[醫(yī)學(xué)]第四章bioedit多序列比較的實(shí)際應(yīng)用-資料下載頁(yè)
2025-01-16 04:53本頁(yè)面
【正文】 部分，我們討論兩種方法，都是搜索特殊數(shù)據(jù)庫(kù)以獲取序列的基序和模式的，當(dāng)然也是兩種從最少的序列信息中進(jìn)行蛋白質(zhì)家族分類的強(qiáng)有力的方法。 ? ProfileScan ?基于經(jīng)典的模式分析的 Gribskov方法 ,ProfileScan使用一種稱為 pfscan的方法尋找一個(gè)蛋白質(zhì)或核酸的查詢序列同一個(gè)模式庫(kù)的相似性 ,因此 ,在搜索中需要有模式庫(kù) ?第一個(gè)是 PROSITE（ ExPASy（ ： //）數(shù)據(jù)庫(kù)，通過(guò)使用基序和序列模式（諸如指紋）將生物學(xué)意義重大的位點(diǎn)收集分類； ?第二個(gè)是 Pfam（ tml） ,收集了蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域家族，與其它收集方法有很大不同的是，最初的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域的比較完全是用手工完成的，而不是依靠自動(dòng)化的處理方法，正因?yàn)檫@樣， Pfam幾年前 ,只擁有 500多條款目，但這些款目的質(zhì)量極好?，F(xiàn)在擁有 8957條目 . ?基于 PROSITE和 Pfam的搜索可以通過(guò)訪問(wèn) ProfileScan的主頁(yè)完成，它只需要一條簡(jiǎn)單的輸入序列（用文本格式），或者一個(gè)標(biāo)號(hào)，比如一個(gè) SWISSPROT ID。用戶可以選擇搜索的敏感度，選擇返回顯著的匹配或者所有匹配，甚至包括邊界的情況。 ?為了說(shuō)明輸出的格式，我們現(xiàn)在向 PROSITE系統(tǒng)提交人類 matrix metalloproteinase 9 preproprotein [Homo sapiens]蛋白序列。返回的 PROSITE條目顯示蛋白的功能區(qū)，數(shù)字“ Start”和“ End”是顯示出查詢序列和匹配的模式重疊的位點(diǎn) , Bits是序列比較可靠性評(píng)分， Evalue是序列比較錯(cuò)誤概率。 ? BLOCKS數(shù)據(jù)庫(kù)利用了模塊的概念，對(duì)蛋白質(zhì)家族進(jìn)行鑒定，而不是只依賴于單個(gè)的序列本身。模塊的思想來(lái)源于更加普遍的概念 — 基序（ motif），基序通常是指一段氨基酸序列保守的伸展，擁有一定的蛋白質(zhì)功能或者結(jié)構(gòu)。當(dāng)這些來(lái)源于同一家族中的蛋白質(zhì)中的基序比較時(shí)（不引入空位），其結(jié)果就是部件；部件就是指比較，而不是序列本身。很明顯，任何一個(gè)獨(dú)立的蛋白都可以包含一個(gè)或者更多個(gè)部件，對(duì)應(yīng)于它的每一個(gè)功能和結(jié)構(gòu)基序。 ? BLOCKS數(shù)據(jù)庫(kù)本身來(lái)源于 PROSITE的條目。當(dāng)使用一個(gè)感興趣的序列進(jìn)行 BLOCKS搜索時(shí)，查詢序列就會(huì)同數(shù)據(jù)庫(kù)中所有的部件在任何可能的位點(diǎn)進(jìn)行比較，對(duì)于每一個(gè)比較都會(huì)使用位點(diǎn)特異分值矩陣或者 PSSM進(jìn)行打分。 PSSM和這本書前面敘述的分值矩陣（例如 BLOSUM62）的重大區(qū)別在于，其分值考慮到了在給定的位點(diǎn)是否擁有一個(gè)匹配以及一個(gè)給定氨基酸占據(jù)部件中的位點(diǎn)的可能性。所有基于這種形式的方法的核心思想都是觀測(cè)殘基占據(jù)比較蛋白質(zhì)部件中的一個(gè)特異位點(diǎn)的幾率， ? BLOCKS（ 搜索可以通過(guò)訪問(wèn)西雅圖的 Fred Hutchinson腫瘤研究中心的 BLOCKS主頁(yè)完成 ， 這個(gè)網(wǎng)點(diǎn)很直接 ，允許執(zhí)行基于序列或者關(guān)鍵詞的檢索 。 如果用戶在輸入時(shí)使用了 DNA序列 ， 他就可以指明使用哪個(gè)遺傳密碼 ， 搜索哪條鏈 。 不管執(zhí)行搜索的是一個(gè)序列還是一個(gè)關(guān)鍵詞 ， 成功的搜索將會(huì)返回相應(yīng)的部件 ， 圖 。 ? 在結(jié)果輸出窗口，首先給出檢索的概況，給出了這個(gè)部件代表的家族， BLOCKS數(shù)據(jù)庫(kù)注冊(cè)碼和家族的詳細(xì)描述； BL行給出了關(guān)于組建這個(gè)特別的部件的原始序列基序的信息：這個(gè)部件中有多少序列數(shù)目，接下來(lái)是統(tǒng)計(jì)學(xué)有效性和構(gòu)成長(zhǎng)度的信息；最后是序列列表，只顯示出對(duì)應(yīng)于這個(gè)特殊基序的序列部分，每一行的開頭都是這個(gè)序列的 SWISSPROT注冊(cè)碼，第一個(gè)殘基在整個(gè)序列中的位置，然后是序列本身以及基于位點(diǎn)的序列權(quán)重，這個(gè)權(quán)重用 100刻度， 100表示序列距離這個(gè)群體最遠(yuǎn)；注意到有些序列行中有空行：部分比較聚集在一起，在每個(gè)聚集中， 80%的序列殘基是相同的。
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