castep搜索過渡態(tài)(存儲版)
【正文】 Project Explorer中的 。 如果文檔沒有自動顯示出來，在 Project Explorer中雙擊 。最后，我們應(yīng)更新工作描述 Job description。 使用 Step Forward按鈕 ，可以看到鍵的逐步改變。通過使用 Animation工具欄 我們可以使軌線文檔充滿生氣。注意兩圖的方向要一至。在產(chǎn)物窗口中單擊 7:H。 單擊Match...按鈕 。 對 CASTEP來說，為了完成過度態(tài)搜索，反應(yīng)物文檔和產(chǎn)物文檔中的所有原子都需要配對。 Job Explorer顯示的和當(dāng)前項目相關(guān)的任何激活的工作的狀態(tài)。關(guān)閉對話框。按下 More...按鈕，然后選擇 SCF標(biāo)簽。基于此種原因，任何優(yōu)化僅涉及晶胞中原子的位置。關(guān)閉對話框。 在 Project Explorer 的 3D Atomistic 單擊 ， 選擇 Rename ， 鍵入products 。 從菜單欄中選擇 File | New，再選中 3D Atomistic Document。 Pd原子間的相對位置被固定住 。 在這種情況下 ，我們建造一個 HH鍵長小于 。返回到 Atoms標(biāo)簽，在 Element文本框中，鍵入 H。 在 Project Explorer中選擇 3D Atomistic 活。最后，再把 Style 設(shè)置為 Default。 我們可以使用 Vacuum Slab工具獲得它 。 把 Cleave plane中的米勒指數(shù)從（ 1 0 0）改為（ 1 1 1）。在 structures/metals/puremetals中選擇 ，按 Import。尤其重要的是決定反應(yīng)速度的步驟，它常常涉及到?jīng)Q定著令人難以捉摸的過度態(tài)結(jié)構(gòu)。從 Atom標(biāo)簽的顯示方式列表中選擇 Ball and Stick。 選擇 Surface Mesh標(biāo)簽 ， 設(shè)置表面向量 U為 1 ， 然后按下 TAB鍵 。 此結(jié)構(gòu)從二唯周期性變成三唯周期性結(jié)構(gòu)，在原子上添加了一層真空。 Pd (1 1 1)面如右圖所示： 從菜單欄中選中 File | New，選擇 3D Atomistic Document。在文檔中某處單擊一下取消所選中的圖形。 一個氫原子出現(xiàn)在晶胞中 。氫分子位于和 PdPd鍵平行的晶胞中心，距離表面大約 。右鍵單擊選擇Display Style，在 Atoms標(biāo)簽的 Coloring部分，把 Color by選項改為 Constraint。從菜單欄中選擇 Edit | Select All，隨后再選擇Edit | Copy。在 Properties Explorer中，顯示處 FractionalXYZ坐標(biāo) 。 Pd－ H的距離用 測量。 從工具欄中選擇CASTEP 工具 ， 然后選擇 Calculation或者從菜單欄中選擇Modules | CASTEP | Calculation。返回 SCF標(biāo)簽，確定沒有選上 Fix occupancy選項。關(guān)閉 CASTEP Calculation對話框。 當(dāng)工作進行時，打開了四個關(guān)于工作狀態(tài)的文檔，它們分程傳遞信息。分別激活 products CAST
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