【正文】 SBC, SCD, SDE… 等數(shù)值 ? ， SAB最小 把 A、 B看成一個(gè)新的復(fù)合序列，構(gòu)建一個(gè)新的距離表，重復(fù)以上過程 計(jì)算 A, B的分支長度 AB組合出現(xiàn) 3次， DE組合出現(xiàn) 3次， CD、 AC、 BC組合各一次，則 AB和 DE各為兩對(duì)關(guān)系最近的鄰居。 TreeView 進(jìn)化樹處理軟件。 TREECON Demo 構(gòu)建和繪制進(jìn)化樹的軟件包。 Phylip是目前最廣泛使用的系統(tǒng)發(fā)生分析程序，主要包括一下幾個(gè)程序組： 分子序列組 ， 距離矩陣組 ，基因頻率組，離散字符組， 進(jìn)化樹繪制組 。 ? 重構(gòu)算法－距離法 () ? 最大簡約法 () ? 最大似然法 () ? 統(tǒng)計(jì)分析－撥靴法 (bootstrap) 實(shí)際應(yīng)用（從蛋白序列推導(dǎo)進(jìn)化樹） 實(shí)際操作 ? Phylip軟件包中的每個(gè)分析程序都是一個(gè)獨(dú)立的應(yīng)用程序。 獲得的結(jié)果文件中， outtree文件是一個(gè)樹文件，可以用 treeview等軟件打開。 Bootstrap分析 ? Phylip軟件包中有兩個(gè)用于執(zhí)行 bootstrap分析的程序。 begin characters。 ? charset 2ndpos = 3457\3 661896\3。 ? begin paup。 4. SETS塊 定義了一系列的數(shù)據(jù)組，如特征值組，物種組等，這些設(shè)置都是為了方便后續(xù)的分析。當(dāng)然也可以通過鍵盤命令逐一敲入 ， 交互 進(jìn)行分析。 ，開始分析 … 兩個(gè)很有用的命令 ？ ：顯示所有的命令 命令 ？ ：顯示命令的所有參數(shù) 分析 … （開始一） 打開記錄文件？（跟蹤整個(gè)分析過程） 命令： log start file =your_log_file_name。 如： set maxtree=10000 increase=no autoclose=yes。 ? ? NREPS = integervalue bootstrap重復(fù)的次數(shù)，默認(rèn)值為 100。 命令和參數(shù)都類似，用的比 bootstrap少很多。 分析 … （樹評(píng)估七） 其他測試 隨機(jī)測試： permute 不一致的長度差異測試： hompart … 分析 … （樹評(píng)估八） 分析結(jié)束之前 Savetrees 根據(jù)要求將內(nèi)存中的樹保存到文件 如： savetrees file= brlens=yes savebootp=both from=1 to=2。 ? Log star file=。 ? end。 ? lset nst=6 rmatrix=estimate basefreq=estimate pinv=estimate rates=gamma shape=estimate。 退出 ，想讓原來改過的參數(shù)全部變回默認(rèn)設(shè)置 命令： factory 所有參數(shù)恢復(fù)默認(rèn)設(shè)置 命令 ： quit 一些有用的命令 查看內(nèi)存中樹的情況（多少個(gè)？有根還是無根？ … ）。 對(duì)折分析 ? ? PCTDELETE = realvalue 每個(gè)對(duì)折分析循環(huán)中刪除的 data set百分?jǐn)?shù) ? ? JSEED = integervalue 隨機(jī)數(shù)種子 ? ? NREPS = integervalue 對(duì)折循環(huán)次數(shù) ? ? SEARCH = HEURISTIC|BANDB|FASTSTEP|NJ|UPGMA 樹的搜索方法（ NJ和 UPGMA僅在最優(yōu)規(guī) ? 則為 distance時(shí)才可用） ? ? RESAMPLE = NORMAL|JAC ? ? CONLEVEL = integervalue boostrap中出現(xiàn)的最小比例（最為保留 group），默認(rèn)為 50，即 50％ ? ? KEEPALL = YES|NO 低于 conlevel的樹，若與一致樹兼容，也保留 ? ? WTS = IGNORE|SIMPLE|REPEATCNT|PROPORTIONAL ? ? GRPFREQ = YES|NO 顯示對(duì)折分區(qū)頻率 ? ? TREEFILE = treefilename ? ? FORMAT = NEXUS|ALTNEXUS|FREQPARS|PHYLIP|HENNIG ? ? *REPLACE = YES|NO ? ? CUTOFFPCT = integervalue 對(duì)折頻率表中顯示的最小頻率。 ? ? KEEPALL = YES|NO ? ? WTS = IGNORE|SIMPLE|REPEATCNT|PROPORTIONAL ? ? NCHAR = CURRENT|numberofcharacters 每次重復(fù)采樣的數(shù)目?；蛘? outgroup taxa_set。 哪些用于分析 ? 如： include coding/only。當(dāng)然在進(jìn)行處理之前一定要先保證該批處理過程沒有問題。用于后續(xù)的分析，如作為限制樹等。 ? constraints chg = ((Homo_sapiens,Pan,Gorilla))。 ? ? exset coding = noncoding。 format missing=? gap= matchchar=. interleave datatype=dna。 ? 分析過程： ? ? 。 outfile outtree 加入統(tǒng)計(jì)分析 (bootstrap) ? 我們剛剛獲得的進(jìn)化樹是純粹的根據(jù)先前獲得的排列數(shù)據(jù)所推導(dǎo)出來的。 ? 例子：從我們剛剛通過 clustal比對(duì)獲得的蛋白序 列推測進(jìn)化樹。 此外， Phylip軟件包還包括程序的源代碼（ c語言）。 COMPONENT 分析進(jìn)化樹免費(fèi)軟件。 NDE 用來編輯 NEXUS格式文件的程序。 ? 該法將類間距離定義為兩個(gè)類的成員所有成對(duì)距離的平均值，廣泛用于距離矩陣。 archaea archaea eukaryote eukaryote eukaryote eukaryote 通 過外圍支來確定樹根 archaea bacteria outgroup 根 eukaryote eukaryote eukaryote eukaryote 無根樹 archaea archaea archaea 有根樹 外圍支 無根樹，有根樹，外圍支 無根樹和有根樹：潛在的數(shù)目 Taxa 無根樹 有根樹 3 1 3 4 3 15 5 15 105 6 105 945 7 945 10,395 … 30 ~ ~ Taxa增多，計(jì)算量急劇增加，因此，目前算法都為優(yōu)化算法，不能保證最優(yōu)解 ，物種樹 We often assume that gene trees give us species trees a b c A B D Gene tree Species tree 系統(tǒng)發(fā)育樹重建分析步驟 多序列比對(duì)（自動(dòng)比對(duì)，手工比對(duì)） 建立取代模型（建樹方法） 建立進(jìn)化樹 進(jìn)化樹評(píng)估 ? 1. 最大簡約法 (maximu