鯉魚克隆及二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測與分析(編輯修改稿)
2025-07-23 11:37 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 maximum distance between paired bases)為無限制 (no limit)。二級折疊的選擇參照 Campbell 等[17]。 2 結(jié)果 PCR擴(kuò)增結(jié)果及序列分析經(jīng)PCR成功擴(kuò)增出一條清晰明亮的條帶，大小為407 bp（圖1）, 與預(yù)期片段大小相符。10個個體的序列經(jīng)DnaSP軟件分析，共獲得4種單倍型，其中單倍型A有7個個體，而單倍型B、C和D各只有一個個體。單倍型A序列核糖體 ITS1全序列大小為365 bp, 其堿基排列順序見圖2，GenBank數(shù)據(jù)庫登錄號為GQ293359。利用MEGA T(%)、C(% )、A (% )、G(% ), G +C含量為 %, 明顯高于 A + T含量 (% )。圖1 黑龍江野鯉的rDNA ITS1序列的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物 PCR amplified products of rDNA ITS1 from Cyprinus carpio haematopterus圖2 黑龍江野鯉核糖體DNA ITS1單倍型A核苷酸全序列 Complete nucleotide of Cyprinus carpio haematopterus rDNA ITS1 haplotype A在GenBank中檢索到6種鯉科魚類的核糖體ITS1序列，與黑龍江野鯉的核糖體ITS1單倍型A序列比對，結(jié)果如表1所示，% ～%，利用MEGA 雙參數(shù)模型的NJ法(NeighborJoining)構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)生樹，采用Bootstrap (重復(fù)數(shù)=500) 檢驗分子系統(tǒng)樹各分支的置信度，所得的分類結(jié)果與傳統(tǒng)的分類結(jié)果相吻合(圖 2)。表1 黑龍江野鯉與其他魚類核糖體ITS1序列同源性、長度和G+C含量的比較 The homology, length, G +C content of rDNA ITS1 sequences of and other fishes種類相似性（%）序列長度（bp）G+C（%）GenBank登錄號黃鰭結(jié)魚（Tor putitora）馬休結(jié)魚（Tor mussullah）金魚（Carassius auratus）似龜結(jié)魚（Tor chelynoides）歐鳊（Abramis ballerus）歐鰱（Leuciscus cephalus）黑龍江野鯉（）—90581029470834532536557FJ859365FJ804416EF100727FJ182068FJ945326FJ945329GQ293359圖3 7種鯉科魚類核糖體DNA ITS1序列構(gòu)建的NJ系統(tǒng)進(jìn)化樹 Phylogenetic tree derived from rDNA ITS1sequences of 7 Cyprinine fishes ITS1的二級結(jié)構(gòu)分析對黑龍江野鯉核糖體ITS1 單倍型A序列進(jìn)行二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測（圖3），自由能ΔG= kcal/mol，包括6條臂（stem），其中0號臂由5’ 和 3’ 末端相互配對形成。黑龍江野鯉ITS1單倍型A序列中的簡單重復(fù)序列(Simple Sequence Repeat，SSR)通過微衛(wèi)星搜索服務(wù)網(wǎng)站檢索（.），參數(shù)設(shè)置如下：重復(fù)序列長度（Length of repeated sequence）=23；最小重復(fù)數(shù)（Minimum number of repeats）=3；最小連續(xù)重復(fù)長度（Minimum length of tanden repeat）=6；錯配比例（Allowed percentage of mismatches）=，共發(fā)現(xiàn)9個SSR序列（表2），而這些SSR序列都位于內(nèi)環(huán)(Interior loop)、多分枝環(huán)(Multiloop)和發(fā)夾環(huán)（Hairpin loop）部位(圖4)。表2 黑龍江野鯉ITS1單倍型A中微衛(wèi)星位點和序列 Microsatellites loci and sequences in ITS1 of Cyprinus cario haematopterus haplotype ANO．PositionCycleRepeatsSequence1234567892372100184263275299308324222522222433333333CTCTCTCTCCCCCCACACACCAGGGCGGGGCGGGGCCCCCCGGGGGGCCCCCCTTTTTTTGTGTG圖4 黑龍江野鯉（Cyprinus cario haematopterus）核糖體DNA ITS1單倍型A序列的RNA轉(zhuǎn)錄二級結(jié)構(gòu)預(yù)測圖 Predicted secondary structure of RNA transcript of ITS1 sequences of Cyprinus cario haematopterus haplotype A注：圖中放大部位顯示了SSR的位置與結(jié)構(gòu)，粗箭頭所指為兩個保守序列，細(xì)箭頭是兩個SSR序列相互配對形成發(fā)夾結(jié)構(gòu)的柄部 Note：The expanded portions showed regions of SSRs. Two conserved sequences (CGUAACA) were indicated by two thick arrows, the thin arrow showed two SSRs paired with each other, exposed in the stem of a double hairpin. 對GenBank中檢索到其他6種鯉科魚類的核糖體ITS1序列的二級結(jié)構(gòu)也進(jìn)行了預(yù)測，7種鯉科魚類核糖體ITS1序列的二級結(jié)構(gòu)的特征見表3。在相同的折疊參數(shù)下，這7種鯉科魚類I
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