高通量測(cè)序服務(wù)簡(jiǎn)介(2)(編輯修改稿)
2025-02-23 21:01 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 用包括基因組拼接結(jié)果、轉(zhuǎn)錄組表達(dá)量分析結(jié)果、 miRNA種類與表達(dá)量等） ? （四）實(shí)驗(yàn)說(shuō)明 （所用儀器、試劑、耗材及分析軟件） 我們所采用的設(shè)備 Illumina genome analyzer IIx 價(jià)格： 400萬(wàn) Roche 454 價(jià)格： 300400萬(wàn) 實(shí)驗(yàn)一般流程 ? 客戶實(shí)驗(yàn)方案確定 ? 各種核酸提取實(shí)驗(yàn)：詳見(jiàn)核酸提取實(shí)驗(yàn)步驟。 ? 根據(jù)不同應(yīng)用進(jìn)行建庫(kù)，如基因組文庫(kù)、轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)、 microRNA文庫(kù)。 ? 將上述測(cè)序樣品在第二代測(cè)序儀中進(jìn)行各種測(cè)序反應(yīng)。 數(shù)據(jù)分析服務(wù)一般流程 ? 數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)價(jià)，對(duì)所需分析的高通量數(shù)據(jù)研究應(yīng)用分析，確定數(shù)據(jù)分析目標(biāo)與方案。 ? 計(jì)算處理，采用超級(jí)計(jì)算機(jī)對(duì)海量數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。 ? 結(jié)果統(tǒng)計(jì)分析。 附： Solexa –Illumina測(cè)序簡(jiǎn)介 ? 2023年推出的 Illumina Genome Analyzer是一種基于單分子簇的邊合成邊測(cè)序技術(shù)，它基于專有的可逆終止化學(xué)反應(yīng)原理。 ? 測(cè)序時(shí)將基因組 DNA的隨機(jī)片段附著到光學(xué)透明的玻璃表面（即 Flow cell），這些 DNA片段經(jīng)過(guò)延伸和橋式擴(kuò)增后，在 Flow cell上形成了數(shù)以億計(jì) Cluster，每個(gè) Cluster是具有數(shù)千份相同模板的單分子簇。 ? 然后利用帶熒光基團(tuán)的四種特殊脫氧核糖核苷酸，通過(guò)可逆性終止的 SBS（邊合成邊測(cè)序）技術(shù)對(duì)待測(cè)的模板 DNA進(jìn)行測(cè)序。 ? 這種新方法確保了高精確度和真實(shí)的一個(gè)堿基接一個(gè)堿基的測(cè)序，排除序列方面的特殊錯(cuò)誤，為同聚物和重復(fù)序列的測(cè)序提供了一個(gè)很好的解決方案。 Solexa基因組測(cè)序簡(jiǎn)要流程 ? 文庫(kù)制備： 樣品收集，基因組 DNA打斷， DNA 末端修復(fù)，連接接頭 ? DNA片段在 Cluster Station上成簇?cái)U(kuò)增：準(zhǔn)備 Flowcell和試劑，安裝到 Cluster Station；將樣品 DNA連接到Flowcell；完全自動(dòng)化完成 Cluster制備 ? DNA簇在 Genome Analyzer上邊合成邊測(cè)序： Flowcell和試劑，安置到 Genome Analyzer；全自動(dòng)化完成測(cè)序，包括測(cè)序長(zhǎng) Reads；圖片處理，實(shí)時(shí)分析，堿基識(shí)別； ? 數(shù)據(jù)分析： 組裝；變異分析；總結(jié)報(bào)告 Solexa flow cell ~50M clusters are sequenced per flow cell. 具體流程 2) 將 DNA片段通過(guò)接頭與 flow cell 的互補(bǔ)片段相連形成單鏈 DNA模版， 并經(jīng)過(guò)橋式 PCR擴(kuò)增形成更多模版 1) 隨機(jī)打斷 DNA并 與接頭連接 3) 加入熒光標(biāo)記的可逆性終止 dNTP（羥基保護(hù)），測(cè)序引物與 DNA聚合酶 . 4) 將所有未結(jié)合的試劑洗脫， 用激光激發(fā)熒光基團(tuán)，并讀 取每個(gè) cluster的信號(hào) 5) 除去 3’端羥基保護(hù) 基團(tuán)與熒光基團(tuán)， 然后重復(fù)上述過(guò)程 Debbie Nickerson, Department of Genome Sciences, University of Washington, Solexa特點(diǎn) ? 測(cè)序通量高： 每個(gè)樣本測(cè)序可以提供 500M reads（ ）數(shù)據(jù)，并可以根據(jù)客戶需求靈活對(duì)總量進(jìn)行調(diào)
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