系統(tǒng)發(fā)育學(xué)論文恩蚜小蜂屬部分種類28srdna及co1基因序列的分子進(jìn)化和系統(tǒng)學(xué)研究(編輯修改稿)
2025-07-10 11:17 本頁(yè)面
【文章內(nèi)容簡(jiǎn)介】 軟件對(duì)恩蚜小蜂屬 28S、 COI 兩種基因的比對(duì)結(jié)果進(jìn)行分析。計(jì)算四種堿基 A、 T、 C、 G 的組成比例、變異位點(diǎn)、保守位、堿基頻率、簡(jiǎn)約信息位點(diǎn) 。 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建 本試驗(yàn)采用最大似然法 (ML)、最大簡(jiǎn)約法 (ME)和鄰接法 (NJ) 3種建樹(shù)方法 ,并使用 軟件對(duì)不同種類的恩訝小蜂的 28S、 COI構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。 (1)ML 法建樹(shù) 如果進(jìn)化模型選擇合理 ,ML 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)是與真實(shí)進(jìn)化樹(shù)最接近。具體步驟為 :在 MEGA 中打開(kāi)待分析的后綴為 .meg 的文件 ,在 Phylogeny 的選項(xiàng)中選擇構(gòu)建 ML 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。 (2)ME 法建樹(shù) 在用 軟件構(gòu)建 ME 樹(shù)時(shí) ,采用 wME 法對(duì)三個(gè)數(shù)據(jù)組進(jìn)行建樹(shù)。先指定特定的外群 ,對(duì) 28SrDNA 數(shù)據(jù)組設(shè)置權(quán)重值為 :轉(zhuǎn)換 /顛換 =1:2。對(duì) COI數(shù)據(jù)集設(shè)置權(quán)重值為 :轉(zhuǎn)換 /顛換 =1:2,密碼子三位點(diǎn)的權(quán)重值為 :lst/2nd/3rd =1:1:1。采用 Bootstrap (Bootstrap=1000)檢驗(yàn)。具體步驟為 :在 MEGA 中打開(kāi)待分析的后綴為 .meg 的文件 ,在 Phylogeny 的選項(xiàng)中選擇構(gòu)建 ME系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。 (3)NJ 法 建樹(shù) 基于 K2P雙參數(shù)模型的 NJ 樹(shù)計(jì)算速度最快 ,并可以在個(gè)人計(jì)算機(jī)上處理大量的序列 ,也比較容易進(jìn)行自展檢驗(yàn)。 NG 樹(shù)非常適合不需要弄清物種進(jìn)化地位 ,只需要簡(jiǎn)單聚類的分子鑒定。具體步驟為 :在 MEGA 中打開(kāi)待分析的后綴為 .meg的文件 ,在 Phylogeny 旳選項(xiàng)中選擇構(gòu)建 NJ 系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)。 3 結(jié)果與分析 28SrDNA 序列的分析 28SrDNA 序列核苷酸的組成 用 軟件對(duì)恩蚜小蜂 28SrDNA 序列進(jìn)行核苦酸組成的分析。結(jié)果顯示 :序列全長(zhǎng)為 921 個(gè)堿基， 序列保守位點(diǎn)為 3,占總位點(diǎn)數(shù)的 %。序列變異 6 位點(diǎn)為 538,占總變異位點(diǎn)的 99. 4%。簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)為 536,占序列總位點(diǎn)的%。堿基 A+T 含量為 %,C+G 為 %。 表 28SrDNA序列的堿基情況 注 :C:保守位點(diǎn) 。V:變異位點(diǎn) 。Pi:簡(jiǎn)約信息位點(diǎn) 。S:自裔位點(diǎn) 28SrDNA 序列的堿基替換情況分析 DNA 序列的堿基替換包括轉(zhuǎn)換 (si)和顛換 (sv)兩種形式 ,是衡量堿基進(jìn)化的重要依據(jù)。由堿基替換情況分析可知 ,在恩訝小蜂 28SrDNA 序列中 ,堿基替換率較大 ,其中轉(zhuǎn)換數(shù)為 113,顛換數(shù)為 237,轉(zhuǎn)換的頻率是顛換頻率的 倍。堿基的轉(zhuǎn)換主要發(fā)生在 TC 間 ,由此可以認(rèn)為恩蚜小蜂的 28SrDNA 的保守性較強(qiáng)。恩蚜小蜂屬 28SrDNA 的種間遺傳距離為 ,平均種間遺傳距離為。其種內(nèi)遺傳距離為 ,平均種內(nèi)遺傳距離為 。個(gè)體之間的種間遺傳距離明顯大于種內(nèi)遺傳距離的 10 倍 ,與 Hebert 的研究結(jié)果一致。 平均長(zhǎng)度 C V Pi S T C A G 544 3 538 536 2 7 表 恩蚜小蜂屬 28S 基因基于 Kimura 2parameter 參數(shù) 校正距離（下三角）和標(biāo)準(zhǔn)差（上三角） COI 序列的分析 COI 序列核苦酸的組成 用 軟件對(duì)試驗(yàn)所得的 COI 序列進(jìn)行核苷酸組成的分析。結(jié)果顯 示 :序列保守位點(diǎn)為 1,占總位點(diǎn)數(shù)的 %。序列變異位點(diǎn)為 680,占總變異位點(diǎn)的%。簡(jiǎn)約信息位點(diǎn)為 678,占序列總位點(diǎn)的 %。堿基 A + T 含量為 77. 2%。 C + G 為 %。 COI 序列的械基替換情況分析 由堿基替換情況分析可知 ,在 恩蚜小蜂 屬 COI 序列中 ,堿基替換率也較 大 ,Encarsia_Forster Encarsia_haitiensis Encarsia_nigricephala Enc rsia_perplexa Encarsia_quercicola Encarsia_lutea Encarsia_smithi Encarsia_inaron Encarsia_adusta Encarsia_accenta Encarsia_cibcensis Encarsia_mineoi Encarsia_pergandiella Encarsia_bimaculata Enc rsia_meritoria Encarsia_strenua Encarsia_asterobemisiae Encarsia_scapeata Encarsia_californica Encarsia_arabica Encarsia_tricolor Encarsia_dichroa Encarsia_estrellae Encarsia_heratyi Encarsia_iris Aphytis_melinus Aphytis_hispanicus 8 其中轉(zhuǎn)換數(shù)為 99,顛換數(shù)為 284,轉(zhuǎn)換的頻率是顛換頻率的 倍。堿基的顛換主要發(fā)生在 AT,由此可以認(rèn)為恩姆小蜂屬 COI 序列的變異性較強(qiáng)。 恩蚜小蜂屬 COI 的種內(nèi)遺傳距離為 ,平均為 。其種間遺傳距離為,平均為 。個(gè)體之間的種間遺
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