基因組研究鳥獸學會華大基因樊偉(編輯修改稿)
2025-06-08 18:18 本頁面
【文章內(nèi)容簡介】 ? 性狀基因定位與分子育種 ? 轉錄組、甲基化測序與基因調(diào)控研究 ? Meta測序于共生微生物研究 17 Cucumber genome. Nature Geics 2022 Short read assembly: de bruijn graph algorithm 2022. Sequencing depth 60X, pure Solexa. Contig N50 40 kb, Scaffold N50 Mb. 2022. Sequencing depth: 4X Sanger, 50X solexa. Contig N50 kb, Scaffold N50 Mb. 千種動植物基因組計劃 兩年之內(nèi)，計劃完成上千種 重要動植物的基因組 denovo測序 和核心種質(zhì)資源的重測序。 詳情請訪問： 物種類型與研究意義： 模式物種：基礎生物學 經(jīng)濟物種：分子育種 珍惜物種：資源保護 De novo測序與組裝策略 ? 測序策略：各種插入片段長度組合 (pairend測序 ) ? 組裝算法：基于 Kmer的 de bruijn graph算法 當前 illumina reads長度已達 100bp,采用大 Kmer技術(63bp)提高組裝效果。 Insert Size (bp) Read length (bp) Sequence coverage depth(X) 200 100 22 500 100 20 2022 50 10 5000 50 5 10000 50 3 Total 50~100 60 物種譜系進化關系與自然選擇壓力研究 基因家族進化與基因拷貝數(shù)研究 生物學問題的基因組學解釋 ? 大熊貓為什么吃竹子？ ? 螞蟻為什么具有社會行為？ 同科或者同屬內(nèi)多個物種測序 ? 對近親物種進行集體研究，可以發(fā)現(xiàn)大量有意義的進化規(guī)律。 ? 測序成本的降低，使大規(guī)模進行物種 de novo測序成為現(xiàn)實。當前做一個哺乳動物基因組 (3Gb)的成本約為 350萬人民幣，做一個鳥類基因組 ()的成本約為 200萬人民幣。 ? 華大提供打包測序優(yōu)惠服務：測得越多，單個物種成本越低。 Outline ? 基因組研究與測序技術發(fā)展回顧 ? 華大基因 (BGI)介紹 ? De novo測序與物種研究 ? Resequencing與群體研究 ? 性狀基因定位與分子育種 ? 轉錄組、甲基化測序與基因調(diào)控研究 ? Meta測序于共生微生物研究 25 Resequencing, identify SNP, indel, SV 2022. Resequencing. 40 domesticated and wild silkworm genomes, each sequenced 3X by ill
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