【文章內(nèi)容簡介】 背景的確定在板布局面板的右上端，通過組合框選擇背景的相關板類型。這也是執(zhí)行檢測項目所需的板類型。如果所需的板類型不包含在選項內(nèi)，必須首先執(zhí)行該背景的校準。 樣品類型的定義在板布局中選中一個或更多位置，在被打開的相關對話框中編輯，并在隨后出現(xiàn)的工具欄中的，通過圖標選擇不同的樣品類型。以上板布局編輯功能也可以通過鼠標右鍵或者菜單plate layout項實現(xiàn)。當各項輸入完成后，帶有樣品類型、樣品名稱和sample表中的位置等數(shù)據(jù)的樣品就會顯示在左邊窗口內(nèi)。在右邊窗口的sample info中，列出了板布局選擇樣品的各數(shù)據(jù)。 標準 當圖標standard被選中后，出現(xiàn)相關的對話框。1 在板布局中樣品的位置2 樣品名稱3 目標基因選項的復選框4 目標基因名稱5 檢測目標基因使用的染料6 標準濃度單元7 標準濃度8 內(nèi)部陽性對照（ipc）選項的復選框9 內(nèi)部陽性對照（ipc）染料選項的組合框10 樣品類型符號在這里，各數(shù)據(jù)和待檢測目標基因都以標準名稱輸入。同時，在相關區(qū)域內(nèi)，必須明確用量和濃度的標準。指數(shù)值的標準輸入，例如：1E8。單位copies以及用量＝1都是默認設定的。可以通過auto series功能來建立標準系列。（）注意：在這個對話框里可以進行編輯的目標基因的數(shù)量取決于在板布局中選擇的染料的數(shù)量。 陽性對照 選中position control圖標以后，將出現(xiàn)如下的對話框。除了對照的名稱和目標基因的數(shù)據(jù)以外，在此也可以定義基因識別（gene identification）分析模式下，作為等位基因的陽性對照。首先需要完成作為等位基因的陽性對照的編輯。在analysis下進行隨后的識別時，對話框里每個等位基因都被自動分配一個顏色。也可以在amount欄內(nèi)輸入數(shù)值。但這在隨后的分析中不是絕對必要的。 陰性對照 當選中negative control圖標后，相關對話框被打開。在此對話框中只輸入陰性對照的名稱和目標基因數(shù)據(jù)。 未知樣品 當unknown圖標被選中后，如下的對話框被打開。除了未知樣品名稱和目標基因數(shù)據(jù)以外，通過功能鍵auto series還可以在此編輯復制。（）在對話框的下端包括use of target gene(s) as面板和relative quantification/gene expression面板：use of target gene(s) as：可以通過一個內(nèi)部陽性對照或者選定相關功能鍵作為持家基因設定目標基因，然后用組合框確定各自的染料。分析中由內(nèi)部陽性對照或者作為持家基因設定的基因被加亮為黃色。Relative quantification/gene expression：在此目標基因被定義為relative quantification/gene expression分析模式下的校準器。對于monoplex分析，通過組合框well with housekeeping gene(monoplexing)持家基因的孔可以與樣品關聯(lián)。 復制和標準系列的自動建立當樣品類型為標準（standard）和未知（unknown）時，可以自動建立復制。在編輯標準時，也可以自動建立標準系列。首先在要建立標準系列和復制的板布局內(nèi)至少選擇兩個位置。 為化簡標準系列和復制的建立，使用new standard對話框。其中包含有auto series項。注意：只有當板布局中超過一個位置被選中后，該功能才能被激活。擴充對話框指明了板布局中被選中的位置，被分為復制和稀釋兩個區(qū)域。復制：在編輯框中輸入復制的數(shù)量，另外，該項也可以用來定義板內(nèi)復制布置形成基準的形式。相關復制可以布置成水平相鄰或者垂直相鄰的形式。以不同的方向，不同的復制可以相鄰的排成行或者列。為說明的目的，形式顯示在窗口preview中。稀釋：使用編輯框來明確稀釋元素和稀釋步驟數(shù)。通過組合框order可以明確采用升序還是降序。在preview calculated amounts欄中，通過組合框選中一個染料，根據(jù)在目標基因中定義的濃度初始值，顯示濃度最終值。注意：這個區(qū)域在unknowns擴充對話框中處于不活動狀態(tài)。點擊ok確認該對話框后，在被選區(qū)域內(nèi)建立起與參數(shù)數(shù)量相同的組數(shù)。當用未知樣品建立復制時，整個被選區(qū)域被填滿。樣品名稱和所有相關的數(shù)據(jù)都被自動分配。對應標準系列的單一標準的濃度數(shù)據(jù)也被自動顯示在板布局中。 定量的樣品類型為了定量樣品中的初始核酸，要用一個未知的初始核酸量從樣品中建立起一個標準曲線。為了這樣的目的，首先編輯板布局中的標準，然后編輯未知樣品。陰性對照也要編輯。編制標準系列的例子：目標是建立一個10－100000拷貝的三重復制子的標準系列，復制布置為彼此相鄰以行排列?？截惖淖罡邤?shù)量放置在位置A1－C1上，稀釋系列采用降序，水平列，每步稀釋10倍?！?在板布局中選擇區(qū)域A1－E3— 打開standard對話框，其中包含附加auto series項?！?輸入?yún)?shù)— 點擊ok確認輸入。使得板布局為：未知樣品復制編程例子：目標是定義未知樣品三重復制子目標基因，三倍復制被相鄰放置在位置A1－C1上?！?在板布局上選中區(qū)域A1－C1?！?打開包含有auto series項的unknown對話框?！?輸入各參數(shù)?！?點擊ok以確認。使得板布局為： 相對定量的樣品類型相對定量中，是在目標基因之間做比較，這些基因具有不同的表達水平，分別來自經(jīng)過各自處理的樣品中。它們分別與非調(diào)控的參考基因（持家基因）相比。然后根據(jù)方法計算出其表達水平。所有的樣品均作為未知基因進行編輯。 多plex分析例子在多plex分析中，目標基因和持家基因在一個試管內(nèi)用兩種不同的染料進行檢測。加工過的樣品：— 在板布局中選擇B2－B4區(qū)域— 打開unknown對話框— 通過target gene（s）面板選擇兩個基因?！?通過在housekeeping gene復選框，在use of target gene(s)面板中明確 持家基因，用組合框選擇相關的染料?！?點擊ok以確認?！?將位于B2－B4的樣品組成一組。未經(jīng)處理的樣品（校準器）— 在板布局中選擇C2－C4區(qū)域。— 打開unknown對話框?！?通過target gene(s)對話框選擇兩個基因— 通過在housekeeping gene復選框，在use of target gene(s)面板中明確 持家基因，用組合框選擇相關的染料?！?在relative quantification/gene expression面板中，選中復選框set sample as calibrator來將樣品定義為校準器。— 點擊ok以確認?！?將位于C2－C4的樣品化為一組。處理過的樣品：未經(jīng)處理的樣品：樣品被編輯完成后，板布局如下圖所示：用作校準器的樣品有淡顏色條的標志。 單plex分析的例子對于單plex分析，目標基因和持家基因在不同的試管內(nèi)接受檢測，使用同樣的染料。處理過的樣品：a）— 在板布局中選擇C2－C4區(qū)域?！?打開unknown對話框?！?在target gene(s)面板中輸入 持家基因的名稱?！?通過在housekeeping gene復選框，在use of target gene(s)面板中明確持家基因，用組合框選擇相關的染料。— 點擊ok以確認?！?將位于C2－C4的樣品歸為一組。b)— 在板布局中選中B2－B4區(qū)域。— 打開unknown對話框?！?在target gene(s)面板中輸入目標基因的名稱?！?點擊ok關閉unknown對話框?！?將位于B2－B4的樣品歸為一組?！?在該組內(nèi)選中至少一個位置，然后在此打開unknown對話框?！?通過組合框well with housekeeping gene(monoplexing)向孔內(nèi)分配（或賦值），其中 持家基因在此被檢測到。選擇C2－C4的其中一個包含有持家基因的位置。在計算中，結(jié)果將合并分組樣品的平均值?！?點擊ok以確認。a) 處理過的樣品（目標基因）b) 處理過的樣品（持家基因）未經(jīng)處理的樣品a)— 在板布局內(nèi)選擇C5－C7區(qū)域?！?打開unknown對話框?！?在target gene(s)面板中輸入持家基因的名稱?！?通過在housekeeping gene復選框，在use of target gene(s)面板中明確持家基因，用組合框選擇相關的染料?！?在relative quantification/gene expression面板中，通過復選框set sample as calibrator定義樣品為校準器?！?點擊ok以確認?！?將位于C5－C7的樣品歸為一組。b)— 在板布局中選擇B5－B7區(qū)域?！?打開unknown對話框?！?在target gene(s)面板中輸入目標基因的名稱。— 點擊ok以關閉unknown對話框。— 將位于B5－B7的樣品歸為一組。— 在該組內(nèi)選中至少一個位置，然后再次打開unknown對話框。— 通過組合框well with housekeeping gene(monoplexing)向孔內(nèi)分配（或賦值），其中持家基因在此被檢測到。選擇C5－C7的其中一個包含有持家基因的位置。在計算中，結(jié)果將合并分組樣品的平均值?！?點擊ok以確認。樣品編輯完成后，板布局如下圖所示： 熔點分析中的樣品類型在熔解曲線分析中，沒有特別需要考慮的方面。 終點測定中的樣品類型在執(zhí)行終點測定標準時，陰性對照和未知樣品需要被查實。 +/檢測項目中的樣品類型執(zhí)行一個+/檢測項目時，除了未知樣品以外，還需要編輯陽性和陰性對照。 樣品的復制與剪切該過程中用到的copy, cut和paste命令既可以通過鼠標右鍵，也可以通過菜單plate layout來實現(xiàn)。為復制板布局樣品，首先選中樣品，然后通過copy命令復制樣品到剪切板上。隨后在板布局中選中一個位置，再使用paste命令將樣品類型插入其中。Cut命令可以用來剪切樣品，然后在板布局另一位置通過paste命令插入該樣品。 刪除樣品 首先選中一個或者多個樣品，然后點擊圖標delete samples來刪除樣品。 幾個樣品的歸組，也可以通過將板布局中已存在的樣品歸為一組的形式建立復制。歸為一組的前提是樣品類型和其他數(shù)據(jù)之間是對應的。組內(nèi)的樣品名稱不一定要相同。 如果板布局內(nèi)的幾個樣品被加亮后，再選中g(shù)roup圖標，那么這些樣品就歸為了一個組，可以自動進行復制的統(tǒng)計分析了。被歸為一組的樣品在板布局內(nèi)帶有顏色加亮的標志，位于板布局的右下方。改變顏色可以通過再次點擊group as replicates圖標。 組可以通過點擊ungroup replicates圖標取消。 子檢測項目的測定在pcr板上執(zhí)行幾個檢測項目，單個檢測項目會帶有子檢測項目的標志，可以由軟件稍后分別作出分析。這就意味著可以平行的執(zhí)行兩個不同的檢測項目，每個檢測項目都可以有各自的具有不同目標基因和染料的樣品。板布局中給出了一個例子，其中兩個以兩種不同標準系列和不同的未知樣品的目標基因被測定。前提條件是這兩個檢測項目包含有相同的pcr程序，并且數(shù)據(jù)采集發(fā)生在相同的pcr步驟內(nèi)。 如果加亮板布局內(nèi)的所有子系統(tǒng)的樣本，然后選中create subassay圖標，這些樣本就會作一個框架的標志。注意：板布局中的空白位置也可以一開始就被選中作為子檢測項目。這種方法一般都用在隨后進行的檢測項目單一樣品類型的測定。在程序執(zhí)行和分析過程中（），子檢測項目樣品的顯示是分別執(zhí)行的。單個子程序和它們在板布局中的位置顯示在結(jié)點monitoring下，如果選中某一個子程序，與之相關的數(shù)據(jù)就被加載到右邊的工作區(qū)中。 組可以通過delete subassay圖標被打破。在此之前，要先選中相應的樣品。注意：在一個pcr板上執(zhí)行兩個不同檢測項目的前提條件是這兩個檢測項目用一個pcr程序執(zhí)行，并且在同一個溫度步驟中獲取熒光數(shù)據(jù)。 板布局的刪除 當選中clear plate時，板布局內(nèi)的所有樣本都會被刪除。 完整檢測項目的板布局編輯不能編輯完整檢測項目的板布局。為了做出隨后的變動，首先必須先將板布局激活。 通過點擊edit mode for plate圖標，一個完整檢測項目的封鎖狀態(tài)的板布局可以再一次被激活。一旦編輯完成，板布局可以通過再次點擊該圖標被鎖住。所有在板布局中并發(fā)的改變都會被記錄在userlog中。 pcr程序的建立為編輯pcr程序，工具欄里的所有如下圖所示的功能都是可以用到的：1 插入步2 編輯步3 刪除步4清除pcr程序5 顯示梯度功能6 設置測量點注意：以上這些功能也可以通過鼠標右鍵或者pcr program菜單實現(xiàn)。 用模板程序建立一個pcr程序當向?qū)趦?nèi)的子項pcr program被選中后，一個包含有3步循環(huán)的模板程序，作為一個新的檢測項目，就會顯示在右邊窗口中。 為編輯程序，要先選中其中一步，通過edit step圖標彈出對話框，在該對話框中可以修改溫度，時間和循環(huán)數(shù)等數(shù)據(jù)。另外edit step對話框也可以通過雙擊某一步彈出。在這個對話框中還可以對增量，梯度功能，制熱和制冷率進行設置。（）另外，通過選中對象和添加，溫度，時間和循環(huán)數(shù)等數(shù)據(jù)也可以在pcr程序中被直接修改。注意：加熱蓋和熱模塊的特性可以在program header中修改（）。 不用模板程序建立pcr程序 不用模板程序建立pcr程序，首先通過點擊clear pcr p