蛋白折疊及折疊中間體的素材(編輯修改稿)
2024-11-04 05:25 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 24。o)〔模擬結(jié)果〕。Ser 203 位于活性中心。,第二十七頁，共六十四頁。,28,核酸(h233。 suān)〔DNA, RNA〕,核酸的 MD 模擬，數(shù)皮秒的時間標度。 可以獲取核酸序列以及各種溶劑條件對結(jié)構(gòu)和分子的運動的影響信息。大到象 tRNA 這樣的分子。 在非常詳細的層面上跟蹤構(gòu)型變化的過程(gu242。ch233。ng)。 核酸形成的大的生物分子配合物研究。 時間尺度提升至數(shù)百皮秒。 全溶劑化的核酸系統(tǒng)的分子模擬已逐步面向?qū)嶋H體系。 算法的改進已使得高度變化的核酸體系的精確 MD 模擬成為可能。 更復雜的反響，如 RNA 催化及折疊等，仍依賴于更強大的計算機。,第二十八頁，共六十四頁。,29,ApA 二聚體的自由能、根底(jīchǔ)角、可到達外表積對反響坐標作圖 ApA 的堆疊構(gòu)型,第二十九頁，共六十四頁。,30,水化〔溶劑(r243。ngj236。)化〕,描述生物大分子周圍的溶劑〔水〕分子分布。 V. Makarov 等人從實驗、理論和模擬等方面(fāngmi224。n)綜述了這一領(lǐng)域近 5 年的研究進展 。 結(jié)論 大多數(shù)情況下，生物大分子在溶劑中不僅僅是一般的溶解，在與周圍水分子的作用方式上，局域水化模式下水分子的分布更加切合實際，而不同于游離的水分子。 在溶液中，局域化的水分子往往是與大分子締合在一起的。 描述了接近 DNA 和蛋白質(zhì)分子外表的界面溶劑分子的結(jié)構(gòu)〔分布〕。,第三十頁，共六十四頁。,31,抹香鯨肌紅蛋白的水化 水化位置〔藍，實驗〕，水化數(shù)密度(m236。d249。)最大值〔黃，MD 模擬〕,第三十一頁，共六十四頁。,32,肌紅蛋白周圍溶劑數(shù)的 3D 密度分布，由 MD 軌跡切片計算得到。 溶劑密度由肌紅蛋白的平均結(jié)構(gòu)覆蓋(f249。g224。i)。 等密度線：0.005〔藍〕，0.01〔綠〕，0.02〔黃〕，0.035〔紅〕 〔a〕由模擬結(jié)果得到 〔b〕由模型預測,第三十二頁，共六十四頁。,33,由 MD 模擬得到的 DNA 周圍的溶劑化密度。 最大值〔實線〕和最小值〔虛線〕 黃點為 X 射線分析(fēnxī)結(jié)果。二者符合良好。,第三十三頁，共六十四頁。,34,生物膜與雙分子(fēnzǐ)脂質(zhì)層,最近 10 年，計算機模擬已經(jīng)深入到能夠認識生物膜性質(zhì)的水平，包括 DNA 與脂質(zhì)體的相互作用、形成微孔的跨膜肽對脂質(zhì)體環(huán)境的影響、以及揮發(fā)性麻醉分子的分配等。 這些模擬中，所有的原子都是受限在小于10 nm 的空間內(nèi)，這個模型(m243。x237。ng)搭起了全原子細節(jié)與介觀區(qū)域之間的橋梁。 以磷脂體中的麻醉劑分子為例進行了研究。 DNA 與脂質(zhì)體混合物作為重要的生物物質(zhì)，是因為它們是基因的攜帶者。,第三十四頁，共六十四頁。,35,MD 模擬 5.5 ns 后 DMPC〔中性脂質(zhì)體〕/ DMTAP〔陽離子脂質(zhì)體〕與 DNA 的聯(lián)合體構(gòu)型?！瞐〕 垂直于 DNA 軸 〔b〕平行于 DNA 軸 。 DNA 和 脂質(zhì)體的“頭〞 P、N 用球表示， “尾〔疏水鏈〕〞用棍表示。 各原子的顏色：N, 藍色；O, 紅色；P, 黃色。 C〔DNA〕, 灰色(huīs232。)；C 〔脂質(zhì)體〕, 綠色；H, 暗灰色。,第三十五頁，共六十四頁。,36,形成微孔的跨膜肽對脂質(zhì)體環(huán)境的影響。 5_M2DMPC 的構(gòu)型。 MD 模擬 2 ns 后。 脂質(zhì)體分子(fēnzǐ)用球和棍表示。頭端的 N 和 P 原子用藍色和黃色的球表示。 各原子的顏色：M2 螺旋的 N, 藍色；O, 紅色；C, 灰色；S, 黃色。,第三十六頁，共六十四頁。,37,兩種麻醉劑分子進入雙磷脂(l237。n zhī)層的分配情況。 MD 模擬 2 ns 后的構(gòu)型。 水分子和 SDPC 用球棍模型表示，脂質(zhì)體中的 N 和 P 原子表示為藍色和綠色的球。F, 黃色；Cl, 亮綠色；Br, 暗綠色；H, 灰色。,第三十七頁，共六十四頁。,38,離子通道,離子通道允許無機金屬離子選擇性地穿過膜脂質(zhì)層。 通過基于原子模型和外部溶劑與膜脂質(zhì)體之間的微觀相互作用的 MD 模擬，使我們得以窺探到這類復雜(f249。z225。)體系的內(nèi)部過程，允許人們在微觀水平上觀察離子的滲入〔透過〕。 在過去的近十年中，隨著計算方法的改進，短桿菌肽 A 離子通道的模擬研究從較簡單的僅含有蛋白質(zhì)和少數(shù)水分子的模型過渡到復雜的含有大的生物分子和脂質(zhì)體的體系?，F(xiàn)在，用真實的原子模型來模擬一些重要的生
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