quantityone-說(shuō)明(編輯修改稿)
2024-08-31 10:04 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 基線。因此從理論上來(lái)說(shuō)“Rolling Disk Size”的取值越小，它的去除背景效果越好。大家可以試著選擇一個(gè)較大的值比如80，再來(lái)看看此時(shí)醬色曲線的軌跡。當(dāng)然也不能取太小的值。因?yàn)槿绻≈堤?，大家可以想象這個(gè)十分微小的球就會(huì)滾入光密度曲線內(nèi)部，造成有效陽(yáng)性信號(hào)的損失。個(gè)人感覺(jué)5~20是一個(gè)比較好的取值范圍。 OK！我們?cè)僭凇癓ane Backgroud Substruction”對(duì)話框的最下方鉤選“Show Lane Trace with Backgroud Substructed”，再來(lái)看看是不是泳道上所有的背景都被消除了？各個(gè)電泳條帶是不是完全結(jié)合到縱軸上在同一水平進(jìn)行比較了？ 我們對(duì)于其他泳道也可以依葫蘆畫(huà)瓢進(jìn)行類(lèi)似的背景排除工作。如果大家覺(jué)得可以使用同樣的標(biāo)準(zhǔn)，即相同的“Rolling Disk Size”進(jìn)行排除，那么我們可以在“Lane Backgroud Substruction”對(duì)話框中選擇上方的“All Lanes On(same level)”選項(xiàng)。然后在“Rolling Disk Size”中填上一個(gè)合適的值，點(diǎn)擊“Done”按鈕確認(rèn)就可以了。此時(shí)該電泳圖片上所有的泳道都以相同的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行了背景去除。不信你可以自己將鼠標(biāo)點(diǎn)擊其他泳道（比如第8道或第1道），你會(huì)發(fā)現(xiàn)所有泳道的背景均已去除。剛才我們已經(jīng)對(duì)電泳圖片上的泳道進(jìn)行了識(shí)別和背景去除。現(xiàn)在我們可以利用Quantity One提供的泳道對(duì)比功能對(duì)同一張凝膠照片上的不同泳道進(jìn)行對(duì)比，看看每條泳道上電泳條帶的分布情況。 泳道對(duì)比：首先將打開(kāi)的電泳照片進(jìn)行前面談到的泳道識(shí)別和去除背景步驟。然后選擇“LaneCompare Lanes”命令，鼠標(biāo)變成“藍(lán)色感嘆號(hào)”之后將鼠標(biāo)移動(dòng)到您希望進(jìn)行對(duì)比的泳道上（比如下圖的第3泳道），左鍵點(diǎn)擊，Quantity One就會(huì)立刻探出一張黑色背景的“Compare Lanes”對(duì)話框。在這個(gè)對(duì)話框中紅色的曲線代表您選擇的泳道的光密度分布曲線。曲線的波峰部分表示位于泳道上的不同電泳條帶；波峰的高低象征電泳條帶光密度值的大小；波峰的寬窄象征電泳條帶的寬度；波峰由左至右表示各個(gè)電泳條帶順著泳道由后向前的分布。 提示: 大家請(qǐng)注意這個(gè)紅色曲線。它不僅僅提供給我們關(guān)于泳道上光密度的分布情況，更重要的是在下一步我們對(duì)電泳條帶進(jìn)行定量的時(shí)候，我們將以每個(gè)波峰的曲線下面積作為定量的標(biāo)準(zhǔn)。 我們還可以用鼠標(biāo)點(diǎn)擊其他我們感興趣的泳道（比如下圖中第14泳道），這時(shí)再轉(zhuǎn)到“Compare Lanes”對(duì)話框我們會(huì)發(fā)現(xiàn)Quantity One已經(jīng)幫我們用不同顏色在同一張圖片上繪制出了這4條泳道的對(duì)比圖。是不是非常PP？ 前面我們已經(jīng)識(shí)別和分析了電泳圖片的泳道，下面我們開(kāi)始研究電泳條帶的問(wèn)題。首先在這里明確兩個(gè)名詞翻譯：“Lane”指電泳泳道；“Band”指電泳條帶。在下文中一律使用這兩個(gè)英文名詞來(lái)表示這兩個(gè)意思。 電泳條帶的識(shí)別：和前面研究Lane一樣，首先我們要對(duì)Lane上的Band進(jìn)行識(shí)別。識(shí)別方式同樣分為自動(dòng)識(shí)別和人工識(shí)別。自動(dòng)識(shí)別的時(shí)候選擇“BandDetect Bands...”命令。這時(shí)Quantity One會(huì)自動(dòng)彈出一個(gè)“Detect Bands”的對(duì)話框（如下圖）。 提示: 第一次用Quantity One的朋友可能會(huì)發(fā)現(xiàn)您的Bands識(shí)別以后僅僅是畫(huà)出了一條紅色的粗線，而在上面的演示圖片中卻是上下括號(hào)的形式。其實(shí)大家可以在“BandBand Attributes”選項(xiàng)中設(shè)置Bands的顯示形式。在下方的“Style”選項(xiàng)卡中選擇“Brackets”就會(huì)將原來(lái)的粗線改為括號(hào)形式了。 在上面的對(duì)話框中，我們可以指定識(shí)別的參數(shù)。 如果要自動(dòng)識(shí)別所有Lanes上的Bands就鉤選Lands后面的“All”選項(xiàng)；如果僅僅想自動(dòng)識(shí)別某一條Lane上的Bands就鉤選“One”，然后在后面的輸入框中填上您想識(shí)別的泳道號(hào)碼； 如果僅僅想識(shí)別泳道上部分光密度值最強(qiáng)的Bands，可以在“Bands”后面的選項(xiàng)中選擇“Limit”，然后填上相應(yīng)的數(shù)目（比如10）。Quantity One就會(huì)僅識(shí)別該泳道上光密度最大的10條Bands； 如果您發(fā)現(xiàn)自動(dòng)識(shí)別的Bands寬度太窄，圈定Band的紅色括號(hào)內(nèi)范圍小于黑色的光密度影。此時(shí)可以使用“Lane Width”命令來(lái)調(diào)整Bands識(shí)別的寬度。用鼠標(biāo)點(diǎn)擊“Lane Width”后面的向上箭頭就會(huì)發(fā)現(xiàn)紅色括號(hào)逐漸變寬，最后要求其范圍略為寬過(guò)其包繞的Band影跡； 如果您發(fā)現(xiàn)自動(dòng)識(shí)別功能沒(méi)有識(shí)別您想要的Band或者誤識(shí)別了您不想要的Band，您還可以使用上面的工具欄進(jìn)行調(diào)解。將您的鼠標(biāo)指向每個(gè)圖標(biāo)，Quantity One就會(huì)知道彈出一個(gè)黃色的提示信息告訴您這個(gè)按鈕的功能。在此不再繼續(xù)闡述了?，F(xiàn)在我們已經(jīng)完成了泳道識(shí)別、背景去除、條帶識(shí)別的任務(wù)。接下來(lái)我們要對(duì)Bands進(jìn)行一些處理，然后就可以進(jìn)行最終的結(jié)果分析了。 高斯建模：大家學(xué)過(guò)統(tǒng)計(jì)學(xué)知識(shí)后都知道高斯（Gauss）分布是個(gè)什么意思，在此我就不多作解釋了。Quantity One認(rèn)為一個(gè)理想狀態(tài)的Band內(nèi)部的光密度分布應(yīng)該也服從高斯曲線的特征，正如前面向大家展示的3D Viewer中的圖片那樣。在我們?nèi)粘５碾娪居镜乐薪?jīng)常出現(xiàn)幾個(gè)相隔很近的Bands（即分子量很接近的幾個(gè)蛋白或者核酸）在泳道的某個(gè)區(qū)域成串出現(xiàn)。此時(shí)我們很難通過(guò)會(huì)自等高線的辦法精確的描繪出每條Band獨(dú)立的輪廓。這
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