生物信息技術(shù)概述-資料下載頁
2025-02-12 20:38本頁面
【正文】 ，可以對距離法，簡約法，似然法以及衍生出的任何其他方法構(gòu)建的進化樹進行評估。其分析結(jié)果是一組數(shù)字，這個數(shù)字描述了進化樹進化分支的支持比例，也就是進化樹分支的穩(wěn)健性。 分析 … （樹評估一） 分析 … （樹評估二） 未經(jīng)過 bootstrap的樹 Bootstrap后的樹 ? BOOTSTRAP [options][/heuristicsearchoptions|branchandboundsearchoptions]。 ? 使用分支限制或者是啟發(fā)式搜索的方法進行 bootstrap分析。 ? 參數(shù)： ? ? BSEED = integervalue 隨機數(shù)種子。 ? ? NREPS = integervalue bootstrap重復(fù)的次數(shù)，默認值為 100。 ? ? SEARCH = HEURISTIC|BANDB|FASTSTEP|NJ|UPGMA 搜索方式 ? ? CONLEVEL = integervalue bootstrap重復(fù)次數(shù)的最低比率，默認為 50。 ? ? KEEPALL = YES|NO ? ? WTS = IGNORE|SIMPLE|REPEATCNT|PROPORTIONAL ? ? NCHAR = CURRENT|numberofcharacters 每次重復(fù)采樣的數(shù)目。 ? ? GRPFREQ = YES|NO 顯示 bootstrap分割頻率 ? ? TREEFILE = bootstraptreefilename 樹的文件 ? ? FORMAT= NEXUS|ALTNEXUS|FREQPARS|PHYLIP|HENNIG ? ? BRLENS = YES|NO 分支的長度 ? ? *REPLACE = YES|NO ? ? CUTOFFPCT = integervalue 定義顯示的最低 bootstrap分割頻率。 ? Example ? bootstrap nreps=200 treefile= search=heuristic/addseq=random。 分析 … （樹評估三） PAUP*中的 bootstrap命令 對折分析（ jackknife） 跟 bootstrap類似，只是在對原始數(shù)據(jù)取樣的時候不會取重復(fù)的數(shù)據(jù)位點。因為它重復(fù)取樣的時候是在原始數(shù)據(jù)中除去一個或者多個比對位點。 對折分析得出的結(jié)果和 bootstrap是一樣的。 命令和參數(shù)都類似，用的比 bootstrap少很多。 分析 … （樹評估四） ? JACKKNIFE [options][/heuristicsearchoptions|branchandboundsearchoptions]。 對折分析 ? ? PCTDELETE = realvalue 每個對折分析循環(huán)中刪除的 data set百分數(shù) ? ? JSEED = integervalue 隨機數(shù)種子 ? ? NREPS = integervalue 對折循環(huán)次數(shù) ? ? SEARCH = HEURISTIC|BANDB|FASTSTEP|NJ|UPGMA 樹的搜索方法（ NJ和 UPGMA僅在最優(yōu)規(guī) ? 則為 distance時才可用） ? ? RESAMPLE = NORMAL|JAC ? ? CONLEVEL = integervalue boostrap中出現(xiàn)的最小比例（最為保留 group），默認為 50，即 50％ ? ? KEEPALL = YES|NO 低于 conlevel的樹，若與一致樹兼容，也保留 ? ? WTS = IGNORE|SIMPLE|REPEATCNT|PROPORTIONAL ? ? GRPFREQ = YES|NO 顯示對折分區(qū)頻率 ? ? TREEFILE = treefilename ? ? FORMAT = NEXUS|ALTNEXUS|FREQPARS|PHYLIP|HENNIG ? ? *REPLACE = YES|NO ? ? CUTOFFPCT = integervalue 對折頻率表中顯示的最小頻率。 ? Example ? JACKKNIFE nreps=200 treefile= search=heuristic/addseq=random 分析 … （樹評估五） PAUP*中的 jackknife命令 KHtest和 SHtest 用來測試一個特定的次優(yōu)化的 ml或者 mp拓撲結(jié)構(gòu)同最優(yōu)化的拓撲結(jié)構(gòu)相比是否顯著不同（通常用來做 Hypothesis test）。 PAUP*中這兩個測試是作為 pscores和 lscores的一個參數(shù)，默認關(guān)閉，需要進行這兩個測試的時候，要打開該參數(shù)。 Pscore中有 KHtest，不支持 SHtest Lscore中有 KHtest和 SHtest 分析 … （樹評估六） 如： Pscores all/khtest=normal。 Lscores all/khtest= normal shtest=rell。 測試得出的結(jié)果是返回一個顯著性差異系數(shù)（ P值）。 分析 … （樹評估七） 其他測試 隨機測試： permute 不一致的長度差異測試： hompart … 分析 … （樹評估八） 分析結(jié)束之前 Savetrees 根據(jù)要求將內(nèi)存中的樹保存到文件 如： savetrees file= brlens=yes savebootp=both from=1 to=2。 Log stop。 退出 ，想讓原來改過的參數(shù)全部變回默認設(shè)置 命令： factory 所有參數(shù)恢復(fù)默認設(shè)置 命令 ： quit 一些有用的命令 查看內(nèi)存中樹的情況（多少個？有根還是無根？ … ）。 清除內(nèi)存中所有的樹。 查看內(nèi)存中的樹（默認顯示第一個樹，可以加入?yún)?shù)） 如： showtree all； showtree 2， 3； 從樹文件中讀取樹到內(nèi)存中 ， pscores， lscores 計算樹的距離，簡約性，相似性分值。 取消和設(shè)定外圍群 根據(jù)一定的規(guī)則求解一致樹 將有根樹轉(zhuǎn)換為無根樹 根據(jù)當前設(shè)定的 outgroup將無根樹轉(zhuǎn)換為有根樹 根據(jù)設(shè)定的規(guī)則篩選樹。 paup*軟件的 mand reference。 Paup塊的一個例子 ? begin paup。 ? Log star file=。 ? ? set criterion=likelihood autoclose=yes maxtrees=10000 increase=no。 ? lset nst=6 rmatrix=estimate basefreq=estimate pinv=estimate rates=gamma shape=estimate。 ? hsearch addseq=random nreps=100。 ? ? bootstrap nreps=1000 search=heuristic brlens=yes。 ? savetrees file= savebootp=both from=1 to=1。 ? log stop。 ? quit。 ? end。 構(gòu)建進化樹 實例 軟件安裝 啟動程序 Alignment 轉(zhuǎn)入 fasta格式文件 比對 保存比對后文件為擴展名meg的格式 關(guān)閉軟件窗口按鈕 點 phylogeny菜單 選構(gòu)建樹的方式 完成構(gòu)建 演講完畢，謝謝觀看！
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