20xx年醫(yī)學(xué)專題—5-蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)預(yù)測(編輯修改稿)
2025-10-31 13:13 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 共四十頁。,一個遠程同源模型化方法要解決三個問題： 〔1〕檢測遠程同源蛋白質(zhì)〔T〕； 〔2〕U和T的序列必須被正確地比照排列； 〔3〕修改一般的同源模型化過程，以應(yīng)用于相似度非常低的情況，即處理更多的環(huán)區(qū)，建立合理的三維結(jié)構(gòu)模型。 如何(rh233。)解決第一個和第二個問題？ 根本思想是建立一個從U到結(jié)構(gòu)T的線索，并通過一些基于環(huán)境或基于知識的勢，評價序列與結(jié)構(gòu)的適應(yīng)性。 至于最后建立三維結(jié)構(gòu)模型那么是非常困難的,序列(x249。li232。)→結(jié)構(gòu)比對,第十九頁，共四十頁。,線索化的主要思想： 利用氨基酸的結(jié)構(gòu)傾向〔如形成二級結(jié)構(gòu)的傾向、疏水性、極性等〕，評價一個序列所對應(yīng)的結(jié)構(gòu)是否(sh236。 fǒu)能夠適配到一個給定的結(jié)構(gòu)環(huán)境中。,第二十頁，共四十頁。,建立序列到結(jié)構(gòu)的線索的過程(gu242。ch233。ng)稱為線索化，線索技術(shù)又稱折疊識別技術(shù)。 線索化或者折疊識別的目標是為目標蛋白質(zhì)U尋找適宜的蛋白質(zhì)模板，這些模板蛋白質(zhì)與U沒有顯著的序列相似性，但卻是遠程同源的。,第二十一頁，共四十頁。,線索化方法一般有5個根本組成局部： 〔1〕三維折疊結(jié)構(gòu)的數(shù)據(jù)庫； 〔2〕一種適合于進行序列結(jié)構(gòu)比對的三維折疊信息(x236。nxī)的表示方法； 〔3〕一個序列結(jié)構(gòu)匹配函數(shù)，該函數(shù)對匹配程度進行打分； 〔4〕建立最優(yōu)線索的策略，或者是進行序列結(jié)構(gòu)比對的策略； 〔5〕一種評價序列結(jié)構(gòu)比對顯著性的方法。,第二十二頁，共四十頁。,假設(shè)存在有限數(shù)目的核心折疊〔core folds〕 核心折疊實際上是構(gòu)成(g242。uch233。ng)蛋白質(zhì)空間形狀的根本模式。 建立核心折疊數(shù)據(jù)庫 預(yù)測 建立線索,U序列(x249。li232。),與數(shù)據(jù)庫核心(h233。xīn)折疊比對,取最正確核心折疊,U結(jié)構(gòu)模型,第二十三頁，共四十頁。,一種基于序列與結(jié)構(gòu)比對的最優(yōu)線索化算法 令: s1, s2,…, sn為蛋白質(zhì)序列S的n個元素 C1, C2,…, Cm為數(shù)據(jù)庫中核心折疊(zh233。di233。)C的m個核心區(qū)域 Cij為第i個核心區(qū)域第j個氨基酸位置 每一個核心區(qū)域由假設(shè)干個氨基酸殘基構(gòu)成,第二十四頁，共四十頁。,設(shè)t是一個從序列到核心折疊的線索，那么t說明了序列S的哪些元素si,sj,sk,…代表核心區(qū)域C1, C2
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