系統(tǒng)發(fā)育摘paml學習筆記蝸牛(編輯修改稿)
2025-07-26 16:57 本頁面
【文章內容簡介】 10 共11個數(shù)字，0表示通用密碼子，也是最為常見的一個設置。該命令主要根據(jù)所分析的序列來源進行具體的設置。fix_kappa命令用來指代K80，F(xiàn)84和HKY85中的kappa值是一個固定值還是根據(jù)數(shù)據(jù)進行迭代分析得到的。Fix_kappa=1表示kappa值是一個固定值。Fix_kappa=0表示kappa值是通過數(shù)據(jù)迭代運算得到的。而kappa是定義一個kappa的初始值，這個需要使用者自行設置。Fix_omega and omega，fixalpha and alpha 以及fixrho and rho等的設置參照fix_kappa進行。注：在本文中，對于圖5所涉及的一些模型，需要改變fix_omega and omega值進行運算。圖5 本文中的一些模型Fig5 some models of this paper若要限定omega值等于1 ，則需要在control file中設置fix_omega=1 and omega=1.getSE命令是來設置是否需要計算估算參數(shù)的標準誤（strand errors）,若需要則getSE=1，不需要則getSE=0.Rateancestor=0 or 1, 該值常設為0。Method命令主要控制在no clock 模型下計算枝長的迭代算法。Method=0表示該迭代算法為老式算法，Method=1表示該迭代算法為新式算法，注意當clock=1,2,3時，Method只能取0.PAML 與 sites model——以人類HIV病毒適應性進化分析為例解讀Sites Model Model？Sites Model是PAML軟件CODEML程序的一個正選擇作用分析模型，其主要觀點是同一序列不同位點的omega值不同。在進行sites Model分析時，需要設置control file中的Model=0，Nssites命令在此是一個變量，根據(jù)不同Model的選擇設置不同的值。值得注意的是，以此可以選擇多個sites Model。如Nssites=0 1 3 7 8. Model 表示什么意思？l M0即oneratio Model，值得是所有位點的omega值是恒定的；l M1表示加假定有一部分位點的omega值為0，其他位點的omega值為1；l M2是在M1的基礎上增加了第三類omega值，該類omega是通過數(shù)據(jù)計算得到的，有可能大于1；l M3假定所有位點的omega值呈簡單的離散分布趨勢；l M5假定所有位點的omega值呈簡單的gamma分布趨勢；l M7假定所有位點的omega屬于矩陣（0,1）且呈beta分布；l M8是在M7的基礎上增加另一類omega值，該值可通過計算得到，可以大于1.l M8a與M8類似，只不過新增加的omega值等于1.？首先是M0與M3的比較，該比較與Branch Model中的Model之間的比較是一樣的，首先計算2△l值，然后在一定df值下進行顯著性水平計算。這里需要注意的是，我們發(fā)現(xiàn)sites Model比較的df值一般取2.在sites Model 中，M0表示one ratio for all sites， M3表示所有位點的omega值呈簡單的離散分布。對于這兩個模型的比較并非用于正選擇作用的檢測，而是用于位點間omega值是否一致的檢測。M1 and M2 以及M7 and M8是用于正選擇作用的檢測，The M1M2 parison 與 the M7 M8 parison相比，更加的穩(wěn)定。（原文：The M1M2 parison appears to be more robust (or less powerful) than the M7 M8 parsion）此外，還有一類比較是M8 to M8a，其中M8和M8a是兩個極為類似的Model。在涉及到positive selection 的文章中，對于這兩個model的比較并不常見，而且說明書中也并未給出明確的比對結果意義。4. 如何檢測positive sites？ 在CODEML中，positive sites 的檢測流程主要如圖1所示.PP value putationLikelihood ratio testCODEML putation 圖1 positive sites的檢測流程Fig1 The process of positive sites其中CODEML putation主要是對control file中的命令值進行設定之后，運行CODEML程序，并在result file中查看運算結果。Likelihood ratio test如question3所示，即對兩個模型進行顯著性水平比較。PP value putation主要是指位點后驗概率的計算，該結果是顯示在main resu
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