【正文】 基因組并穩(wěn)定持久地表達(dá)所帶的外源基因。病毒基因組以轉(zhuǎn)座的方式整合，其基因組不會(huì)發(fā)生重排，因此所攜帶的外源基因也不會(huì)改變。而另一類(lèi)整合載體——腺相關(guān)病毒，以同源重組的方式整合，整合過(guò)程中病毒基因組發(fā)生重排，可能會(huì)影響到外源基因的結(jié)構(gòu)與功能。3. 真核生物基因轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子中重要的功能域轉(zhuǎn)錄因子的幾種結(jié)構(gòu)基序，和簡(jiǎn)述轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子的重要功能域。這兩者不是一個(gè)意思。轉(zhuǎn)錄因子是真核細(xì)胞的RNA聚合酶（大多數(shù)時(shí)強(qiáng)調(diào)是RNA聚合酶II，但是實(shí)際上也包括RNA聚合酶I和RNA聚合酶III)轉(zhuǎn)錄時(shí)再轉(zhuǎn)路其實(shí)位點(diǎn)正確起始轉(zhuǎn)錄所需要的非RNA聚合酶的蛋白質(zhì)成分，根據(jù)功能分為：通用轉(zhuǎn)錄因子、序列特異性轉(zhuǎn)錄因子和其他輔助因子。轉(zhuǎn)錄因子一般至少有兩類(lèi)結(jié)構(gòu)基序，一類(lèi)是與DNA相互作用的結(jié)構(gòu)基序，包括螺旋轉(zhuǎn)角螺旋、螺旋環(huán)螺旋、亮氨酸拉鏈和鋅指，另一類(lèi)蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)相互作用的結(jié)構(gòu)域，包括轉(zhuǎn)錄活化結(jié)構(gòu)域是轉(zhuǎn)錄激活結(jié)構(gòu)域，一般有富含脯氨酸的結(jié)構(gòu)域、富谷氨酰胺結(jié)構(gòu)域和酸性轉(zhuǎn)錄活化結(jié)構(gòu)域，這實(shí)際上是轉(zhuǎn)錄因子與RNA聚合酶或者其他蛋白質(zhì)因子相互作用的結(jié)構(gòu)域；另外還有，轉(zhuǎn)錄因子與其他非RNA聚合酶的蛋白質(zhì)之間發(fā)生的蛋白質(zhì)蛋白質(zhì)相互作用的結(jié)構(gòu)區(qū)域，也包括一些結(jié)構(gòu)域，但是蛋白質(zhì)之間的分子識(shí)別不限于結(jié)構(gòu)域和模體，形式很多樣，無(wú)法具體歸納。有人說(shuō)，有一些轉(zhuǎn)錄因子會(huì)形成二聚體，可以寫(xiě)上二聚體結(jié)合區(qū)域，這是不對(duì)的但是不一定都是結(jié)構(gòu)域，也不是所有的轉(zhuǎn)錄因子在執(zhí)行功能時(shí)都會(huì)形成二聚體，比如很多的基本轉(zhuǎn)錄因子并不形成二聚體結(jié)構(gòu)，比如：TFIID,TFIIE,TFIIF。要具體了解請(qǐng)見(jiàn)：Albert , Mechanisms inTranscriptional Regulation,Blackwell Publishing,2008,5571.簡(jiǎn)述轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子的重要功能域因該回答以上全部，而問(wèn)轉(zhuǎn)錄因子的幾種結(jié)構(gòu)基序只要回答：螺旋轉(zhuǎn)角螺旋、螺旋環(huán)螺旋、亮氨酸拉鏈和鋅指四種常見(jiàn)的motifs就行了。類(lèi)固醇激素的作用機(jī)制——基因表達(dá)學(xué)說(shuō)。類(lèi)固醇激素的分子質(zhì)量較小，且是脂溶性的，可通過(guò)擴(kuò)散或載體轉(zhuǎn)運(yùn)進(jìn)入靶細(xì)胞，激素進(jìn)入細(xì)胞后先與胞漿內(nèi)的受體結(jié)合，形成激素－受體復(fù)合物，此復(fù)合物在適宜的溫度和Ca2+參與下，發(fā)生變構(gòu)獲得透過(guò)核膜的能力。激素進(jìn)入核內(nèi)后，與核內(nèi)受體結(jié)合形成復(fù)合物。此復(fù)合物結(jié)合在染色質(zhì)的非組蛋白的特異位點(diǎn)上，啟動(dòng)或抑制該部位的DNA轉(zhuǎn)錄過(guò)程，進(jìn)而促進(jìn)或抑制mRNA的形成，結(jié)果誘導(dǎo)或減少某些蛋白質(zhì)(主要是酶)的合成，實(shí)現(xiàn)其生物效應(yīng)。一個(gè)激素分子可生成幾千個(gè)蛋白質(zhì)分子，從而實(shí)現(xiàn)激素的放大功能。5. 免疫共沉淀的概念，原理和優(yōu)缺點(diǎn)免疫共沉淀（CoImmunoprecipitation）是以抗體和抗原之間的專(zhuān)一性作用為基礎(chǔ)的用于研究蛋白質(zhì)相互作用的經(jīng)典方法。是確定兩種蛋白質(zhì)在完整細(xì)胞內(nèi)生理性相互作用的有效方法。當(dāng)細(xì)胞在非變性條件下被裂解時(shí)，完整細(xì)胞內(nèi)存在的許多蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)間的相互作用被保留了下來(lái)。當(dāng)用預(yù)先固化在argarose beads上的蛋白質(zhì)A的抗體免疫沉淀A蛋白，那么與A蛋白在體內(nèi)結(jié)合的蛋白質(zhì)B也能一起沉淀下來(lái)。再通過(guò)蛋白變性分離，對(duì)B蛋白進(jìn)行檢測(cè)，進(jìn)而證明兩者間的相互作用。這種方法得到的目的蛋白是在細(xì)胞內(nèi)與興趣蛋白天然結(jié)合的，符合體內(nèi)實(shí)際情況，得到的結(jié)果可信度高。這種方法常用于測(cè)定兩種目標(biāo)蛋白質(zhì)是否在體內(nèi)結(jié)合；也可用于確定一種特定蛋白質(zhì)的新的作用搭檔。優(yōu)點(diǎn)（1）相互作用的蛋白質(zhì)都是經(jīng)翻譯后修飾的，處于天然狀態(tài)；（2）蛋白的相互作用是在自然狀態(tài)下進(jìn)行的，可以避免人為的影響；（3）可以分離得到天然狀態(tài)的相互作用蛋白復(fù)合物。缺點(diǎn)（1）可能檢測(cè)不到低親和力和瞬間的蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)相互作用；（2）兩種蛋白質(zhì)的結(jié)合可能不是直接結(jié)合，而可能有第三者在中間起橋梁作用；（3）必須在實(shí)驗(yàn)前預(yù)測(cè)目的蛋白是什么，以選擇最后檢測(cè)的抗體，所以，若預(yù)測(cè)不正確，實(shí)驗(yàn)就得不到結(jié)果，方法本身具有冒險(xiǎn)性。（4）靈敏度沒(méi)有親和色譜高。五、問(wèn)答題1. 什么是非編碼RNA, 非編碼RNA有哪幾類(lèi)，舉例說(shuō)明作用非編碼RNA（Noncoding RNA）是指不編碼蛋白質(zhì)的RNA。其中包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA 和microRNA 等多種已知功能的 RNA，還包括未知功能的RNA。這些RNA的共同特點(diǎn)是都能從基因組上轉(zhuǎn)錄而來(lái)，但是不翻譯成蛋白，在RNA 水平上就能行使各自的生物學(xué)功能了。非編碼RNA 從長(zhǎng)度上來(lái)劃分可以分為3類(lèi)：小于50 nt，包括microRNA，siRNA，piRNA；50 nt到500 nt，包括rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA，SLRNA，SRPRNA 等等；大于500 nt，包括長(zhǎng)的mRNAlike 的非編碼RNA，長(zhǎng)的不帶polyA 尾巴的非編碼RNA等等。核內(nèi)小RNA：位于細(xì)胞核內(nèi),snRNA有5種,分別稱(chēng)為UUUUU6,它們與多種蛋白形成復(fù)合體,參與真核細(xì)胞hnRNA的內(nèi)含子加工剪接.核仁小RNA:定位于核仁,主要參與rRNA的加工和修飾,如rRNA中核糖C2‘的甲基化修飾.胞質(zhì)小RNA：存在于細(xì)胞質(zhì)中,參與形成信號(hào)識(shí)別顆粒,引導(dǎo)含有信號(hào)肽的蛋白質(zhì)進(jìn)入內(nèi)質(zhì)網(wǎng)定位合成.催化性小RNA：也稱(chēng)核酶,是細(xì)胞內(nèi)具有催化功能的一類(lèi)小分子RNA,具有催化特定RNA降解的活性,在RNA的剪接修飾中具有重要作用.小干擾RNA：,并誘導(dǎo)相應(yīng)mRNA降解.微RNA：.，簡(jiǎn)述其調(diào)控方式。酶的調(diào)節(jié)（201311修改版）:（1）別構(gòu)調(diào)節(jié)：現(xiàn)在把與各種配體（包括底物、抑制劑、激活劑等）結(jié)合后構(gòu)象發(fā)生改變，從而導(dǎo)致與后續(xù)配體的親和力改變的那一類(lèi)酶統(tǒng)稱(chēng)為別構(gòu)酶。先前結(jié)合與酶的配體能夠改變后續(xù)的與同一酶結(jié)合的配體的親和力的現(xiàn)象叫做別構(gòu)效應(yīng)，具有別構(gòu)效應(yīng)的酶叫做別構(gòu)酶。別構(gòu)效應(yīng)中的先前結(jié)合的配體能夠增加或者降低后續(xù)配體結(jié)合與同一個(gè)酶的親合力，根據(jù)先前配體與后續(xù)配體是否相同，可分同促效應(yīng)和異促相應(yīng)，兩者效應(yīng)均不限于先前結(jié)合配體會(huì)促進(jìn)后續(xù)配體的結(jié)合，也包括阻礙后續(xù)配體與酶的結(jié)合。配體與酶的相互作用至少調(diào)節(jié)酶活性階段不涉及共價(jià)鍵形成，底物在酶的催化下形成產(chǎn)物有些時(shí)候會(huì)在反應(yīng)歷程中的一段時(shí)間內(nèi)形成共價(jià)鍵。別構(gòu)酶有極少數(shù)是只有一條肽鏈的，比如肝臟中的葡萄糖激酶。 （2） 共價(jià)調(diào)節(jié)：包括可逆與不可逆修飾，前者的有酶蛋白的磷酸化、腺苷?；?，后者主要指酶原被切割掉部分一級(jí)結(jié)構(gòu)片段而形成或暴露出活性中心進(jìn)而成為有活性的酶。 （3） 活化/抑制蛋白對(duì)于酶的調(diào)節(jié)和生物膜對(duì)于酶的調(diào)節(jié)。前者如鈣調(diào)蛋白能夠調(diào)節(jié)多種酶的活性，Cyclin對(duì)CDK的催化活性的調(diào)節(jié)等，后者如雙關(guān)酶在結(jié)合上生物膜時(shí)其活性與未結(jié)合時(shí)有所不同，即酶在細(xì)胞中的定位對(duì)其活性的影響； （4）真核細(xì)胞的區(qū)室對(duì)于酶的空間定位和酶在細(xì)胞中運(yùn)輸對(duì)酶的活性也有明顯的影響。酶在細(xì)胞中運(yùn)輸不僅需要信號(hào)肽或者導(dǎo)肽引導(dǎo)酶蛋白在細(xì)胞中正確運(yùn)輸與定位，而且跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)時(shí)，在分子伴侶的作用下酶分子跨膜運(yùn)輸時(shí)會(huì)去折疊，跨膜后會(huì)再折疊，酶的不同的折疊狀態(tài)影響了酶的活性。真核細(xì)胞的各種膜性細(xì)胞器構(gòu)成區(qū)室會(huì)形成不同的亞細(xì)胞內(nèi)環(huán)境，在不同的亞細(xì)胞內(nèi)環(huán)境同一種酶的活性也會(huì)不同。 前四者都是酶的活性調(diào)節(jié)。 (5)酶的數(shù)量調(diào)節(jié)：包括由于基因表達(dá)的調(diào)節(jié)而使酶的表達(dá)量有所不同，還包括酶的降解這往往與其他的生物大分子有關(guān)，比如蛋白酶體。 這里只涉及生理?xiàng)l件下的酶的活性條件，不包括非生理環(huán)境中的酶，比如固定化酶和非水有機(jī)介質(zhì)中的酶的調(diào)節(jié)：1961年由英國(guó)生物化學(xué)家米切爾（）提出。他認(rèn)為電子傳遞鏈像一個(gè)質(zhì)子泵，電子傳遞過(guò)程中所釋放的能量，可促使質(zhì)子由線(xiàn)粒體基質(zhì)移位到線(xiàn)粒體內(nèi)膜外膜間空間形成質(zhì)子電化學(xué)梯度，即線(xiàn)粒體外側(cè)的H+濃度大于內(nèi)側(cè)并蘊(yùn)藏了能量。當(dāng)電子傳遞被泵出的質(zhì)子，在H+濃度梯度的驅(qū)動(dòng)下，通過(guò)F0F1ATP酶中的特異的H+通道或“孔道”流動(dòng)返回線(xiàn)粒體基質(zhì)時(shí)，則由于H+流動(dòng)返回所釋放的自由能提供F0F1ATP酶催化ADP與Pi偶聯(lián)生成ATP。此假說(shuō)假設(shè)在電子傳遞驅(qū)動(dòng)下，H+循環(huán)出、進(jìn)線(xiàn)粒體，同時(shí)生成ATP，雖能解釋氧化磷酸化過(guò)程的許多性質(zhì)，但仍有許多問(wèn)題未能完全闡明?；瘜W(xué)滲透假說(shuō)，可以在傳遞電子的同時(shí)將質(zhì)子從線(xiàn)粒體基質(zhì)腔轉(zhuǎn)移到膜間腔；，一方面利用水解ATP的能量將質(zhì)子從基質(zhì)腔轉(zhuǎn)移到膜間腔，另一方面當(dāng)膜間腔存在大量質(zhì)子使線(xiàn)粒體內(nèi)膜內(nèi)外存在足夠的電化學(xué)H+梯度時(shí)，質(zhì)子則從膜間腔通過(guò)ATP合成酶復(fù)合物上的質(zhì)子通道進(jìn)入基質(zhì)，同時(shí)驅(qū)動(dòng)ATP合成酶合成ATP；，能隔絕包括H+、OH在內(nèi)的各種正負(fù)離子；。要點(diǎn)，呼吸鏈上的遞氫體與電子傳遞體在線(xiàn)粒體內(nèi)膜上有著特定的不對(duì)稱(chēng)分布，彼此相間排列，定向傳遞。它可以將H +從線(xiàn)粒體內(nèi)膜的內(nèi)側(cè)泵至外側(cè)。一般來(lái)說(shuō)一對(duì)電子從NADH傳遞到O2時(shí),共泵出6個(gè)H +。從FADH2開(kāi)始,則共泵出4個(gè)H +。膜外側(cè)的H +,不能自由通過(guò)內(nèi)膜而返回內(nèi)側(cè),這樣在電子傳遞過(guò)程中，在內(nèi)膜兩側(cè)建立起質(zhì)子濃度梯度(△pH)和膜電勢(shì)差(△E),二者構(gòu)成跨膜的H+電化學(xué)勢(shì)梯度△μH+，若將△μH+轉(zhuǎn)變?yōu)橐噪妱?shì)V為單位，則為質(zhì)子動(dòng)力。質(zhì)子的濃度梯度越大，則質(zhì)子動(dòng)力就越大，用于合成ATP的能力越強(qiáng)。質(zhì)子動(dòng)力使H+流沿著ATP酶偶聯(lián)因子的H+通道進(jìn)入線(xiàn)粒體基質(zhì)時(shí)，釋放的自由能推動(dòng)ADP和Pi合成ATP?；瘜W(xué)滲透學(xué)說(shuō)已得到充足的實(shí)驗(yàn)證據(jù)。當(dāng)把線(xiàn)粒體懸浮在無(wú)O2緩沖液中,通入O2時(shí)，介質(zhì)很快酸化，跨膜的H +，內(nèi)膜的外表面對(duì)內(nèi)表面是正的,并保持相對(duì)穩(wěn)定，證實(shí)內(nèi)膜不允許外側(cè)的H +滲漏回內(nèi)膜內(nèi)側(cè)。但當(dāng)加入解偶聯(lián)劑2,4 二硝基苯酚(DNP)時(shí)，跨膜的H +濃度差和電勢(shì)差就不能形成，就會(huì)阻止ATP的產(chǎn)生。有人將嗜鹽菌的紫膜蛋白和線(xiàn)粒體ATPase嵌入脂質(zhì)體,懸浮在含ADP和Pi溶液中，在光照下紫膜蛋白從介質(zhì)中攝取H +，產(chǎn)生跨膜的H+濃度差，推動(dòng)ATP的合成。當(dāng)人工建立起跨內(nèi)膜的合適的H +濃度差時(shí)，也發(fā)現(xiàn)ADP和Pi合成了ATP。該假說(shuō)的特點(diǎn)編輯強(qiáng)調(diào)線(xiàn)粒體膜的完整性如果膜不完整，H+就能自由通過(guò)線(xiàn)粒體膜，無(wú)法在膜兩側(cè)形成質(zhì)子動(dòng)力是，氧化磷酸化就會(huì)解偶聯(lián)；（一些解偶聯(lián)劑就是這個(gè)機(jī)理，改變線(xiàn)粒體膜對(duì)H+的通透性，是電子傳遞所釋放的能量不能用于合成ATP）是定向的化學(xué)反應(yīng)ATP水解的反應(yīng)是定向的，H+從線(xiàn)粒體內(nèi)膜基質(zhì)抽提到膜間隙，產(chǎn)生電化學(xué)質(zhì)子梯度。ATP合成的反應(yīng)也是定向的，在電化學(xué)質(zhì)子梯度的驅(qū)動(dòng)下，H+由膜間隙，通過(guò)膜上的ATP合酶，進(jìn)入線(xiàn)粒體基質(zhì)，其能量促使ADP和Pi——ATP。ATP合成的動(dòng)力：質(zhì)子動(dòng)力勢(shì)，每進(jìn)入2個(gè)H+驅(qū)動(dòng)合成1個(gè)ATP；電子傳遞與ATP合成是兩件相關(guān)而又不同的事件實(shí)驗(yàn)證據(jù)(1)氧化磷酸化作用的進(jìn)行需要封閉的線(xiàn)粒體內(nèi)膜存在。(2)線(xiàn)粒體內(nèi)膜對(duì)H+ OH K+ Cl都是不通透的。(3)破壞H+ 濃度梯度的形成（用解偶聯(lián)劑或離子載體抑制劑）必然破壞氧化磷酸化作用的進(jìn)行。(4)線(xiàn)粒體的電子傳遞所形成的電子流能夠?qū)+ 從線(xiàn)粒體內(nèi)膜逐出到線(xiàn)粒體膜間隙。(5)大量直接或間接的實(shí)驗(yàn)證明膜表面能夠滯留大量質(zhì)子，并且在一定條件下質(zhì)子能夠沿膜表面迅速轉(zhuǎn)移。(6)迄今未能在電子傳遞過(guò)程中分離出一個(gè)與ATP形成有關(guān)的高能中間化合物，亦未能分離出電子傳遞體的高能蛋白存在形式?？偨Y(jié)來(lái)說(shuō)就是：光能提供能量使電子轉(zhuǎn)移，電子的轉(zhuǎn)移帶動(dòng)質(zhì)子轉(zhuǎn)移，使膜間隙質(zhì)子濃度高于線(xiàn)粒體內(nèi)膜質(zhì)子濃度，形成質(zhì)子濃度差，推動(dòng)ATP的形成。氧化1mol葡萄糖可以的幾個(gè)摩爾的ATP動(dòng)物氧化葡萄糖過(guò)程中主要是通過(guò)有氧呼吸。分為三個(gè)階段：第1階段在細(xì)胞質(zhì)基質(zhì)中進(jìn)行，生成2摩爾 ATP，這一階段不管是有氧還是無(wú)氧均可以發(fā)生；如果有氧條件，丙酮酸會(huì)進(jìn)入線(xiàn)粒體基質(zhì)進(jìn)行有氧呼吸第2階段，生成2摩爾 ATP；第3階段在線(xiàn)粒體內(nèi)膜上進(jìn)行，生成34摩爾 ATP；所以總共生成38摩爾 ATP。 18 / 18