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2024-11-19 05:26本頁(yè)面
【正文】 再用[S]確定空間群即可。剩下的過(guò)程同平常使用xprep相同（9）最后用新生成的ins和hkl進(jìn)行精修即可。ps：如果需要其他轉(zhuǎn)換如ab互換、ac互換等只需要在（7）中輸入相應(yīng)矩陣即可。Mercury里有疊合工具還能算相似度，但是需要序列號(hào)。olex2直接可以使用疊合工具，還免費(fèi)在olex2里疊合結(jié)構(gòu)步驟如下：如果一個(gè)不對(duì)稱單元里有兩個(gè)欲疊合的分子：（1）ToolsOverlaysMatch All Fragments可以進(jìn)行自動(dòng)疊合。（2）方法1：如果對(duì)自動(dòng)結(jié)果不滿意，ToolsOverlaysMode Match 進(jìn)入Mode狀態(tài)進(jìn)行手動(dòng)疊合。進(jìn)入Mode狀態(tài)后選擇第一個(gè)分子第1個(gè)原子，再選擇第二個(gè)分子第1個(gè)原子，依次選擇兩個(gè)分子各3個(gè)原子即可將兩個(gè)分子進(jìn)行疊合。方法2：選擇需要疊合的第一個(gè)分子里的3個(gè)原子，再按相同（?。。。╉樞蜻x擇第二個(gè)分子里的3個(gè)原子，ToolsOverlaysMatch Selected Atoms 即可。（3）如果需要疊合多個(gè)分子可以先使用OToolsOverlaysverlay Structure 打開新的結(jié)構(gòu)，再按照（1）（2）中的步驟進(jìn)行疊合。（4）如果要取消疊合選擇ToolsOverlaysUnmatch 即可。關(guān)閉打開的結(jié)構(gòu)可以用ToolsOverlaysRemove Overlay.a) 化學(xué)上合理（鍵長(zhǎng)、鍵角、價(jià)態(tài)）。b) R1 （），wR2 （），goof=S=1+()。 c) R(int),R(singma)。 d) Maximum=, U 。e)殘余Q峰強(qiáng)度必須小于1.定出基本正確的結(jié)構(gòu)模型后，在前幾輪精修（各向同性）中，可以通過(guò)檢查R1和U值，來(lái)檢查原子確定的是否正確，并逐步指認(rèn)出非氫原子。（~），越小越好。如果在精修過(guò)程中，U值急劇增大，說(shuō)明該原子并非存在。如果U偏大，該位置可能是一個(gè)更輕的原子；如果U偏小，則可能是一個(gè)更重的原子；還要注意殘余峰的大小，如果其大于1就應(yīng)考慮是不是還有未發(fā)現(xiàn)的非氫原子。一些正常鍵長(zhǎng)數(shù)據(jù)CC = ，CN = CO（H）= ，（羧酸根的）C=O = ，（羧酸根的）CCl = CNO2 = CS = 絕對(duì)構(gòu)型的問(wèn)題因?yàn)槭中苑肿颖旧淼闹匾?，?dǎo)致經(jīng)常出現(xiàn)嘗試從手性結(jié)構(gòu)（即具有手性的晶體結(jié)構(gòu)）來(lái)判斷分子手性（絕對(duì)構(gòu)型）的問(wèn)題。這是個(gè)很有意思的問(wèn)題。簡(jiǎn)言之，即手性晶體結(jié)構(gòu)和手性分子之間到底是怎樣的關(guān)系。首先要明確的是手性分子結(jié)構(gòu)，手性晶體結(jié)構(gòu)和手性空間群是完全不同的三個(gè)概念。三者談?wù)摰膶?duì)象分別是分子結(jié)構(gòu)，（分子）晶體的結(jié)構(gòu)和空間群本身。在230個(gè)空間群中，有11對(duì)（22個(gè)）為手性空間群。但是可以與手性晶體結(jié)構(gòu)兼容的空間群有65個(gè)。具有手性的晶體結(jié)構(gòu)一定是非中心對(duì)稱的。手性晶體結(jié)構(gòu)的絕對(duì)結(jié)構(gòu)是可以通過(guò)Flack參數(shù)判斷的。Flack 參數(shù)定義的物理背景是由兩個(gè)或更多ponents構(gòu)成的反演孿晶。Flack＝0 和1分別對(duì)應(yīng)于呈中心對(duì)稱的兩個(gè)部分。這就意味這Flack參數(shù)適用于所有非中心對(duì)稱的空間群，共有138個(gè)。只有當(dāng)Flack 參數(shù)本身及其標(biāo)準(zhǔn)差都滿足一定條件的時(shí)候，我們可以認(rèn)為絕對(duì)晶體結(jié)構(gòu)能夠確定下來(lái)。一般來(lái)說(shuō)，這樣的條件是：Flack, sigma (Flack)/Flack，目的是使結(jié)構(gòu)分析的人不要僅僅根據(jù)一個(gè)Flack參數(shù)，輕易就給出絕對(duì)結(jié)構(gòu)的信息。 如果結(jié)構(gòu)修正的結(jié)果給出了可靠的Flack參數(shù)，只能夠證明絕對(duì)晶體結(jié)構(gòu)是正確的。此時(shí)，空間群一定是非中心對(duì)稱的。中心對(duì)稱的結(jié)構(gòu)，F(xiàn)lack 參數(shù)沒(méi)有定義，這可以從Flack 參數(shù)的物理背景去理解，因?yàn)橹行膶?duì)稱的結(jié)構(gòu)不可能存在反演孿晶，也就無(wú)所謂Flack參數(shù)。那么對(duì)于一個(gè)正確的絕對(duì)結(jié)構(gòu)，其中的分子手性有是怎樣的呢？1）如果空間群中含有旋轉(zhuǎn)反演，旋轉(zhuǎn)反映，或滑移，則分子的絕對(duì)構(gòu)型不能確定。原因如下：因?yàn)槿羯鲜鰟?dòng)作存在于分子內(nèi)，則分子為非手性，若存在于分子間，則對(duì)映體同時(shí)存在與晶體中。2）若空間群不含上述對(duì)稱，則有3種情況：A．晶體有單一手性的分子構(gòu)成，此時(shí)可以確定分子絕對(duì)構(gòu)型；B．晶體由對(duì)映體分子構(gòu)成，即對(duì)映體同時(shí)存在于晶體中。例如很多結(jié)構(gòu)中不對(duì)稱單元有兩個(gè)分子構(gòu)成，這兩個(gè)分子為對(duì)映體，且通過(guò)非晶體學(xué)對(duì)稱中心聯(lián)系。此時(shí)無(wú)法確定分子絕對(duì)構(gòu)型。C．晶體有非手性分子構(gòu)成。沒(méi)有可能也沒(méi)有必要確定分子的絕對(duì)構(gòu)型?？傊枳⒁庖幌聨c(diǎn)① Flack 參數(shù)首先要判斷是否有意義。在有意義的時(shí)候，可以確定的是晶體的絕對(duì)結(jié)構(gòu)，而不是組成晶體的分子的絕對(duì)構(gòu)型。② 晶體的絕對(duì)結(jié)構(gòu)和分子的絕對(duì)構(gòu)型之間的關(guān)系還是比較復(fù)雜，沒(méi)有簡(jiǎn)單的一一對(duì)應(yīng)關(guān)系。③ 但是有一點(diǎn)是非常明確的：如果晶體僅由一種絕對(duì)構(gòu)型的手性分子組成，則其晶體結(jié)構(gòu)一定是手性的。反之不成立。Flack=, 如果其標(biāo)準(zhǔn)差也不大的話，可以認(rèn)為晶體的絕對(duì)結(jié)構(gòu)是正確的。其中的分子絕對(duì)構(gòu)型仍然需要具體分析判斷。 手性群，我理解很可能是與手性晶體結(jié)構(gòu)兼容的65種空間群之一，但不一定是那22個(gè)手性群之一。 解析實(shí)例略內(nèi)容總結(jié)（1）Olex2具有美觀的圖形界面，可以用鼠標(biāo)操作，使用方便快捷（2）a. Home：包含主要的信息，設(shè)置，教程和新聞（3）發(fā)現(xiàn)各個(gè)原子的溫度因子明顯降低，且結(jié)構(gòu)合理，R1值減低（4）（3）分裂后精修到收斂，再各向異性，加氫即可
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