castep搜索過渡態(tài)(編輯修改稿)
2025-08-31 18:48 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 分，把 Color by選項改為 Constraint。 3D模型文檔顯示如下： 可見所有的 Pd被束縛住。把 Color by選項再改為Element，關(guān)閉對話框。 現(xiàn)在我們來建造 產(chǎn)物的結(jié)構(gòu) 。這次，我們要以 結(jié)構(gòu)為起點。 從菜單欄中選擇 File | New，再選中 3D Atomistic Document。按“確定”，一個新的空文檔出現(xiàn)。 選擇 。從菜單欄中選擇 Edit | Select All，隨后再選擇Edit | Copy。 在 Project Explorer中選擇 3D Atomistic 。從菜單欄中選擇 Edit | Paste。反應物結(jié)構(gòu)出現(xiàn)在文檔中。在文檔中某處單擊以取消所選中的圖形。 在 Project Explorer 的 3D Atomistic 單擊 ， 選擇 Rename ， 鍵入products 。 建造產(chǎn)物 ： 在這一部分我們要使用 Properties Explorer來改變結(jié)構(gòu)中氫原子的位置。 在 。在 Properties Explorer中，顯示處 FractionalXYZ坐標 。查找位于 子。 在 FractionalXYZ的文本框中雙擊，把分數(shù)坐標值改為, , ，按 “ OK”鍵。通過相同的步驟把位于 , , , , ，按“ OK”鍵 。 H2的位置改變?nèi)缦拢? 從菜單欄中選中 Build | Bonds，勾選上 Bonding Scheme標簽中的 Monitor bonding。關(guān)閉對話框。 在此新結(jié)構(gòu)中，晶胞中心的兩個 Pd原子每一個都有一個氫原子與其連接，距離大約為 。其圖形如上。 Pd－ H的距離用 測量。 注意：反應物和產(chǎn)物具有相同的晶格參數(shù)。這是必須的，因為在CASTEP中應用的 LST/QST版本不考慮晶格參數(shù)的改變。盡管如此，只要你感興趣的是那些晶胞改變并不重要的過程，例如在表面的反應、原子的擴散、體材料中的空缺等情況，那么它的局限性就不是很明顯。 2. 優(yōu)化幾何結(jié)構(gòu) 正如我們已經(jīng)討論的那樣，反應物和產(chǎn)物的 cell parameters必須相同?；诖朔N原因，任何優(yōu)化僅涉及晶胞中原子的位置。而且我們可以認為反應物的結(jié)構(gòu)和原先一樣，所以我們不需要優(yōu)化它們的結(jié)構(gòu)。 確定 文檔處于激活狀態(tài) 。 從工具欄中選擇CASTEP 工具 ， 然后選擇 Calculation或者從菜單欄中選擇Modules | CASTEP | Calculation。 CASTEP Calculation對話框如下所示：下面我們開始優(yōu)化它的幾何結(jié)構(gòu)。把 Task 改為 Geometry Optimization。把 Quality改為Medium。 選擇 Electronic標簽，把 kpoint set設置為 Gamma。按下 More...按鈕，然后選擇 SCF標簽。把 Charge設置為 。按下和此選項先相關(guān)的 More...按鈕，把 DIIS history list 改為 5。返回 SCF標簽，確定沒有選上 Fix occupancy選項。關(guān)閉
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