生物信息技術(shù)概述(編輯修改稿)
2025-03-02 20:38 本頁面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 Epsilon CCAACC Bootstrap3 Alpha ACAAAC Beta ACCCCC Gamma CCAAAC Delta CACCCA Epsilon CAAAAC PHYLIP、 PUZZLE、 MEGA、 PAUP、 TREEVIEW、CLUSTALX和 PHYLOWIN（ LINUX） 常用的進(jìn)化樹軟件 phylip 進(jìn)化樹分析軟件，并可繪制進(jìn)化樹。 TreeView 進(jìn)化樹處理軟件。 GeneTree 比較基因與種系進(jìn)化樹的程序。 NDE 用來編輯 NEXUS格式文件的程序。 TreeMap 用來可視地比較主、從進(jìn)化樹的程序。 Spectrum 分析進(jìn)化信息而不用將之轉(zhuǎn)化為進(jìn)化樹的軟件。 Phyltools 計(jì)算與處理進(jìn)化樹數(shù)據(jù)的軟件。 treepuzzle 核酸序列、蛋白序列相似性分析及進(jìn)化樹構(gòu)建工具。 ATV JAVA語言編寫的顯示“ New Hampshire”與 NHX格式的進(jìn)化樹文件 軟件。 TREECON Demo 構(gòu)建和繪制進(jìn)化樹的軟件包。 ProBiosys 比較表現(xiàn)型分類法數(shù)據(jù)和分析計(jì)算核酸序列數(shù)據(jù)距離值的軟件。 COMPONENT 分析進(jìn)化樹免費(fèi)軟件。 NJplot 小巧的顯示進(jìn)化樹的免費(fèi)軟件 NJplot。 MEGA 免費(fèi)分子進(jìn)化遺傳分析軟件 PAUP 4 PAUP的快速使用手冊(cè) Phylip軟件包介紹 Phylip是一個(gè)免費(fèi)的系統(tǒng)發(fā)生 (phylogeics)分析軟件包。以下鏈接可以下載： 由華盛頓大學(xué)遺傳學(xué)系開發(fā)， 1980年首次公布。 Phylip軟件包介紹 Phylip包含了 35個(gè)獨(dú)立的程序，這些獨(dú)立的程序都實(shí)現(xiàn)特定的功能，這些程序基本上包括了系統(tǒng)發(fā)生分析的所有方面。 Phylip有多種不同平臺(tái)的版本（包括 windows，Macintosh， DOS， Linux， Unix和 OpenVMX）。 Phylip是目前最廣泛使用的系統(tǒng)發(fā)生分析程序，主要包括一下幾個(gè)程序組： 分子序列組 ， 距離矩陣組 ，基因頻率組，離散字符組， 進(jìn)化樹繪制組 。 Phylip軟件包介紹 分子序列組： ： protpars， proml， promlk， protdist ： dnapenny， dnapars， dnamove， dnaml， dnamlk， dnainvar， dnadist，dnap Phylip軟件包分組介紹 距離矩陣組： Fitch， kitsch， neighbor 基因頻率組： Gendist， contml 離散字符組 Pars， mix， move， penny， dollop， dolmove，dolpenny， clique， factor Phylip軟件包分組介紹 進(jìn)化樹繪制組： drawtree， drawgram 其他： restdist， restml， seqboot， contrast treedist， consense， retree Phylip軟件包分組介紹 Phylip軟件包的文檔是非常詳細(xì)的，對(duì)于每個(gè)獨(dú)立的程序，都有一個(gè)獨(dú)立的文檔，詳細(xì)的介紹了該程序的使用及其說明。 此外， Phylip軟件包還包括程序的源代碼（ c語言）。 Phylip軟件包的文檔 Phylip軟件包的應(yīng)用 1，根據(jù)你的分析數(shù)據(jù)，選擇適當(dāng)?shù)某绦? 如，你分析的是 DNA數(shù)據(jù)，就在核酸序列分析類中選擇程序（ dnapenny， dnapars， dnamove， dnaml， dnamlk， dnainvar， dnadist， dnap ）如果分析的是離散數(shù)據(jù)，如突變位點(diǎn)數(shù)據(jù)，就在離散字符組里面選擇程序。 如你分析的是 DNA數(shù)據(jù)，可以選擇簡(jiǎn)約法（ DNAPARS），似然法（ DNAML， DNAMLK），距離法等（ DNADIST）。 Phylip軟件包的應(yīng)用 選擇好程序后，執(zhí)行，讀入分析數(shù)據(jù)，選擇適當(dāng)?shù)膮?shù)，進(jìn)行分析，結(jié)果自動(dòng)保存為 outfile， outtree。 Phylip軟件包的應(yīng)用 Outfile是一個(gè)記錄文件，記錄了分析的過程和結(jié)果，可以直接用文本編輯器（如寫字板）打開。 outtree是分析結(jié)果的樹文件，可以用 phylip提供的繪樹程序打開查看，也可以用其他的程序來打開，如 treeview Phylip軟件包的應(yīng)用 ? 出發(fā)數(shù)據(jù)－已經(jīng)排列好的蛋白序列。 ? 重構(gòu)算法－距離法 () ? 最大簡(jiǎn)約法 () ? 最大似然法 () ? 統(tǒng)計(jì)分析－撥靴法 (bootstrap) 實(shí)際應(yīng)用（從蛋白序列推導(dǎo)進(jìn)化樹） 實(shí)際操作 ? Phylip軟件包中的每個(gè)分析程序都是一個(gè)獨(dú)立的應(yīng)用程序。我們選擇好了分析算法后，按一定的順序組合使用選擇的程序，就可以獲得按選擇的算法分析的結(jié)果（進(jìn)化樹）。 ? 例子：從我們剛剛通過 clustal比對(duì)獲得的蛋白序 列推測(cè)進(jìn)化樹。 ? 選擇方法：距離法 () ? 第一步：雙擊執(zhí)行 ,根據(jù)提示輸入分析的文件名 (程序默認(rèn)是 infile)。 ? 第二步：設(shè)定各個(gè)參數(shù)，執(zhí)行程序，獲得距 離矩陣數(shù)據(jù)輸出文件 outfile。 ? 第三步：選擇通過距離矩陣推測(cè)進(jìn)化樹的算法(， ， )。 ? 第四步：將剛獲得的輸出文件改名為 infile，執(zhí)行選擇的推測(cè)算法 ()。設(shè)置好參數(shù)后執(zhí)行程序，獲得 outfile和 outtree兩個(gè)結(jié)果輸出。 獲得的結(jié)果文件中， outtree文件是一個(gè)樹文件，可以用 treeview等軟件打開。 outfile是一個(gè)分析結(jié)果的輸出報(bào)告，包括了樹和其他一些分析報(bào)告，可以用記事本直接打開。 outfile outtree 加入統(tǒng)計(jì)分析 (bootstrap) ? 我們剛剛獲得的進(jìn)化樹是純粹的根據(jù)先前獲得的排列數(shù)據(jù)所推導(dǎo)出來的。有很多可能使得這個(gè)樹并不一定可靠。 ? 。 ? 。 ? 。 ? 我們可以引進(jìn)一些統(tǒng)計(jì)分析來尋找更優(yōu)的進(jìn)化樹 ? 最常見的就是 bootstrap分析。 Bootstrap分析 ? Phylip軟件包中有兩個(gè)用于執(zhí)行 bootstrap分析的程序。(,)。 ? 分析過程： ? ? 。 ? consence獲得最優(yōu)樹。 PAUP*的使用 ? PAUP*的數(shù)據(jù)格式 (Nexus) NEXUS begin taxa。 dimensions ntax=12。 taxlabels Lemur_catta … Tarsius_syrichta。 end。 begin characters。 dimensions nchar=898。 format missing=? gap= matchchar=. interleave datatype=dna。 options gapmode=missing。 matrix Lemur_catta AAGCTTCATAGGAGCAACCATTCTAATAATCGCACATGGCCTTACATCATCCATATTATT Homo_sapiens AAGCTTCACCGGCGCAGTCATTC
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