xiàng)卡-為每個打開的實(shí)驗(yàn)顯示一個選項(xiàng)卡。實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)打開StepOne,從Home屏幕上,單擊Open,在對話框中,導(dǎo)航到experiments文件夾,找到創(chuàng)建的試驗(yàn)設(shè)計,打開實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)文件,單擊Analyze(分析),軟件使用默認(rèn)分析設(shè)置來分析數(shù)據(jù)。并置數(shù)據(jù)的傳輸是自動傳輸。切記!不要在運(yùn)行后關(guān)閉StepOne擴(kuò)增儀電源開關(guān)。3)從樣本加熱塊中取出反應(yīng)板。當(dāng)StepOne擴(kuò)增儀完成一次運(yùn)行時,系統(tǒng)會將運(yùn)行詳情保存到運(yùn)行歷史記錄,在擴(kuò)增儀完成另一次運(yùn)行之前,該運(yùn)行歷史記錄會保留在系統(tǒng)中。2)遠(yuǎn)程監(jiān)視若將您的StepOne擴(kuò)增儀連接到網(wǎng)絡(luò),您可使用StepOne軟件的遠(yuǎn)程監(jiān)視功能從網(wǎng)絡(luò)上的任何一臺計算機(jī)上實(shí)時查看運(yùn)行進(jìn)度。?單擊SendtoInstrument(發(fā)送到擴(kuò)增儀)。–若您想要將解鏈曲線階段添加到運(yùn)行的末尾,則選擇AddMeltCurveStagetoEnd(將解鏈曲線階段添加到末尾)。更改運(yùn)行方法(添加循環(huán)、保持或解鏈曲線)?在導(dǎo)航窗格中,單擊RunMethod(運(yùn)行方法)。(運(yùn)行方法)屏幕上查看運(yùn)行進(jìn)度開始運(yùn)行之后,StepOne系統(tǒng)會在RunMethod(運(yùn)行方法)屏幕上顯示運(yùn)行進(jìn)度。?HeatedCover(受熱護(hù)蓋門)曲線應(yīng)保持方法中指定的常溫。?通常,Sample(樣本)和Block(樣本加熱塊)曲線應(yīng)大約相互對應(yīng)。TemperaturePlot(溫度曲線)屏幕對識別硬件故障十分有用。異常擴(kuò)增可能包括以下情況:?陰性對照反應(yīng)孔中熒光增強(qiáng)。擴(kuò)增曲線將對照歸一化染料熒光(?Rn)循環(huán)數(shù)。AmplificationPlot(擴(kuò)增曲線)屏幕允許在StepOne擴(kuò)增儀運(yùn)行期間采集熒光數(shù)據(jù)時查看樣本擴(kuò)增。–StopafterCurrentCycle/Hold(當(dāng)前循環(huán)/保持階段后停止)以在當(dāng)前循環(huán)或保持階段之后停止運(yùn)行。在StepOne軟件中,單擊STOPRUN(停止運(yùn)行)。2)單擊STARTRUN(啟動運(yùn)行)。啟動運(yùn)行若計算機(jī)已通過StepOne系統(tǒng)線纜直接連接到StepOne擴(kuò)增儀,則執(zhí)行下列步驟。?若使用反應(yīng)管條帶,則將條帶置于樣本加熱塊中。2)裝載反應(yīng)板(帶無粉手套)。三、運(yùn)行試驗(yàn)準(zhǔn)備運(yùn)行打開實(shí)驗(yàn)并將密封的MicroAmpTMFastOptical48WellReactionPlate裝載到StepOneTM擴(kuò)增儀以準(zhǔn)備運(yùn)行。您可以:–接受軟件自動生成的反應(yīng)板布局。注意:當(dāng)您準(zhǔn)備自己的標(biāo)準(zhǔn)曲線實(shí)驗(yàn)時:?確保您使用適當(dāng)?shù)暮牟摹?)短暫地離心反應(yīng)板以除去氣泡。(樣本)反應(yīng)預(yù)混液。L)1pop1Reactionmixpop12Pop2ReactionmixPop2,然后蓋上各反應(yīng)管蓋。反應(yīng)管未知樣本反應(yīng)預(yù)混液反應(yīng)預(yù)混液反應(yīng)預(yù)混液劑量(181。L)1Std1ReactionmixStd12Std2ReactionmixStd23Std3ReactionmixStd34Std4ReactionmixStd45Std5ReactionmixStd5,然后蓋上各反應(yīng)管蓋。反應(yīng)管標(biāo)準(zhǔn)品反應(yīng)預(yù)混液反應(yīng)預(yù)混液反應(yīng)預(yù)混液劑量(181。L)1Reactionmix,然后蓋上反應(yīng)管蓋。反應(yīng)管反應(yīng)預(yù)混液反應(yīng)預(yù)混液劑量(181。采用StepOne軟件中顯示的反應(yīng)板布局。解凍時,進(jìn)行振蕩以重新懸浮樣本,然后短暫地離心反應(yīng)管。–振蕩反應(yīng)管以重新懸浮檢測母液,然后短暫地離心反應(yīng)管。6)將反應(yīng)預(yù)混液置于冰上,直到準(zhǔn)備好反應(yīng)板。4)用移液槍輕輕吸入并排出反應(yīng)預(yù)混液使其混合,然后蓋上反應(yīng)管蓋。計算中包括額外劑量,以便為試劑轉(zhuǎn)移期間發(fā)生的損失提供多余劑量。3)將所需劑量的每種組分添加到反應(yīng)管中:母液()、檢測母液()、加上10%,注意:將檢測母液置于冰柜中避光儲存,直到準(zhǔn)備使用。準(zhǔn)備反應(yīng)預(yù)混液使用StepOne軟件計算的組分和劑量準(zhǔn)備反應(yīng)預(yù)混液。,然后短暫地離心反應(yīng)管。,然后短暫地離心反應(yīng)管。,然后短暫地離心反應(yīng)管。,然后短暫地離心反應(yīng)管。,然后短暫地離心反應(yīng)管。
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