生物序列的相似性搜索-資料下載頁(yè)
2025-09-30 15:47本頁(yè)面
【正文】 AST算法對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行搜索 ， 這一步實(shí)際上是根據(jù)表頭文件的統(tǒng)計(jì)結(jié)果擴(kuò)展局部比對(duì) 。 這一過(guò)程是反復(fù)進(jìn)行的 ， 直到再?zèng)]有發(fā)現(xiàn)新的有意義的匹配為止 。 由于在每一輪都會(huì)有新的片段加入 ， 因此在操作過(guò)程中 profile需要在每一個(gè)循環(huán)結(jié)束之后更新 。 Blast的改進(jìn)（三） 52 其他的序列相似性搜索工具 － fasta FastA算法是由 Lipman和 Pearson于 1985年發(fā)表的（ Lipman和 Pearson， 1985）。 FastA的基本思路是 識(shí)別與代查序列相匹配的很短的序列片段 ，稱為 ktuple。 以下鏈接是 EBI提供的 fasta服務(wù)。 53 幫助信息 各個(gè)參數(shù)選項(xiàng) 填入搜索序列 54 ?基本思想是：一個(gè)能夠揭示出真實(shí)的序列關(guān)系的比對(duì)至少包含一個(gè)兩個(gè)序列都擁有的字 (片斷 )，把查詢序列中的所用字編成索引，然后在數(shù)據(jù)庫(kù)搜索時(shí)查詢這些索引，以檢索出可能的匹配，這樣那些命中的字很快被鑒定出來(lái)。 FASTA算法基礎(chǔ) 55 1. 確定參數(shù) ktup， 在兩個(gè)序列中查找長(zhǎng)度為 ktup的 、 相匹配的片段 (增強(qiáng)點(diǎn) )。為了提高速度 ， 可以通過(guò)查詢表格或hash表來(lái)完成 ， 然后在表格中搜索與另一條序列相匹配的 、 長(zhǎng)度為 ktup的片段 。 FASTA算法（一） 56 2. 在同一條對(duì)角線中臨近的增強(qiáng)點(diǎn)成為一個(gè)增強(qiáng)段 。 每一個(gè)增強(qiáng)點(diǎn)都賦予一個(gè)正的分值 ， 一個(gè)增強(qiáng)段中相鄰的兩個(gè)增強(qiáng)點(diǎn)之間的不匹配區(qū)域賦予一定的負(fù)值 。 一個(gè)增強(qiáng)段對(duì)應(yīng)于一段相匹配的子序列 ， 分值最高的段被標(biāo)記為init1。 FASTA算法（二） 57 3. 引入 indel。 把那些沒(méi)有重疊 (nonoverlap)的增強(qiáng)段拼接起來(lái) (增強(qiáng)段的分值之和減去空位處罰 )。 分值最高的區(qū)域記為 initn。 FASTA算法（三） 58 4. 對(duì)最有可能的匹配序列進(jìn)一步評(píng)分：以增強(qiáng)段 init1所在的對(duì)角線為中心 ， 劃分出一個(gè)較狹窄的對(duì)角線帶 ， 利用 SW算法 ， 來(lái)獲得分值最高的局部比對(duì) ， 記作opt。 FASTA算法（四） 59 5. 決定采用 initn或 opt的分值 ， 前者敏感度低但速度快 。 FASTA對(duì)每一個(gè)檢索到的比對(duì)都提供一個(gè)統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性的評(píng)估 ，以判斷該比對(duì)的意義 。 FASTA算法（五） 60 注意 … ?FASTA對(duì) DNA序列搜索的結(jié)果要比對(duì)蛋白質(zhì)序列搜索的結(jié)果更敏感 。 它對(duì)數(shù)據(jù)庫(kù)的每一次搜索都只有一個(gè)最佳的比對(duì) ， 一些有意義的比對(duì)可能被錯(cuò)過(guò) 。 61 兩個(gè)保守區(qū)域的信息 返回 62 作業(yè) （一） entrez獲取登錄號(hào)為 P26374的蛋白序列，然后通過(guò) blastp，搜索 nr庫(kù)中最相似的10個(gè)序列 (只顯示 10個(gè)最相似的序列 )。 2. 獲取 M25113序列， blastp搜索 SwissProt 庫(kù)中的相似序列。 3. 獲取 P03958序列，進(jìn)行 psiblast搜索，看看結(jié)果和 blastp搜索有什么不同。 63 U93237， blastn搜索人類的 est庫(kù)，看看那些位置是外顯子區(qū)域。 entrez隨機(jī)獲取一個(gè)蛋白激酶 (protein kinase)的序列（核酸序列），然后通過(guò)blastn搜索該序列的同源序列。 fasta搜索一序列的同源性，看看和 blast的結(jié)果有什么不同。 作業(yè) （二） 64 本章結(jié)束！ 如有問(wèn)題，請(qǐng)聯(lián)系
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