castep搜索過(guò)渡態(tài)(完整版)
【正文】 使用相同的步驟 ， 把第二個(gè)氫原子添加到 a = , b = c = 。 為了簡(jiǎn)單起見(jiàn)，我們假設(shè)在反應(yīng)期間表面是固定的。 3D模型文檔顯示如下： 可見(jiàn)所有的 Pd被束縛住。 在 Project Explorer中選擇 3D Atomistic 。查找位于 子。 注意：反應(yīng)物和產(chǎn)物具有相同的晶格參數(shù)。 CASTEP Calculation對(duì)話框如下所示：下面我們開(kāi)始優(yōu)化它的幾何結(jié)構(gòu)。關(guān)閉對(duì)話框。 很快，在 Project Explorer中出現(xiàn)了一個(gè) 新文檔 。這些文檔包括顯示在優(yōu)化過(guò)程中模型更新時(shí)的晶體結(jié)構(gòu)，傳遞工作設(shè)置參數(shù)信息和運(yùn)行信息的狀態(tài)文檔，總體能量圖和能量， Forces, Stress 的收斂以及起重復(fù)數(shù)作用的位移。從菜單欄中選擇 Window | Tile Vertically。 在反應(yīng)物列表中雙擊 2xH。 6 matched atoms 文件夾也打開(kāi) 。按下 Preview按鈕。 我們可以轉(zhuǎn)換為鍵監(jiān)視模式，這樣的話每一步之后，鍵都會(huì)重新計(jì)算。在 Setup標(biāo)簽中，把Task從 Geometry Optimization改為 TS Search。 在計(jì)算過(guò)程中，在 Visualizer里顯示出幾個(gè)不同的文檔和一個(gè) LST/QST圖形。 下表列出了反應(yīng)物的能量、從反應(yīng)物到過(guò)渡態(tài)的勢(shì)壘等數(shù)據(jù)。特別是 LST/QST圖通過(guò)顯示一張能量經(jīng)由 LST, QST and CG的路徑坐標(biāo)圖來(lái)監(jiān)視 TS搜索過(guò)程。關(guān)閉對(duì)話框。 關(guān)閉對(duì)話框 。 數(shù)秒鐘之后，顯示出一個(gè)名為 reactants,的新的 3D軌線文檔。如單擊反應(yīng)物欄或產(chǎn)物欄列表中的一個(gè)原子 5:PD1，則在反應(yīng)物和產(chǎn)物的 3D模型文檔兩個(gè)對(duì)應(yīng)的 Pd原子被加亮。反應(yīng)物欄應(yīng)包括 7:H和 8:H。從菜單欄中選擇 Tools | Reaction Preview。 優(yōu)化后 優(yōu)化前 3 定義原子配對(duì) 從菜單欄中選擇 File | Save Project，然后在選中 Window | Close All。一個(gè) Job Log窗口顯示出來(lái)，它包括工作的狀態(tài)。選擇 Job Control標(biāo)簽。把 Quality改為Medium。盡管如此，只要你感興趣的是那些晶胞改變并不重要的過(guò)程，例如在表面的反應(yīng)、原子的擴(kuò)散、體材料中的空缺等情況，那么它的局限性就不是很明顯。通過(guò)相同的步驟把位于 , , , , ，按“ OK”鍵 。反應(yīng)物結(jié)構(gòu)出現(xiàn)在文檔中。 現(xiàn)在我們來(lái)建造 產(chǎn)物的結(jié)構(gòu) 。 選擇 Pd原子，然后按下 ALT鍵，再雙擊選中所有的 Pd原子。 提示：當(dāng)我們添加第二個(gè)氫原子時(shí) ， Materials Studio會(huì)產(chǎn)生一個(gè)警告信息 。 使用 Add Atoms工具可以把原子添加在晶胞指定的位置。 選中 Pd (1 1 1).xsd把它激活。關(guān)閉對(duì)話框。 于是打開(kāi)了一個(gè)包含 2D周期性表面的新的 3D模型文檔 。 從菜單欄中選擇 Build | Surfaces | Cleave Surface。 E活2E活1反 應(yīng) 物?產(chǎn) 物反 應(yīng) 中 間 體第 一 過(guò) 度 態(tài)
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