分子對接與藥物虛擬篩選-資料下載頁
2024-12-28 03:39本頁面
【正文】 YBYL活性位點分析，表明 SARS病毒 3Clike蛋白酶和 TGEV主蛋白酶兩者的結(jié)合口袋比較類似 同一結(jié)構(gòu)家族的組織蛋白酶抑制劑分別與 SARS冠狀病毒 3Clike蛋白酶和 TGEV的主蛋白酶的復(fù)合物模型如圖 7－ 23，從圖中可以看出兩者的作用模式也是十分類似。 SARS病毒 3Clike蛋白酶和 TGEV主蛋白酶與抑制劑結(jié)合圖 在 SARS病毒 3Clike蛋白酶活性位點確定之后，再通過查詢 MDDR數(shù)據(jù)庫得到了 73個蛋白酶抑制劑的小分子數(shù)據(jù)，對 SARS病毒 3Clike蛋白酶和 TGEV的主蛋白酶進(jìn)行了分子對接參數(shù)的調(diào)節(jié)和優(yōu)化。 結(jié)果表明大多數(shù)分子與兩個蛋白酶的結(jié)合相似，并且對DOCK打分進(jìn)行相關(guān)性分析，表明結(jié)合能力較為一致， 在優(yōu)化好的 3Cl蛋白酶的三維結(jié)構(gòu)模型和 DOCK對接程序參數(shù)的基礎(chǔ)上，對含有數(shù)十萬多個小分子化合物庫 用 DOCK ，從每一個數(shù)據(jù)庫篩選結(jié)果中選擇 DOCK打分前1000名的分子，進(jìn)一步做類藥性分析和多種評價函數(shù)包括 SYBYL中的 Cscore打分函數(shù)和 Autodock的經(jīng)驗自由能評價方法進(jìn)行打分，再根據(jù)藥物化學(xué)家的經(jīng)驗來進(jìn)行人工挑選，最終對每個數(shù)據(jù)庫選擇100個分子進(jìn)行生物測試，這次虛擬篩選找到 300個可能具有抗SARS冠狀病毒的候選化合物，發(fā)現(xiàn)了 7個具有高活性的化合物，進(jìn)一步的細(xì)胞水平的實驗，發(fā)現(xiàn) 5HT受體拮抗劑具有明顯的抗 SARS病毒感染和保護(hù)細(xì)胞的作用，其 EC50值小于 10mg/L，這一研究成果已經(jīng)申請專利 167。 DOCK具體操作實例 DOCK流程圖 DOCK具體操作步驟 （一）大分子的準(zhǔn)備 在 PDB中的配體、水、離子及結(jié)合因子等刪除，然后把缺失的殘基和原子補(bǔ)全，分別存成 ，其中 不加氫、不分配電荷； ，并分配電荷，電荷一般可選擇 KOLLMAN ALL ATOM或 KOLLMAN UNITED ATOM電荷。另外還需做，該 PDB包含除組成活性口袋以外的殘基 （二）小分子的準(zhǔn)備 小分子加氫和 Gasteiger Marsili電荷，并進(jìn)行簡單的能量優(yōu)化，將得到的所有小分子存成一個 MOL2文件 （三）用 autoMS產(chǎn)生表面點，得 INSPH文件，其中 ， INSPH為球集生成程序 sphgen的輸入文件。 autoMS surface_density probe_size （四） 用 sphgen產(chǎn)生表征口袋形狀的球集，得到 件，該文件即為球集文件。用 showsphere程序由 ，用 Sybyl或 Weblab等程序觀看球集的分布。 （五）用 showbox產(chǎn)生一表征網(wǎng)格范圍的文件 （六）計算打分用的網(wǎng)格文件，首先建立 grid4的輸入文件 ，所需文件還有 ，然后用以下命名生成網(wǎng)格文件： grid4 –i （七）建立 dock的輸入文件 ，所需文件還有、 ，然后進(jìn)行 dock： dock4 –i （八） Dock完畢后得到結(jié)果文件 ，以及保留恢復(fù)文件 。 （九）中途非正常退出，可以用如下命令繼續(xù)： dock4 –i r 謝謝觀看 /歡迎下載 BY FAITH I MEAN A VISION OF GOOD ONE CHERISHES AND THE ENTHUSIASM THAT PUSHES ONE TO SEEK ITS FULFILLMENT REGARDLESS OF OBSTACLES. BY FAITH I BY FAIT
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