castep搜索過渡態(tài)-資料下載頁
2025-08-04 18:48本頁面
【正文】 。注意兩圖的方向要一至。如果對(duì)它們的匹配滿意的話，關(guān)閉對(duì)話框。 注意兩圖的方向要一至 為了利用 CASTEP LST/QST完成過度態(tài)搜索，我們需要?jiǎng)?chuàng)建反映物和產(chǎn)物之間的路徑就如同 CASTEP計(jì)算時(shí)的輸入一樣。 在 Reaction Preview對(duì)話框中，確定Number Of Frames是 10。按下 Preview按鈕。關(guān)閉 Reaction Preview對(duì)話框。 數(shù)秒鐘之后，顯示出一個(gè)名為 reactants,的新的 3D軌線文檔。 我們可以對(duì)這個(gè)文件運(yùn)行 CASTEP計(jì)算。通過使用 Animation工具欄 我們可以使軌線文檔充滿生氣。 如果看不到的話，使用 View菜單顯示出 Animation toolbar。使用 Play按鈕 使軌線充滿生氣。在 Bounce模式下，效果最好。 我們可以轉(zhuǎn)換為鍵監(jiān)視模式，這樣的話每一步之后，鍵都會(huì)重新計(jì)算。 從菜單欄中選擇 Build | Bonds， 勾選上 Bond Monitoring。 關(guān)閉對(duì)話框 。 再一次使軌線充滿生氣 。 使用 Step Forward按鈕 ，可以看到鍵的逐步改變。 當(dāng)看完之后，按下 Stop 按鈕。 4. 使用 LST/QST/CG方法計(jì)算過度態(tài) 現(xiàn)在我們?cè)O(shè)置 CASTEP計(jì)算以確定過度態(tài)結(jié)構(gòu)。 從 Modules工具欄中打開 CASTEP Calculation對(duì)話框。在 Setup標(biāo)簽中，把Task從 Geometry Optimization改為 TS Search。單擊 More...按鈕，確定 Search Protocol設(shè)置為 Complete LST/QST以及 Quality為Medium。關(guān)閉對(duì)話框。 計(jì)算的其它設(shè)置和幾何優(yōu)化計(jì)算時(shí)的一樣。最后，我們應(yīng)更新工作描述 Job description。 選擇 Job Control標(biāo)簽，確定沒選上 Automatic檢驗(yàn)欄。 鍵入 TS作為 Job description。 按下 Run按鈕，關(guān)閉 CASTEP Calculation對(duì)話框。 在計(jì)算過程中，在 Visualizer里顯示出幾個(gè)不同的文檔和一個(gè) LST/QST圖形。這些是報(bào)告計(jì)算的狀態(tài)。特別是 LST/QST圖通過顯示一張能量經(jīng)由 LST, QST and CG的路徑坐標(biāo)圖來監(jiān)視 TS搜索過程。過渡態(tài)計(jì)算完成后，過渡態(tài)寫在。 如果文檔沒有自動(dòng)顯示出來，在 Project Explorer中雙擊 。 計(jì)算的文本結(jié)果包含在 。如果文檔沒有自動(dòng)的顯示出來，雙擊 Project Explorer中的 。按下 CTRL+F搜索 Energy of reaction。 下表列出了反應(yīng)物的能量、從反應(yīng)物到過渡態(tài)的勢(shì)壘等數(shù)據(jù)。 Barrier from reactant Barrier from product Energy of reaction ? Coarse 0 1 reactant product 反應(yīng)物結(jié)構(gòu) 過渡態(tài)結(jié)構(gòu) 產(chǎn)物結(jié)構(gòu)
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