系統(tǒng)發(fā)育摘paml學(xué)習(xí)筆記蝸牛-文庫吧
2025-06-14 16:57 本頁面
【正文】 任何輸入的光標(biāo)。（Data and methods）（Data）本文所涉及的數(shù)據(jù)主要分為兩部分內(nèi)容，首先是大數(shù)據(jù)集（large dataset），（Distinct sequence），其系統(tǒng)發(fā)育樹如圖2所示。新大陸猴葉猴 Senamp。Sve Tobamp。Tfr langur Pne Nla Cguamp。Can Pcy Cat Mmu Ani Mta Epa Cae bonobo gorilla Ppy Ggo m Soe Cjahc頰囊猴人科動物圖2 所分析的靈長目溶菌酶系統(tǒng)發(fā)育樹 of the primate lysozyme analyzed by Prof. Yang在圖2中，Branch h和Branch c是本文分析是所選取的前景枝（foreground clade）。小數(shù)據(jù)集包括7條序列，其來源是從圖2中四個(gè)分支中各挑選出幾條具有代表性的序列，重新進(jìn)行分析，其系統(tǒng)發(fā)育樹如圖3所示。圖3 從圖2挑選出來的四個(gè)分支代表序列的系統(tǒng)發(fā)育分析Fig3 Phylogeny of a subset of seven primate lysozyme selected from those of Fig 1. to represent the four major groups of species.，對于這種大數(shù)據(jù)集和代表性的小數(shù)據(jù)集的分析比較能夠之時(shí)取樣方法對于所得結(jié)果的一個(gè)敏感度。（原文：Differences between the analyses of the two data sets will give us an indication of the sensitively of the results to species sampling.）（Methods ）第一，對小數(shù)據(jù)集control file文件的解讀圖4 溶菌酶小數(shù)據(jù)集的control fileFig 4 The control file of lysozyme small dataset在圖4中，seqfile，treefile 和outfile 分別指代的是分析所用的序列文件，樹文件以及主要結(jié)果輸出文件。Noisy命令控制屏幕中輸出文件的數(shù)量，一般取值為9；Verbose命令控制文件中輸出結(jié)果的數(shù)量；Runmode命令控制是否使用樹文件，常見的值有0， 1， 2， 3， 2等，常見取值為0，表示從樹文件中獲取樹的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，2是pairwise alignment的命令，若選擇runmode=2，則不需要輸入樹文件。Seqtype命令是指代輸入系列文件的類型，可取值是1 ，2， 3，seqtype=1表示序列文件為condons sequence，seqtype=2表示序列文件為amino acid sequence，seqtype=3表示序列文件為通過condons sequence 翻譯得到的amino acid sequence；CodonFreq命令是指定密碼子使用頻率模型的類型，其所取數(shù)值0,1,2,3分別代表不同的密碼子使用頻率模型。一般取值為CondonFreq=2, 有人對不同CondonFreq的取值進(jìn)行了比較，發(fā)現(xiàn)CondonFreq=1和CondonFreq=2并未有顯著性的差別。Clock命令用來指代不同支系間的速率（指的是什么速率？）是恒定的還是變化的（原文：clock specifies models concerning rate constancy or variation among lineages）?？扇〉闹涤?，1，2 和3，其中0表示支系與支系之間的速率是不斷變化的；1表示所有支系的速率相同；2表示系統(tǒng)發(fā)育樹中大多樹支系的速率是相同的，只有少部分特意指定的支系速率不同；3用于對多個(gè)基因或者多分區(qū)數(shù)據(jù)進(jìn)行聯(lián)合分析時(shí)所選取的參數(shù)。Runmode =1 or 2時(shí)，tree file必須是rooted tree。在常見的分析中，clock=0的命令居多。Model命令主要是對系統(tǒng)發(fā)育樹中不同支系的omega值進(jìn)行限定?？扇≈涤?,1,2。0表示系統(tǒng)發(fā)育樹所有支系均有相同的omega值，1表示omega值是自由的，不同支系間各不相同。2表示指定的前景枝和背景枝之間的omega值不同，一般而言，有n個(gè)前景枝，便有n+1個(gè)omega值。對于Branch Model，一般選擇Model=2，但在該模式下，需要對樹文件進(jìn)行前景支的定義。另外，對于小數(shù)據(jù)集的Branch Model分析還可以選擇Model=1，但由于Model=1所涉及的參數(shù)數(shù)量較多，不建議對大數(shù)據(jù)集進(jìn)行Model=1的分析。NSsites是在Site Model和Branchsite Model中進(jìn)行設(shè)置的參數(shù)，在Branch Model中一般設(shè)置為0。icode用來指定遺傳密碼子的類型, 可取值有0——
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