【正文】 ? ? set criterion=likelihood autoclose=yes maxtrees=10000 increase=no。 分析 … （樹評(píng)估四） ? JACKKNIFE [options][/heuristicsearchoptions|branchandboundsearchoptions]。 分析 … （建樹二） （對(duì)于距離法不適用） 窮盡法： alltrees 分支跳躍查找： bandb 啟發(fā)式搜索： hsearch 其他： puzzle（只在 likelihood時(shí)有效） … 分析 … （建樹三） （設(shè)置各個(gè)建樹方法的參數(shù)） 距離法： dset 如： dset distance=tamnei negbrlen=allow 最大簡約法： pset 如 pset collapse=no gapmode=newstate 最大似然法： lset 如： lset nst=6 clock=yes 分析 … （建樹四） 是否要設(shè)置外圍群（ outgroup） ? 如 outgroup 1,2 。 批處理 的方式在分析過程比較長，耗時(shí)比較久的時(shí)候是比較有用的。 ? constraints ch = ((Homo_sapiens,Pan))。 dimensions nchar=898。 outfile是一個(gè)分析結(jié)果的輸出報(bào)告，包括了樹和其他一些分析報(bào)告，可以用記事本直接打開。 Phylip軟件包介紹 分子序列組： ： protpars， proml， promlk， protdist ： dnapenny， dnapars， dnamove， dnaml， dnamlk， dnainvar， dnadist，dnap Phylip軟件包分組介紹 距離矩陣組： Fitch， kitsch， neighbor 基因頻率組： Gendist， contml 離散字符組 Pars， mix， move， penny， dollop， dolmove，dolpenny， clique， factor Phylip軟件包分組介紹 進(jìn)化樹繪制組： drawtree， drawgram 其他： restdist， restml， seqboot， contrast treedist， consense， retree Phylip軟件包分組介紹 Phylip軟件包的文檔是非常詳細(xì)的，對(duì)于每個(gè)獨(dú)立的程序，都有一個(gè)獨(dú)立的文檔，詳細(xì)的介紹了該程序的使用及其說明。 GeneTree 比較基因與種系進(jìn)化樹的程序。 趨同進(jìn)化的基因 (Convergent evolution ) 通過不同的進(jìn)化途徑獲得相似的功能，或者功能替代物 (genes have converged function by separate evolutionary paths) 異源基因或水平轉(zhuǎn)移基因 (xenologous or horizontally transferred genes) 由某一個(gè) 水平基因轉(zhuǎn)移 事件而得到的同源序列 Bacterium 1 Bacterium 3 Bacterium 2 Eukaryote 1 Eukaryote 4 Eukaryote 3 Eukaryote 2 Bacterium 1 Bacterium 3 Bacterium 2 Eukaryote 1 Eukaryote 4 Eukaryote 3 Eukaryote 2 Phylograms show branch order and branch lengths 進(jìn)化樹，有分支和支長信息 ，進(jìn)化樹 Cladograms show branching order branch lengths are meaningless 進(jìn)化分支圖，只用分支信息，無支長信息。 ? 在各種不同的發(fā)育譜系及足夠大的進(jìn)化時(shí)間尺度中，許多序列的進(jìn)化速率幾乎是恒定不變的。（分子鐘理論， 1965 ） 分子進(jìn)化研究的基礎(chǔ)（理論） ? 雖然很多時(shí)候仍然存在爭議，但是分子進(jìn)化確實(shí)能闡述一些生物系統(tǒng)發(fā)生的內(nèi)在規(guī)律。 archaea archaea eukaryote eukaryote eukaryote eukaryote 通 過外圍支來確定樹根 archaea bacteria outgroup 根 eukaryote eukaryote eukaryote eukaryote 無根樹 archaea archaea archaea 有根樹 外圍支 無根樹，有根樹，外圍支 無根樹和有根樹：潛在的數(shù)目 Taxa 無根樹 有根樹 3 1 3 4 3 15 5 15 105 6 105 945 7 945 10,395 … 30 ~ ~ Taxa增多，計(jì)算量急劇增加，因此，目前算法都為優(yōu)化算法，不能保證最優(yōu)解 ，物種樹 We often assume that gene trees give us species trees a b c A B D Gene tree Species tree 系統(tǒng)發(fā)育樹重建分析步驟 多序列比對(duì)（自動(dòng)比對(duì)，手工比對(duì)） 建立取代模型（建樹方法） 建立進(jìn)化樹 進(jìn)化樹評(píng)估 ? 1. 最大簡約法 (maximum parsimony, MP) ? 2. 距離法 (distance) ? 3. 最大似然法 (maximum likelihood, ML) 系統(tǒng)發(fā)育樹重建的基本方法 最大簡約法 (MP) ? 1. 理論基礎(chǔ)為奧卡姆剃刀 (Ockham)原則：計(jì)算所需替代數(shù)最小的那個(gè)拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，作為最優(yōu)樹 ? 2. 在分析的序列位點(diǎn)上沒有回復(fù)突變或平行突變，且被檢驗(yàn)的序列位點(diǎn)數(shù)很大的時(shí)候，最大簡約法能夠推導(dǎo)獲得一個(gè)很好的進(jìn)化樹 ? 3. 優(yōu)點(diǎn)：不需要在處理核苷酸或者氨基酸替代的時(shí)候引入假設(shè) (替代模型 ) ? ：分析序列上存在較多的回復(fù)突變或平行突變，而被檢驗(yàn)的序列位點(diǎn)數(shù)又比較少的時(shí)候，可能會(huì)給出一個(gè)不合理的或者錯(cuò)誤的進(jìn)化樹推導(dǎo)結(jié)果 ? 1. 信息位點(diǎn)，必須在至少 2個(gè) taxa中具有相同的序列性狀 ? 2. 信息位點(diǎn)是指那些至少存在 2個(gè)不同堿基 /氨基酸且每個(gè)不同堿基 /氨基酸至少出現(xiàn)兩次的位點(diǎn) 信息位點(diǎn) (Sites are informative) 上 例 ? 1. Position 5, 7, 9為信息位點(diǎn) ? 2. 基于 position 5的三個(gè) MP樹 : ? Tree 1長度 1， Tree 2 3長度 2 ? 3. Tree 1更為簡約 2. 距離法 ? 又稱距離矩陣法，首先通過各個(gè)物種之間的比較，根據(jù)一定的假設(shè)（進(jìn)化距離模型）推導(dǎo)得出分類群之間的進(jìn)化距離，構(gòu)建一個(gè)進(jìn)化距離矩陣。 NDE 用來編輯 NEXUS格式文件的程序。 此外， Phylip軟件包還包括程序的源代碼（